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- PDB-6bri: RHCC with unreduced and reduced Mercury complexes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bri
タイトルRHCC with unreduced and reduced Mercury complexes
要素Right Handed Coiled Coil
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Archaea / Coiled-Coil / Nanotube / Nanoparticle / Mercury
機能・相同性
機能・相同性情報


Tetrabrachion / Tetrabrachion / Tetrabrachion, parallel right-handed coiled coil domain / Tetrabrachion / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / MERCURY (II) IODIDE / mercuriomercury / IODIDE ION / : / IPT/TIG domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylothermus marinus F1 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.266 Å
データ登録者McDougall, M. / Trieu, B. / Stetefeld, J.
資金援助 カナダ, 3件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-342077-2012 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-004954-2017 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)STGP 479210-2015 カナダ
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Reductive power of the archaea right-handed coiled coil nanotube (RHCC-NT) and incorporation of mercury clusters inside protein cages.
著者: McDougall, M. / McEleney, K. / Francisco, O. / Trieu, B. / Ogbomo, E.K. / Tomy, G. / Stetefeld, J.
履歴
登録2017年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32018年8月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Right Handed Coiled Coil
B: Right Handed Coiled Coil
C: Right Handed Coiled Coil
D: Right Handed Coiled Coil
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,66434
ポリマ－23,5954
非ポリマー4,06930
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10200 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area11920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.823, 108.823, 70.388
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Right Handed Coiled Coil


分子量: 5898.720 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylothermus marinus F1 (古細菌)
株: ATCC 43588 / DSM 3639 / JCM 9404 / F1 / 遺伝子: Smar_1008 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3DN96

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非ポリマー , 8種, 30分子

#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物 ChemComp-HGN / mercuriomercury


分子量: 401.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物 ChemComp-HGI / MERCURY (II) IODIDE / MERCURY DIIODIDE / よう化水銀(II)


分子量: 454.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: HgI2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.52 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 2M Ammonium Sulfate 200 mM Tris pH 7.9 0.7mM K2HgI4 soaked in 4 days prior to collection

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8472 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8472 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.266→28.69 Å / Num. obs: 7550 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル解像度: 3.266→3.35 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YBK

1ybk


解像度: 3.266→28.687 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2998 785 10.48 %
Rwork0.2817 --
obs0.2836 7494 97.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.266→28.687 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1532 0 48 0 1580
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021558
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5052108
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.651565
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035276
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002266
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2657-3.470.38651200.34821019X-RAY DIFFRACTION90
3.47-3.73740.37151240.32671119X-RAY DIFFRACTION99
3.7374-4.11260.31971540.31631109X-RAY DIFFRACTION99
4.1126-4.70540.351260.27861154X-RAY DIFFRACTION100
4.7054-5.91970.25031320.26411163X-RAY DIFFRACTION100
5.9197-28.68820.21231290.22131145X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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