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- PDB-6bp6: Crystal structure of Commd9 COMM domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bp6
タイトルCrystal structure of Commd9 COMM domain
要素COMM domain-containing protein 9
キーワードENDOCYTOSIS / Copper metabolism / COMM domain / CCC complex / Commander complex / membrane trafficking / recycling / Retriever / endosome
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium ion transport / cholesterol homeostasis / Neddylation / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / extracellular region / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
COMM domain-containing protein 9 / : / COMMD9, helical N-terminal domain / COMM domain / COMM domain / COMM domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
COMM domain-containing protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Healy, M.D. / Chandra, M. / Collins, B.M. / Ghai, R.
資金援助 オーストラリア, 5件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1097185 オーストラリア
University of Queensland2016003796 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1058734 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1061574 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP160101743 オーストラリア
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Structural insights into the architecture and membrane interactions of the conserved COMMD proteins.
著者: Healy, M.D. / Hospenthal, M.K. / Hall, R.J. / Chandra, M. / Chilton, M. / Tillu, V. / Chen, K.E. / Celligoi, D.J. / McDonald, F.J. / Cullen, P.J. / Lott, J.S. / Collins, B.M. / Ghai, R.
履歴
登録2017年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COMM domain-containing protein 9
B: COMM domain-containing protein 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1452
ポリマ－21,1452
非ポリマー00
水1629
1
A: COMM domain-containing protein 9
B: COMM domain-containing protein 9

A: COMM domain-containing protein 9
B: COMM domain-containing protein 9

A: COMM domain-containing protein 9
B: COMM domain-containing protein 9

A: COMM domain-containing protein 9
B: COMM domain-containing protein 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,5808
ポリマ－84,5808
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area24190 Å2
ΔGint-187 kcal/mol
Surface area34290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.404, 79.404, 58.572
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-107-

HOH

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要素

#1: タンパク質 COMM domain-containing protein 9


分子量: 10572.486 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COMMD9, HSPC166 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9P000
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.0), 6% Jeffamine M-600

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→47.13 Å / Num. obs: 9689 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 26.7
反射 シェル解像度: 2.17→2.24 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13rc1_2954: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.17→30.366 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 34.54 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2855 950 9.97 %
Rwork0.2477 --
obs0.2514 9527 97.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→30.366 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1238 0 0 9 1247
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041248
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6371682
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.906792
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043212
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005208
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1699-2.28430.39061300.30891135X-RAY DIFFRACTION93
2.2843-2.42730.39261330.31321211X-RAY DIFFRACTION96
2.4273-2.61470.36211300.30871207X-RAY DIFFRACTION98
2.6147-2.87760.35751370.29851250X-RAY DIFFRACTION99
2.8776-3.29360.32171450.28251239X-RAY DIFFRACTION100
3.2936-4.14790.27951350.25371264X-RAY DIFFRACTION100
4.1479-30.36870.23831400.20691271X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2567-1.38111.95964.04552.49581.29530.36830.2517-0.132-0.90620.03820.6938-0.05170.1851-0.4560.407-0.09690.05930.4874-0.02570.407822.682428.76089.8432
23.1914-2.69761.09122.3193-1.01310.5291-2.9486-0.89270.14682.61860.9070.1588-0.15820.72520.51481.55720.62440.72372.16370.03851.111723.58317.904328.1843
36.20912.2614-2.288.9196-1.31396.18810.06780.25610.67050.06280.25250.6519-1.21090.1677-0.05660.62170.0158-0.0260.6662-0.07090.608825.35629.411911.3658
46.4471-2.74391.12675.725-6.07994.8896-0.0631-1.0009-0.4701-0.2020.68461.43280.2012-0.6128-0.76120.5117-0.07320.00440.7251-0.14261.00087.003537.656516.2017
53.6776-1.08280.10850.21550.02250.1396-3.937-1.4297-2.82432.71631.51361.27944.1567-0.47440.50931.90130.34050.92560.09130.55971.325432.09418.015522.8436
65.103-5.27592.85095.2091-2.33086.4339-0.2734-0.0969-0.14740.8510.140.93960.02920.0815-0.06080.4591-0.00660.14660.5381-0.01820.703716.436541.533718.5567
70.2712-1.7338-0.66251.99250.8822.0513-0.11493.80471.19381.6541-1.71951.97890.0245-6.02570.2731.1836-0.2397-0.04272.15040.48131.4068.702555.12510.66
88.7914-2.19364.17797.3860.25562.84270.31260.8241-0.69590.2119-0.37480.41530.63690.79930.21420.5588-0.03250.06640.51970.01180.6818.449240.844316.6661
99.1485-2.12550.61736.9714-0.36627.8297-0.61190.60110.92980.5141-0.287-1.20420.03352.42980.05120.5194-0.0345-0.05260.625-0.10640.57125.648436.821218.6985
103.4117-2.91553.53134.0891-0.14484.96550.61091.3475-1.3391-1.6436-0.3182.32190.76740.0111-0.31730.5334-0.0251-0.03840.6274-0.07931.316112.953520.792412.013
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 21 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 29 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 30 through 61 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 62 through 89 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 8 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 9 through 21 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 22 through 29 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 30 through 41 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 42 through 61 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 62 through 89 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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