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- PDB-6bon: Crystal structure of 2-methylcitrate synthase from Aspergillus fu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bon
タイトルCrystal structure of 2-methylcitrate synthase from Aspergillus fumigatus with oxaloacetate and coenzyme-A.
要素2-methylcitrate synthase, mitochondrial2-メチルクエン酸シンターゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / mcsA / 2-methylcitrate synthase (2-メチルクエン酸シンターゼ) / citrate synthase (クエン酸シンターゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


2-メチルクエン酸シンターゼ / 2-methylcitrate synthase activity / propionate catabolic process, 2-methylcitrate cycle / citrate synthase (unknown stereospecificity) / citrate (Si)-synthase activity / クエン酸回路 / ミトコンドリアマトリックス
類似検索 - 分子機能
Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / クエン酸シンターゼ / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily ...Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / クエン酸シンターゼ / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
補酵素A / OXALOACETATE ION / 2-methylcitrate synthase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Neosartorya fumigata (アスペルギルス・フミガーツス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Schlachter, C. / Chruszcz, M.
引用ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Comparative studies of Aspergillus fumigatus 2-methylcitrate synthase and human citrate synthase.
著者: Schlachter, C.R. / Klapper, V. / Radford, T. / Chruszcz, M.
履歴
登録2017年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-methylcitrate synthase, mitochondrial
B: 2-methylcitrate synthase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,2766
ポリマ－97,1152
非ポリマー1,1614
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11370 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area29150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.869, 93.235, 124.867
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 31 - 464 / Label seq-ID: 7 - 440

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 2-methylcitrate synthase, mitochondrial / 2-メチルクエン酸シンターゼ / Methylcitrate synthase / (2S / 3S)-2-methylcitrate synthase / Citrate synthase 2


分子量: 48557.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain CEA10 / CBS 144.89 / FGSC A1163) (アスペルギルス・フミガーツス)
株: CEA10 / CBS 144.89 / FGSC A1163 / 遺伝子: mcsA, AFUB_094700 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B0YD89, 2-メチルクエン酸シンターゼ, citrate synthase (unknown stereospecificity)
#2: 化合物 ChemComp-OAA / OXALOACETATE ION / オキサロ酢酸


分子量: 131.064 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3O5
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA / 補酵素A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 28% PEGMME2000 1.0 mM oxaloacetate 1.0 mM coenzyme-A 1.0 mM Guanosine monophosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 32572 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.119 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.524 / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / Num. unique obs: 1649 / Rpim(I) all: 0.308 / Rrim(I) all: 0.678 / Rsym value: 0.524 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UQO

5uqo


解像度: 2.35→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.748 / ESU R Free: 0.295 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25564 1635 5 %RANDOM
Rwork0.20384 ---
obs0.20644 30916 95.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 37.116 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.72 Å20 Å20 Å2
2--2.27 Å2-0 Å2
3----1.54 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.35→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6744 0 75 145 6964
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0196982
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.026529
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4221.9819483
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.641315156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0175866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.68324.094298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.113151158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9841538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217743
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.021384
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7862.7083470
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7842.7083469
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9714.0564334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9714.0574335
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6962.9123512
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6952.9093510
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.8484.2815149
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.81532.1017976
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.81532.1137977
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 27276 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.352→2.413 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 95 -
Rwork0.261 2078 -
obs--87.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2483-0.0641-0.1721.5650.67680.5699-0.07410.08720.0206-0.05240.05920.0319-0.04280.04140.01480.0889-0.0336-0.02650.07010.02390.1439-7.415-9.34413.408
20.41760.03970.10980.1258-0.0560.2771-0.02270.03490.0227-0.00640.03930.05530.02530.0417-0.01650.0908-0.0050.00460.0295-0.00020.1745-15.359-30.31618.102
31.0396-0.6861-0.86270.70450.75360.86430.03270.10950.0682-0.0252-0.04440.0054-0.0519-0.07890.01170.0841-0.0022-0.00520.0592-0.00850.1391-40.99-17.34614.312
40.4560.0442-0.13370.04650.03030.1138-0.02740.0432-0.04450.01040.0216-0.016-0.02550.00040.00580.11250.00870.00130.0150.01440.1946-19.934-18.66221.182
50.06240.09560.23210.26230.151.6386-0.0215-0.01920.0876-0.0178-0.05360.1516-0.1513-0.02170.07510.07860.01130.02570.0122-0.03050.2587-17.4641.20436.566
60.250.2526-0.00410.33320.06430.13050.071-0.03570.01760.1247-0.07040.06970.03640.0002-0.00060.1225-0.02760.05060.0378-0.02470.1584-11.748-18.28247.95
70.33950.09670.1640.29440.09310.1537-0.0350.01460.00640.07090.01970.0165-0.00120.02770.01530.11910.00260.00910.00640.00490.16163.044-11.8839.702
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A31 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2A91 - 309
3X-RAY DIFFRACTION3A310 - 402
4X-RAY DIFFRACTION4A403 - 464
5X-RAY DIFFRACTION5B31 - 91
6X-RAY DIFFRACTION6B92 - 327
7X-RAY DIFFRACTION7B328 - 464

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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