PDB-6bqq: Crystal Structure of the Human CAMKK2B in complex with BI2526

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bqq

タイトル

Crystal Structure of the Human CAMKK2B in complex with BI2526

要素

Calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase 2

キーワード

TRANSFERASE / protein kinase domain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Transferase Inhibitor Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of protein kinase activity / positive regulation of autophagy of mitochondrion / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / CAMKK-AMPK signaling cascade / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / Activation of AMPK downstream of NMDARs / cellular response to reactive oxygen species ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Counago, R.M. / de Souza, G.P. / dos Reis, C.V. / Ramos, P.Z. / Drewry, D. / Massirer, K.B. / Arruda, P. / Edwards, A.M. / Elkins, J.M. / Structural Genomics Consortium (SGC)

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Human CAMKK2B in complex with BI2526
著者: Counago, R.M. / de Souza, G.P. / dos Reis, C.V. / Drewry, D. / Massirer, K.B. / Arruda, P. / Edwards, A.M. / Elkins, J.M. / Structural Genomics Consortium (SGC)

履歴

登録	2017年11月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bqq.cif.gz	125 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bqq.ent.gz	95.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bqq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6bqq_validation.pdf.gz	700.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bqq_full_validation.pdf.gz	701.5 KB	表示
XML形式データ	6bqq_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	6bqq_validation.cif.gz	19.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/6bqq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/6bqq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uyjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4pfi-d 4r74-1 5lvo-d 5w7t-1 5p6n-d 3g72-1 5i70-2 5l2q-2 5p8c-d 2bkt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (5) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (4) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (4) #85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase 2

ヘテロ分子

33.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.532, 73.532, 119.284
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase 2 / CaMKK 2 / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase beta / CaMKK beta 分子量: 33127.250 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 161-449 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAMKK2, CAMKKB, KIAA0787 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q96RR4, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-R78 / 4-{[(7R)-8-cyclopentyl-7-ethyl-5-methyl-6-oxo-5,6,7,8-tetrahydropteridin-2-yl]amino}-3-methoxy-N-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide / BI-2536 分子量: 521.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₃₉N₇O₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 22% PEG 3350; 0.21 M Ammonium Sulphate; 0.1M CHC buffer pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→19.88 Å / Num. obs: 31086 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.096 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 12.8 % / R_merge(I) obs: 1.15 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1798 / CC_1/2: 0.786 / R_pim(I) all: 0.482 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5UYJ

5uyj

解像度: 1.8→19.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 4.882 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.118 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22768	1539	5 %	RANDOM
R_work	0.19064	-	-	-
obs	0.19245	29482	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.48 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→19.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2114	0	50	180	2344

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	2211
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2059
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.431	1.975	2996
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.947	2.973	4782
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.871	5	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.791	25	94
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.78	15	373
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.237	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	336
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2416
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	408
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.185	1.99	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.165	1.981	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.011	2.959	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.01	2.961	1347
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.322	2.116	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.321	2.118	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.162	3.127	1651
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.089	24.328	2473
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.088	24.349	2474
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	111	-
R_work	0.267	2141	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 15.115 Å / Origin y: 9.812 Å / Origin z: 43.928 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1814 Å²	0.0199 Å²	-0.0075 Å²	-	0.083 Å²	-0.017 Å²	-	-	0.0136 Å²
L	0.7021 °²	0.2006 °²	0.0593 °²	-	0.0945 °²	0.1108 °²	-	-	0.5921 °²
S	-0.0638 Å °	0.0219 Å °	-0.0346 Å °	-0.0196 Å °	0.0193 Å °	-0.0157 Å °	-0.0377 Å °	-0.0541 Å °	0.0445 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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