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- PDB-6brb: Novel non-antibody protein scaffold targeting CD40L -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6brb
タイトルNovel non-antibody protein scaffold targeting CD40L
要素
  • CD40 ligand
  • Tn3-like
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Tn3 related / TNF ligand related / STRUCTURAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


perisynaptic extracellular matrix / CD40 receptor binding / tenascin complex / interstitial matrix / mesenchymal-epithelial cell signaling involved in prostate gland development / peripheral nervous system axon regeneration / bud outgrowth involved in lung branching / CD40 signaling pathway / syndecan binding / cellular response to prostaglandin D stimulus ...perisynaptic extracellular matrix / CD40 receptor binding / tenascin complex / interstitial matrix / mesenchymal-epithelial cell signaling involved in prostate gland development / peripheral nervous system axon regeneration / bud outgrowth involved in lung branching / CD40 signaling pathway / syndecan binding / cellular response to prostaglandin D stimulus / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / response to fibroblast growth factor / regulation of immunoglobulin production / cellular response to vitamin D / prostate gland epithelium morphogenesis / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / isotype switching / negative regulation of cell adhesion / tumor necrosis factor receptor binding / extracellular matrix structural constituent / Syndecan interactions / leukocyte cell-cell adhesion / neuromuscular junction development / odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of interleukin-4 production / B cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / basement membrane / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / regulation of cell adhesion / response to mechanical stimulus / positive regulation of T cell proliferation / cellular response to retinoic acid / T cell costimulation / positive regulation of interleukin-12 production / regulation of cell migration / protein serine/threonine kinase activator activity / B cell differentiation / integrin-mediated signaling pathway / cytokine activity / morphogenesis of an epithelium / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / regulation of cell growth / Post-translational protein phosphorylation / platelet activation / response to wounding / osteoblast differentiation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / integrin binding / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / regulation of inflammatory response / collagen-containing extracellular matrix / response to ethanol / cell adhesion / inflammatory response / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / cell surface / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD40 ligand / Tenascin, EGF-like domain / Tenascin EGF domain / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / : / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Fibrinogen-related domains (FReDs) ...CD40 ligand / Tenascin, EGF-like domain / Tenascin EGF domain / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / : / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Jelly Rolls - #40 / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / Fibronectin type III domain / EGF-like domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tenascin / CD40 ligand
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Oganesyan, V. / Baca, M. / Thisted, T. / Grinberg, L. / Wu, H. / Dall'Acqua, W.F.
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2019
タイトル: A CD40L-targeting protein reduces autoantibodies and improves disease activity in patients with autoimmunity.
著者: Karnell, J.L. / Albulescu, M. / Drabic, S. / Wang, L. / Moate, R. / Baca, M. / Oganesyan, V. / Gunsior, M. / Thisted, T. / Yan, L. / Li, J. / Xiong, X. / Eck, S.C. / de Los Reyes, M. / Yusuf, ...著者: Karnell, J.L. / Albulescu, M. / Drabic, S. / Wang, L. / Moate, R. / Baca, M. / Oganesyan, V. / Gunsior, M. / Thisted, T. / Yan, L. / Li, J. / Xiong, X. / Eck, S.C. / de Los Reyes, M. / Yusuf, I. / Streicher, K. / Muller-Ladner, U. / Howe, D. / Ettinger, R. / Herbst, R. / Drappa, J.
履歴
登録2017年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD40 ligand
D: Tn3-like
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8693
ポリマ－25,2822
非ポリマー5871
水30617
1
A: CD40 ligand
D: Tn3-like
ヘテロ分子

A: CD40 ligand
D: Tn3-like
ヘテロ分子

A: CD40 ligand
D: Tn3-like
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6079
ポリマ－75,8476
非ポリマー1,7603
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area13000 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area29790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.528, 93.528, 66.685
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質 CD40 ligand / CD40-L / T-cell antigen Gp39 / TNF-related activation protein / TRAP / Tumor necrosis factor ligand ...CD40-L / T-cell antigen Gp39 / TNF-related activation protein / TRAP / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 5


分子量: 15398.442 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 120-261 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD40LG, CD40L, TNFSF5, TRAP / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P29965
#2: タンパク質 Tn3-like


分子量: 9883.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24821*PLUS
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 40% v/v PEG600, 0.1 M sodium acetate, 0.2 M magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月15日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→51.48 Å / Num. obs: 8406 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.195 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.208 / Rsym value: 0.195 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.82→2.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.796 / Num. unique obs: 549 / Rpim(I) all: 0.349

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1ALY & 1TEN

1aly

1ten


解像度: 2.82→51.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 25.709 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.425 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27321 829 9.9 %RANDOM
Rwork0.22515 ---
obs0.22988 7531 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.941 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-26.53 Å20 Å20 Å2
2--26.53 Å20 Å2
3----53.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.82→51.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1779 0 39 17 1835
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0191864
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2711.9672540
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82433886
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3465227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.58524.10378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.40715294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.995158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2295
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022041
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02376
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7273.904914
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7283.904913
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2715.8561139
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.275.8551140
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6744.078950
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.6744.077951
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.1936.0861402
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.37244.351881
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.35944.3481881
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.82→2.892 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.412 57 -
Rwork0.306 546 -
obs--99.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.79670.4251-0.09735.6594-0.53445.3876-0.1840.0103-0.2639-0.42040.1847-0.4610.43990.0859-0.00080.13930.02510.02680.0372-0.0360.0822-37.990713.8183-36.0439
23.93880.8782-2.78151.946-1.31098.8636-0.1662-0.04770.00820.0777-0.0844-0.2167-0.0830.63630.25050.13770.0184-0.05010.0717-0.00780.1008-33.115521.4437-21.9645
31.62480.620.25863.26-0.15363.1512-0.0526-0.09910.03770.05620.0065-0.1803-0.10540.16950.04610.02170.0093-0.01530.0254-0.00940.0182-39.027120.6151-25.6591
43.9223-4.8075-3.599111.8904-1.67369.49710.34770.3277-0.2916-0.7209-0.34980.61760.0801-0.29590.00210.28560.0396-0.01380.0885-0.09080.1145-39.5221-2.0968-17.339
53.17653.93221.873512.3468.97647.28150.18630.3849-0.33090.2606-0.66470.61690.1765-0.96020.47840.20370.0109-0.03920.3425-0.02980.4032-55.68966.8236-14.8498
63.9639-3.47971.62496.5636-0.73813.3982-0.1036-0.3325-0.47130.27590.27410.29880.3216-0.0391-0.17050.2279-0.05220.03770.06920.02130.0782-42.2119-2.1025-8.1035
79.1881-3.53030.69176.15841.72863.7096-0.55340.5604-0.61480.5396-0.00140.99340.2225-0.51020.55480.2976-0.10330.07450.2686-0.00090.2476-47.8209-3.7899-10.8091
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A120 - 173
2X-RAY DIFFRACTION2A174 - 203
3X-RAY DIFFRACTION3A204 - 261
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 17
5X-RAY DIFFRACTION5D18 - 25
6X-RAY DIFFRACTION6D26 - 68
7X-RAY DIFFRACTION7D69 - 87

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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