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万見
- PDB-6bq9: 2.55 Angstrom Resolution Crystal Structure of N-terminal Fragment... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bq9
タイトル2.55 Angstrom Resolution Crystal Structure of N-terminal Fragment (residues 1-493) of DNA Topoisomerase IV Subunit A from Pseudomonas putida
要素DNA topoisomerase 4 subunit A
キーワードISOMERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / DNA Topoisomerase IV
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase IV, subunit A, Gram-negative / Topoisomerase II; domain 5 / Topoisomerase II, domain 5 / Topoisomerase, domain 3 / Topoisomerase; domain 3 / Gyrase A; domain 2 - #40 / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily ...DNA topoisomerase IV, subunit A, Gram-negative / Topoisomerase II; domain 5 / Topoisomerase II, domain 5 / Topoisomerase, domain 3 / Topoisomerase; domain 3 / Gyrase A; domain 2 - #40 / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Gyrase A; domain 2 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA topoisomerase 4 subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Kiryukhina, O. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.55 Angstrom Resolution Crystal Structure of N-terminal Fragment (residues 1-493) of DNA Topoisomerase IV Subunit A from Pseudomonas putida.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Kiryukhina, O. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2017年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 4 subunit A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1603
ポリマ－56,1021
非ポリマー582
水1,36976
1
A: DNA topoisomerase 4 subunit A
ヘテロ分子

A: DNA topoisomerase 4 subunit A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,3216
ポリマ－112,2042
非ポリマー1174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area3770 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area42490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.494, 224.057, 115.747
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 4 subunit A / Topoisomerase IV subunit A


分子量: 56102.012 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal Fragment / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida (strain ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440) (バクテリア)
株: ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440 / 遺伝子: parC, PP_4912 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: Q88DB5, EC: 5.99.1.3
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.5 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein: 9.5 mg/ml, 0.01M Tris HCl (pH 8.3); Screen: Classics II (C1), 3.5M Sodium formate pH (7.0); Cryo: 4.0M Sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月17日 / 詳細: C(111)
放射モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→30 Å / Num. obs: 30230 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 70.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.074 / Rsym value: 0.068 / Χ2: 1.008 / Net I/σ(I): 28.3
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.785 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1450 / CC1/2: 0.903 / Rpim(I) all: 0.316 / Rrim(I) all: 0.848 / Rsym value: 0.785 / Χ2: 1.007 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EIX

5eix


解像度: 2.55→29.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 29.725 / SU ML: 0.259 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.28 / ESU R Free: 0.231 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24654 1487 4.9 %RANDOM
Rwork0.20765 ---
obs0.20958 28738 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 95.211 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.4 Å20 Å20 Å2
2---8.77 Å20 Å2
3----1.63 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.55→29.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3627 0 2 76 3705
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0193688
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023550
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.411.9824993
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8938207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.0715456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg21.99223.446177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.37915672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.4861540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2569
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0230.0214081
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.020.02727
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0217.0231827
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0037.021826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.81410.5312282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.81410.5342283
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0917.2961861
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.097.2991862
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.96510.822712
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.32982.9934092
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.32682.9714089
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.552→2.618 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.431 88 -
Rwork0.419 1951 -
obs--91.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.02351.33082.22940.59831.19755.94410.0785-0.00830.01990.04220.01220.01940.43170.2536-0.09070.10570.0546-0.09160.0471-0.02720.1665-4.7599-33.174516.6466
23.6584-0.83330.84082.01080.01126.44170.17220.1146-0.0869-0.16280.03240.13640.25950.6199-0.20450.10570.0118-0.07860.0794-0.03850.111-2.2927-30.977714.7055
32.6338-0.22140.50240.3564-0.31693.4769-0.12580.2098-0.0175-0.15550.05550.1171-0.24070.01490.07030.18070.0074-0.06650.1078-0.01510.1948-12.6841-33.55166.7232
44.0722-2.78760.03163.09840.40730.3617-0.00090.4326-0.1537-0.5243-0.18210.2067-0.20040.04940.1830.2498-0.0026-0.06190.2299-0.03710.1261-7.4551-46.9674-7.7829
55.9604-4.8858-1.53684.82121.50313.63370.09370.365-0.2011-0.419-0.31270.102-0.2359-0.02090.21910.1615-0.03080.00570.1673-0.01470.10531.6781-56.3165-10.0271
60.87321.43520.63225.29992.53421.886-0.0005-0.0780.1204-0.0659-0.22510.7725-0.5104-0.31630.22560.62360.1552-0.06570.12240.00720.2545-14.9547-2.292615.6603
71.8975-0.849-0.497710.24332.50791.35870.08990.27290.2012-0.9932-0.2798-0.0268-0.4119-0.01160.18990.28570.0359-0.09530.06390.050.1079-11.7854-25.5727-6.3092
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A35 - 105
2X-RAY DIFFRACTION2A106 - 157
3X-RAY DIFFRACTION3A158 - 194
4X-RAY DIFFRACTION4A195 - 297
5X-RAY DIFFRACTION5A298 - 334
6X-RAY DIFFRACTION6A335 - 463
7X-RAY DIFFRACTION7A464 - 491

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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