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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bok | |||||||||
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タイトル | E. coli release factor 1 (containing deletion 302-304) bound to the 70S ribosome | |||||||||
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![]() | RIBOSOME / class I release factors / stop-codon recognition / switch loop | |||||||||
機能・相同性 | ![]() translation release factor activity, codon specific / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit ...translation release factor activity, codon specific / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Svidritskiy, E. / Korostelev, A.A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Conformational Control of Translation Termination on the 70S Ribosome. 著者: Svidritskiy, E. / Korostelev, A.A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 9.8 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 446.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 706.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-16S ribosomal ... , 2種, 6分子 ADBDIAGBLC
#1: RNA鎖 | 分子量: 489561.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: GenBank: 46197919 #4: RNA鎖 | 分子量: 24846.902 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 |
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-RNA鎖 , 3種, 6分子 BEBCFBHAKC
#2: RNA鎖 | 分子量: 936785.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: GenBank: 46197919 #3: RNA鎖 | 分子量: 38882.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: GenBank: 46197919 #34: RNA鎖 | 分子量: 8862.456 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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+50S ribosomal protein ... , 29種, 58分子 EHBFIBGJBHKBILBJMBKNBLOBMPBNQBORBPSBQTBRUBSVB...
-30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 JAMCKANCLAOCMAPCNAQCOARCPASCQATCRAUCSAVCTAWCUAXCVAYCWAZCXAAD...
#35: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62662 #36: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62663 #37: タンパク質 | 分子量: 24373.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62664 #38: タンパク質 | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62665 #39: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62666 #40: タンパク質 | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62667 #41: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62668 #42: タンパク質 | 分子量: 14429.661 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62669 #43: タンパク質 | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62653 #44: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62654 #45: タンパク質 | 分子量: 14683.476 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P61941 #46: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62655 #47: タンパク質 | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62656 #48: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62657 #49: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62238 #50: タンパク質 | 分子量: 12324.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62658 #51: タンパク質 | 分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62659 #52: タンパク質 | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62660 #53: タンパク質 | 分子量: 11722.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62661 #54: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62613 |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 GDHD
#55: タンパク質 | 分子量: 41285.090 Da / 分子数: 2 / Mutation: 302-304 deletion / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 2種, 1528分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#56: 化合物 | ChemComp-MG / #57: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 |
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結晶化 |
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 3.55→90 Å / Num. obs: 699120 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38.5 % / Net I/σ(I): 7.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 3.55→3.75 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.55→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.55→50 Å
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