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万見
- PDB-6bnm: Crystal Structure of the P-Rex2 PH domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bnm
タイトルCrystal Structure of the P-Rex2 PH domain
要素Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 2 protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / pleckstrin homology domain / beta sandwich / phosphatidylinositol-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of signaling / regulation of small GTPase mediated signal transduction / dendrite morphogenesis / CDC42 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / GTPase activator activity / adult locomotory behavior / guanyl-nucleotide exchange factor activity ...regulation of signaling / regulation of small GTPase mediated signal transduction / dendrite morphogenesis / CDC42 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / GTPase activator activity / adult locomotory behavior / guanyl-nucleotide exchange factor activity / Regulation of PTEN stability and activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
PREX2, DEP domain 1 / : / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / SOS1/NGEF-like PH domain / Dbl homology (DH) domain superfamily ...PREX2, DEP domain 1 / : / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / SOS1/NGEF-like PH domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / PDZ domain / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily / Roll / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cash, J.N. / Sharma, P.V. / Tesmer, J.J.G.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL086865 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL122416 米国
American Cancer Society-Michigan Cancer Research FundPF-14-224-01-DMC 米国
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural and biochemical characterization of the pleckstrin homology domain of the RhoGEF P-Rex2 and its regulation by PIP3.
著者: Cash, J.N. / Sharma, P.V. / Tesmer, J.J.G.
履歴
登録2017年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2095
ポリマ－19,0671
非ポリマー1424
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area520 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area7870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.105, 60.105, 86.238
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 2 protein / PtdIns(3 / 4 / 5)-dependent Rac exchanger 2 / DEP domain-containing protein 2


分子量: 19066.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PREX2, DEPDC2 / プラスミド: pMALc2H10T
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q70Z35
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.85 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M Sodium Acetate pH 5, 3.325 M Sodium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.078 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→52.05 Å / Num. obs: 14598 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 1.027 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.934.50.7137000.7260.350.7990.57696.8
1.93-1.9750.6377150.8240.2920.7040.5999.9
1.97-2.015.70.4947340.8890.2130.540.637100
2.01-2.057.30.4027060.9320.1560.4320.662100
2.05-2.097.60.3457190.9510.1320.370.68999.9
2.09-2.147.70.2697430.9660.1020.2880.799.9
2.14-2.197.50.2147130.9740.0820.230.73899.9
2.19-2.257.60.187350.9860.0680.1930.7799.9
2.25-2.327.80.1647350.9870.0610.1750.79899.9
2.32-2.397.60.1297130.9890.0490.1390.78699.7
2.39-2.487.70.1247230.9930.0460.1330.89799.2
2.48-2.587.60.1067270.9930.040.1141.03899.6
2.58-2.77.60.1037360.9940.0390.1111.3199.3
2.7-2.847.60.0897300.9960.0330.0951.60499.5
2.84-3.027.70.077360.9970.0250.0741.6399.2
3.02-3.257.60.0527230.9980.0190.0551.35298.9
3.25-3.587.70.0497410.9980.0180.0521.18998.5
3.58-4.097.60.0567380.9970.020.0591.49198
4.09-5.167.60.0387430.9990.0140.041.33697.1
5.16-507.10.0367880.9990.0140.0391.17995.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.17 Å44.56 Å
Translation5.17 Å44.56 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACK2.5.7データスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5D27

5d27


解像度: 1.9→52.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.413 / SU ML: 0.097 / SU R Cruickshank DPI: 0.1356 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.133
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2316 736 5 %RANDOM
Rwork0.1908 ---
obs0.1928 13861 99.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 89.23 Å2 / Biso mean: 36.253 Å2 / Biso min: 19.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.43 Å2-0.22 Å20 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3---1.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→52.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1135 0 4 74 1213
Biso mean--34.62 40.6 -
残基数----137
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0191160
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021090
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4471.9171557
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91132506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5325135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.69724.03262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.63115217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.798158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2162
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02288
LS精密化 シェル解像度: 1.899→1.948 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 64 -
Rwork0.286 981 -
all-1045 -
obs--97.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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