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- PDB-6boz: Structure of human SETD8 in complex with covalent inhibitor MS4138 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6boz
タイトルStructure of human SETD8 in complex with covalent inhibitor MS4138
要素N-lysine methyltransferase KMT5A
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE inhibitor / protein-small molecule inhibitor complex / TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lysine N-methyltransferase activity / histone H4K20 monomethyltransferase activity / [histone H4]-lysine20 N-methyltransferase / histone H4K20 methyltransferase activity / histone H4 methyltransferase activity / polytene chromosome / peptidyl-lysine monomethylation / mitotic chromosome condensation / protein-lysine N-methyltransferase activity / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator ...lysine N-methyltransferase activity / histone H4K20 monomethyltransferase activity / [histone H4]-lysine20 N-methyltransferase / histone H4K20 methyltransferase activity / histone H4 methyltransferase activity / polytene chromosome / peptidyl-lysine monomethylation / mitotic chromosome condensation / protein-lysine N-methyltransferase activity / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone methyltransferase activity / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / Condensation of Prophase Chromosomes / regulation of signal transduction by p53 class mediator / Regulation of TP53 Activity through Methylation / PKMTs methylate histone lysines / transcription corepressor activity / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Class V SAM-dependent methyltransferases / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / : / : / Beta-clip-like / SET domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. ...Class V SAM-dependent methyltransferases / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / : / : / Beta-clip-like / SET domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E1J / N-lysine methyltransferase KMT5A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Babault, N. / Anqi, M. / Jin, J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM122749 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA218600 米国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)R01HD088626 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: The dynamic conformational landscape of the protein methyltransferase SETD8.
著者: Chen, S. / Wiewiora, R.P. / Meng, F. / Babault, N. / Ma, A. / Yu, W. / Qian, K. / Hu, H. / Zou, H. / Wang, J. / Fan, S. / Blum, G. / Pittella-Silva, F. / Beauchamp, K.A. / Tempel, W. / Jiang, ...著者: Chen, S. / Wiewiora, R.P. / Meng, F. / Babault, N. / Ma, A. / Yu, W. / Qian, K. / Hu, H. / Zou, H. / Wang, J. / Fan, S. / Blum, G. / Pittella-Silva, F. / Beauchamp, K.A. / Tempel, W. / Jiang, H. / Chen, K. / Skene, R.J. / Zheng, Y.G. / Brown, P.J. / Jin, J. / Luo, C. / Chodera, J.D. / Luo, M.
履歴
登録2017年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-lysine methyltransferase KMT5A
B: N-lysine methyltransferase KMT5A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3885
ポリマ－43,4972
非ポリマー8913
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.560, 68.060, 125.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 N-lysine methyltransferase KMT5A / H4-K20-HMTase KMT5A / Histone-lysine N-methyltransferase KMT5A / Lysine N-methyltransferase 5A / ...H4-K20-HMTase KMT5A / Histone-lysine N-methyltransferase KMT5A / Lysine N-methyltransferase 5A / Lysine-specific methylase 5A / PR/SET domain-containing protein 07 / PR/SET07 / SET domain-containing protein 8


分子量: 21748.379 Da / 分子数: 2 / 断片: human SETD8 catalytic domain (232-393) / 変異: C343S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KMT5A, PRSET7, SET07, SET8, SETD8 / プラスミド: pHIS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) codon plus RIL
参照: UniProt: Q9NQR1, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, histone-lysine N-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-E1J / N-(3-{[7-(2-aminoethoxy)-6-methoxy-2-(pyrrolidin-1-yl)quinazolin-4-yl]amino}propyl)prop-2-enamide


