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万見
- PDB-6bpy: Aspergillus fumigatus Thioredoxin Reductase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bpy
タイトルAspergillus fumigatus Thioredoxin Reductase
要素Thioredoxin reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / redox homeostasis / Rossmann fold / dithiol
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / removal of superoxide radicals / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin reductase / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-II active site. / : / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FORMIC ACID / MALONATE ION / D-MALATE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Thioredoxin reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Neosartorya fumigata (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.201 Å
データ登録者Marshall, A.C. / Bruning, J.B.
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2019
タイトル: Structure, Mechanism, and Inhibition ofAspergillus fumigatusThioredoxin Reductase.
著者: Marshall, A.C. / Kidd, S.E. / Lamont-Friedrich, S.J. / Arentz, G. / Hoffmann, P. / Coad, B.R. / Bruning, J.B.
履歴
登録2017年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin reductase
B: Thioredoxin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,92220
ポリマ－79,8382
非ポリマー4,08318
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12330 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area24960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.220, 159.220, 121.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 36 or resid 44...
21(chain B and ((resid 2 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALLEULEU(chain A and (resid 2 through 36 or resid 44...AA2 - 363 - 37
12GLYGLYGLYGLY(chain A and (resid 2 through 36 or resid 44...AA4445
13GLNGLNGLNGLN(chain A and (resid 2 through 36 or resid 44...AA4546
14VALVALSERSER(chain A and (resid 2 through 36 or resid 44...AA2 - 3263 - 327
15VALVALSERSER(chain A and (resid 2 through 36 or resid 44...AA2 - 3263 - 327
16VALVALSERSER(chain A and (resid 2 through 36 or resid 44...AA2 - 3263 - 327
17VALVALSERSER(chain A and (resid 2 through 36 or resid 44...AA2 - 3263 - 327
21VALVALVALVAL(chain B and ((resid 2 and (name N or name...BB23
22METMETSERSER(chain B and ((resid 2 and (name N or name...BB1 - 3262 - 327
23METMETSERSER(chain B and ((resid 2 and (name N or name...BB1 - 3262 - 327
24METMETSERSER(chain B and ((resid 2 and (name N or name...BB1 - 3262 - 327
25METMETSERSER(chain B and ((resid 2 and (name N or name...BB1 - 3262 - 327

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Thioredoxin reductase


分子量: 39919.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (カビ) / 遺伝子: CDV57_04819, CDV58_04527 / プラスミド: pET-57-DEST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A229Y1X4, thioredoxin-disulfide reductase (NADPH)

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非ポリマー , 7種, 63分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.89 % / Mosaicity: 1.33 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 32% Tacsimate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月7日
放射モノクロメーター: Silicon Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→29.97 Å / Num. obs: 28434 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 92.69 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.191 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.199 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.2-3.398.22.30942080.4410.7922.45188.9
9.6-29.9718.30.06611530.9990.0160.06896.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.98 Å60.06 Å
Translation7.98 Å60.06 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
Aimless0.5.17データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3D8X

3d8x


解像度: 3.201→29.97 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2613 1407 4.99 %
Rwork0.231 --
obs0.2325 28215 95.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso max: 207.86 Å2 / Biso mean: 26.0896 Å2 / Biso min: 1.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.201→29.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4721 0 237 45 5003
Biso mean--143.52 76.16 -
残基数----643
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2663X-RAY DIFFRACTION11.736TORSIONAL
12B2663X-RAY DIFFRACTION11.736TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2006-3.31490.39331260.37212390251686
3.3149-3.44740.37681290.33192509263890
3.4474-3.60410.34561280.32422509263791
3.6041-3.79380.30441360.28852611274794
3.7938-4.03090.26351360.26242681281796
4.0309-4.34130.31480.24012767291598
4.3413-4.77660.23421470.20672776292399
4.7766-5.46420.26311490.19982797294699
5.4642-6.87060.23291500.207828412991100
6.8706-29.9750.20411580.184129273085100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2306-1.8344-2.25564.4511-3.04547.19470.6779-0.7498-1.41570.19-0.8226-0.83580.93880.65080.40030.9182-0.3267-0.13170.84290.24591.1938-52.975130.0394-43.0181
25.84811.13320.43796.34192.02799.48530.3929-0.2042-0.97820.058-0.3453-0.90451.9031-0.49950.03860.8837-0.0976-0.04720.73230.05310.9698-65.263425.7895-59.263
34.3024-0.1596-0.52673.778-1.47228.2380.717-1.3522-0.85620.7588-0.4422-1.23540.63071.0126-0.14441.0544-0.3187-0.26130.9510.35971.3531-50.921124.7465-39.355
43.47133.70511.96844.04092.7192.4033-0.0766-0.3404-0.69690.546-0.2061-0.7296-0.02090.80560.29561.1409-0.2249-0.28570.5840.20421.1557-68.123817.0743-49.8542
55.0039-0.2188-3.00355.85930.02715.31790.09360.21260.4489-0.21570.30230.4147-0.2322-0.2553-0.30620.8029-0.2047-0.21880.40360.18350.9807-84.728210.785-52.8842
62.01541.0802-0.07372.81441.92231.53340.9773-1.4996-0.3531.135-0.9510.51840.7-0.7920.02731.3322-0.5094-0.01510.95140.22950.9765-71.002621.6425-38.2616
75.4399-1.54243.1082.35121.05846.09711.0352-1.3365-0.21240.7716-0.5851-0.1425-0.1036-0.0631-0.31871.0972-0.42990.13830.78610.11580.7397-63.669536.2124-38.3438
83.0812-3.74171.15035.6172-0.66972.7790.14850.7951.3492-0.4938-0.00590.4084-0.0988-0.1267-0.14280.9696-0.2080.00380.68750.28910.9943-76.103644.1492-62.3124
98.17034.846-1.01295.5831-0.82490.74770.3892-0.60491.27160.7675-0.18440.8136-0.38780.0333-0.23940.9872-0.25040.11490.62890.02090.8871-61.173454.9625-49.0495
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 44 )A2 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 45 through 63 )A45 - 63
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 64 through 112 )A64 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 113 through 155 )A113 - 155
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 156 through 246 )A156 - 246
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 247 through 278 )A247 - 278
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 279 through 326 )A279 - 326
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 112 )B1 - 112
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 113 through 326 )B113 - 326

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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