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- PDB-6bqg: Crystal structure of 5-HT2C in complex with ergotamine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bqg
タイトルCrystal structure of 5-HT2C in complex with ergotamine
要素5-hydroxytryptamine receptor 2C,Soluble cytochrome b562
キーワードMEMBRANE PROTEIN / human 5-HT2C receptor / GPCR / ergotamine / polypharmacology / BRIL / LCP
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of corticotropin-releasing hormone secretion / 1-(4-iodo-2,5-dimethoxyphenyl)propan-2-amine binding / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / regulation of appetite / G protein-coupled serotonin receptor complex / regulation of nervous system process / Serotonin receptors ...regulation of corticotropin-releasing hormone secretion / 1-(4-iodo-2,5-dimethoxyphenyl)propan-2-amine binding / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / regulation of appetite / G protein-coupled serotonin receptor complex / regulation of nervous system process / Serotonin receptors / serotonin receptor signaling pathway / serotonin binding / G protein-coupled serotonin receptor activity / feeding behavior / cGMP-mediated signaling / neurotransmitter receptor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / behavioral fear response / positive regulation of fat cell differentiation / release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of calcium-mediated signaling / locomotory behavior / electron transport chain / intracellular calcium ion homeostasis / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / periplasmic space / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / electron transfer activity / iron ion binding / dendrite / heme binding / synapse / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
5-Hydroxytryptamine 2C receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Ergotamine / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Soluble cytochrome b562 / 5-hydroxytryptamine receptor 2C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Peng, Y. / McCorvy, J.D. / Harpsoe, K. / Lansu, K. / Yuan, S. / Popov, P. / Qu, L. / Pu, M. / Che, T. / Nikolajse, L.F. ...Peng, Y. / McCorvy, J.D. / Harpsoe, K. / Lansu, K. / Yuan, S. / Popov, P. / Qu, L. / Pu, M. / Che, T. / Nikolajse, L.F. / Huang, X.P. / Wu, Y. / Shen, L. / Bjorn-Yoshimoto, W.E. / Ding, K. / Wacker, D. / Han, G.W. / Cheng, J. / Katritch, V. / Jensen, A.A. / Hanson, M.A. / Zhao, S. / Gloriam, D.E. / Roth, B.L. / Stevens, R.C. / Liu, Z.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: 5-HT2C Receptor Structures Reveal the Structural Basis of GPCR Polypharmacology.
著者: Peng, Y. / McCorvy, J.D. / Harpsoe, K. / Lansu, K. / Yuan, S. / Popov, P. / Qu, L. / Pu, M. / Che, T. / Nikolajsen, L.F. / Huang, X.P. / Wu, Y. / Shen, L. / Bjorn-Yoshimoto, W.E. / Ding, K. / ...著者: Peng, Y. / McCorvy, J.D. / Harpsoe, K. / Lansu, K. / Yuan, S. / Popov, P. / Qu, L. / Pu, M. / Che, T. / Nikolajsen, L.F. / Huang, X.P. / Wu, Y. / Shen, L. / Bjorn-Yoshimoto, W.E. / Ding, K. / Wacker, D. / Han, G.W. / Cheng, J. / Katritch, V. / Jensen, A.A. / Hanson, M.A. / Zhao, S. / Gloriam, D.E. / Roth, B.L. / Stevens, R.C. / Liu, Z.J.
履歴
登録2017年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-hydroxytryptamine receptor 2C,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2483
ポリマ－51,3101
非ポリマー9382
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.840, 94.580, 145.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2212
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 5-hydroxytryptamine receptor 2C,Soluble cytochrome b562 / 5-HTR2C / 5-hydroxytryptamine receptor 1C / 5-HT1C / Serotonin receptor 2C / Cytochrome b-562


分子量: 51310.055 Da / 分子数: 1 / 変異: M29W, H124I, R128L, C360N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: HTR2C, HTR1C, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P28335, UniProt: P0ABE7
#2: 化合物 ChemComp-ERM / Ergotamine / エルゴタミン


分子量: 581.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H35N5O5 / コメント: 神経伝達物質, alkaloid*YM
#3: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.1 M sodium citrate pH 6.0, 100mM (NH4)2SO4, 30% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 12052 / % possible obs: 83.4 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.402 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 943 / CC1/2: 0.9 / % possible all: 67.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IB4

4ib4


解像度: 3→47.29 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2909 550 4.58 %
Rwork0.2612 --
obs0.2627 12007 83.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→47.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2976 0 54 0 3030
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033098
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5154221
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9351836
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037501
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003516
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0001-3.30190.4618850.44182298X-RAY DIFFRACTION68
3.3019-3.77960.37731260.33822651X-RAY DIFFRACTION79
3.7796-4.76110.26141510.24253095X-RAY DIFFRACTION91
4.7611-47.29590.27051880.22853413X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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