分子量: 414.501 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N6O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 20.87 % / Mosaicity: 0.47 °
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 20% (w/v) PEG 6,000, 0.2 M MgCl, 0.1 M HEPES (pH 7.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→62.95 Å / Num. all: 11209 / Num. obs: 11209 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 30.01 Å2 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.129 / Rsym value: 0.11 / Net I/av σ(I): 4.8 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 39948
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.4-2.5330.3611.815500.2420.4370.36197.8
2.53-2.683.40.2772.415270.1740.3290.27799.5
2.68-2.873.80.2083.214360.1230.2420.20899.8
2.87-3.13.80.1444.713310.0840.1670.144100
3.1-3.393.80.1046.112340.0610.1210.104100
3.39-3.793.80.0916.311350.0540.1060.091100
3.79-4.383.80.0816.910040.0470.0940.08199.9
4.38-5.373.60.0836.78740.0490.0970.08399.9
5.37-7.593.40.0975.36920.060.1140.09799.9
7.59-68.063.10.0855.34260.0550.1020.08599.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.4→62.95 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2419 574 5.14 %
Rwork0.1787 --
obs0.182 11165 99.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 107.65 Å2 / Biso mean: 38.9112 Å2 / Biso min: 9.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→62.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2161 0 64 74 2299
Biso mean--20.03 29.66 -
残基数----273
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072264
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9163036
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051319
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004390
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3851357
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.64150.29341340.21782574270898
2.6415-3.02380.26091410.213825802721100
3.0238-3.80960.26241440.165726532797100
3.8096-62.97160.20591550.162227842939100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.5085-1.4986-1.94978.86711.69794.3479-0.32490.7591-1.7566-0.5497-0.34460.55670.03650.19250.53351.11540.44870.10930.6495-0.15270.6544-1.968-16.51522.062
26.98882.08691.31686.80262.21868.61170.13750.35940.3379-0.92470.1941-0.0897-0.32020.1001-0.34050.2423-0.08690.04490.2569-0.00370.2555-4.8083.99722.878
36.39640.751-0.19855.5984-0.55225.52260.54250.4388-0.3441-0.6055-0.27310.06270.9244-0.3992-0.13750.21990.04490.02960.2641-0.0350.1746-9.067-7.57323.193
45.1431-1.9660.33067.03074.08536.23590.1407-0.5109-0.26860.08550.4046-0.61330.04680.1752-0.49520.13560.0339-0.03520.23390.00180.22125.111-9.68745.878
55.9142-3.1692-1.37631.8824-0.26367.3586-0.1492-0.0398-0.08380.26680.2041-0.02750.4519-0.1061-0.10190.14790.0016-0.03580.286-0.02740.1779-1.428-7.79342.789
65.5682.74744.31113.78041.01093.8905-0.12550.86010.06-0.10730.3319-0.81490.35531.34480.14640.16250.0858-0.07340.4315-0.01440.41964.197-2.14931.128
74.2458-1.53342.39149.3781-1.55022.93620.0656-0.4924-0.252-0.14810.12720.96280.2502-0.1915-0.18160.2229-0.0638-0.01390.27510.05210.1683-10.104-5.91731.176
81.01440.1021-1.2123.8672-1.15471.723-0.05010.2490.00660.0420.17480.15510.2156-0.0227-0.12290.25860.0067-0.1060.20050.00420.2167-10.659-7.64926.032
92.21351.6277-2.71741.9968-2.19163.2398-0.2173-0.5543-0.267-0.5308-0.42240.87460.7883-0.18220.37990.3339-0.09580.00420.3614-0.04250.4962-18.008-8.91535.047
102.5337-1.0898-3.26690.87671.2176.86610.2607-0.12540.04750.50060.12390.1040.10640.17020.58561.5059-0.5410.80670.7277-0.3270.3934-6.219-4.52873.087
114.9911.21120.52072.1553-3.4347.6698-0.04240.05420.16080.25220.1365-0.04560.0017-0.8919-0.09650.34060.02210.03550.3707-0.08940.3123-5.65212.37164.74
124.162-0.07180.82625.21831.25886.69260.2335-0.12640.18990.7855-0.301-0.0130.00790.08490.10970.1918-0.04250.05180.2691-0.06990.174-0.6117.9363.867
135.80292.1907-0.51212.82032.15824.05160.08150.35760.3457-0.2366-0.00570.5561-0.1883-0.7548-0.13040.1358-0.01150.00190.29150.00670.2634-12.744-4.14446.448
142.5013-0.01810.68027.4468-0.55667.23370.07910.069-0.63640.3524-0.1673-0.02240.98360.55230.15390.34960.02540.0090.2914-0.00420.257-5.775-11.21754.016
154.20342.16221.21067.9273-0.5515.24320.3014-0.07310.05820.503-0.2360.45350.0566-0.1651-0.07070.2427-0.00070.03470.2106-0.07130.2128-3.6192.31358.683
160.8988-0.13270.47866.55861.342.2410.2109-0.22240.11010.4728-0.2572-0.34130.1702-0.48110.03090.2586-0.04190.00920.25340.0160.18671.3182.13164.663
172.35331.34190.50360.82491.00648.0873-0.04920.3345-1.0940.11080.6181-1.26791.32510.9558-0.07320.29370.09230.04620.2773-0.11110.51344.3530.4555.605
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 246:253 )A246 - 253
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 254:273 )A254 - 273
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 274:288 )A274 - 288
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 289:302 )A289 - 302
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 303:326 )A303 - 326
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 327:334 )A327 - 334
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 335:353 )A335 - 353
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 354:373 )A354 - 373
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 374:384 )A374 - 384
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 246:253 )B246 - 253
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 254:264 )B254 - 264
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 265:288 )B265 - 288
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 289:312 )B289 - 312
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 313:326 )B313 - 326
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 327:353 )B327 - 353
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 354:373 )B354 - 373
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN B AND RESID 374:379 )B374 - 379

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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