[日本語] English
万見
- PDB-6brd: Crystal structure of rifampin monooxygenase from Streptomyces ven... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6brd
タイトルCrystal structure of rifampin monooxygenase from Streptomyces venezuelae, complexed with rifampin and FAD
要素Rifampin monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / rifampin / rifamycin / antibiotic resistance / monooxygenase / FAD / flavin adenine dinucleotide / structural genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


rifampicin monooxygenase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / FAD binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #2450 / Glutaredoxin - #120 / Aromatic-ring hydroxylase, C-terminal / : / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...Alpha-Beta Plaits - #2450 / Glutaredoxin - #120 / Aromatic-ring hydroxylase, C-terminal / : / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Glutaredoxin / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / RIFAMPICIN / Rifampicin monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces venezuelae (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Cox, G. / Kelso, J. / Stogios, P.J. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Wright, G.D. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN2720120026C 米国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2018
タイトル: Rox, a Rifamycin Resistance Enzyme with an Unprecedented Mechanism of Action.
著者: Koteva, K. / Cox, G. / Kelso, J.K. / Surette, M.D. / Zubyk, H.L. / Ejim, L. / Stogios, P. / Savchenko, A. / Sorensen, D. / Wright, G.D.
履歴
登録2017年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年12月13日ID: 5VQC
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年2月21日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_related
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Rifampin monooxygenase
B: Rifampin monooxygenase
C: Rifampin monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,61520
ポリマ－157,4113
非ポリマー5,20417
水1,63991
1
A: Rifampin monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2217
ポリマ－52,4701
非ポリマー1,7506
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Rifampin monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2097
ポリマ－52,4701
非ポリマー1,7396
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Rifampin monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1856
ポリマ－52,4701
非ポリマー1,7155
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)202.026, 129.402, 74.342
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.45, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-503-

CL

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Rifampin monooxygenase / ROX


分子量: 52470.309 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (strain ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745) (バクテリア)
株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745
遺伝子: SVEN_0481 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F2R776

-
非ポリマー , 5種, 108分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-RFP / RIFAMPICIN


分子量: 822.940 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H58N4O12 / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 20% w/v PEG8000, 0.2 M magnesium acetate, soaked in rifamycin

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→33.417 Å / Num. obs: 27436 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 5.8 % / Rsym value: 0.162 / Net I/σ(I): 5.55
反射 シェル解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.33 / Rsym value: 0.443 / % possible all: 83.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2733: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5KOW

5kow


解像度: 3.32→33.417 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 21.63
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2344 1333 5 %RANDOM
Rwork0.1845 ---
obs0.187 26650 97.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.32→33.417 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10793 0 326 92 11211
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01111337
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07915440
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.3084029
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561724
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072009
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3201-3.43860.26171210.22672298X-RAY DIFFRACTION90
3.4386-3.57610.28811280.21982449X-RAY DIFFRACTION96
3.5761-3.73870.2681350.2052545X-RAY DIFFRACTION98
3.7387-3.93550.26391340.18592552X-RAY DIFFRACTION99
3.9355-4.18170.24111340.1722540X-RAY DIFFRACTION99
4.1817-4.50380.19321350.15442550X-RAY DIFFRACTION99
4.5038-4.95570.19241350.1632586X-RAY DIFFRACTION99
4.9557-5.66980.2531360.17622566X-RAY DIFFRACTION99
5.6698-7.13190.2461360.20882588X-RAY DIFFRACTION100
7.1319-33.41890.20961390.1782643X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3698-0.29910.93142.47290.73421.8929-0.0883-0.08580.09570.4660.2722-0.57890.10940.2551-0.1010.17730.0588-0.07710.2408-0.03860.236755.1068-7.900423.8196
25.78290.9611-0.19997.629-2.47425.96690.3760.50490.95860.0111-0.3611-1.2195-0.96921.24340.00640.5148-0.13960.16210.66090.10510.705660.67958.13181.5371
30.8541-0.12680.59161.93840.03511.4924-0.1081-0.29650.16840.5247-0.00620.1503-0.0521-0.32140.08370.2060.03290.07470.3136-0.00690.225639.3785-2.66328.5914
42.4118-0.0815-0.47711.0123-0.44733.3687-0.09070.2460.1126-0.06790.04130.14030.0850.01980.04750.1895-0.0732-0.22270.20840.02950.283314.45224.6926-15.4046
51.5585-1.12220.67231.0278-1.19282.5387-0.03030.1368-0.349-0.2905-0.03370.21470.51630.01040.10070.3442-0.0336-0.11650.2137-0.0510.32722.065511.4159-8.3128
62.45010.1828-1.32932.85460.51971.7776-0.1479-0.57920.73410.350.1150.0378-0.34670.3790.03270.52820.0463-0.33360.2725-0.09280.525516.13141.91583.9694
72.9656-0.8583-0.52442.93241.36272.41780.11140.082-0.0312-0.2161-0.06720.1924-0.2387-0.1526-0.02840.12780.00150.04930.1742-0.01910.320159.925828.226745.4765
87.70482.2477-1.45075.33721.10731.4890.23231.41710.5416-0.7812-0.05410.0453-0.8271-0.2771-0.27140.86110.07420.18270.7660.21450.602270.085638.933121.2593
92.571-1.0167-0.56151.51070.86331.88740.0252-0.3386-0.48990.1888-0.0624-0.04260.16640.18770.0250.15550.01550.00250.21910.0820.450572.243517.689650.7521
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:171)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 172:260)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 261:474)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 1:171)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 172:372)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 373:474)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain C and resid 1:175)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain C and resid 176:256)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 257:474)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る