PDB-6bng: Structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from Acine...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bng

タイトル

Structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from Acinetobacter baumannii

要素

2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / Acinetobacter baumannii / 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase / aldolase / kdsA / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from Acinetobacter baumannii
著者: Abendroth, J. / Delker, S.L. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2017年11月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6bng.ent.gz	183.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	6bng_full_validation.pdf.gz	450.5 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/6bng ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/6bng	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4lu0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1gg0-1 1phq-1 1x6u-1 1x8f-1 6u57-1 1pl9-1 1q3n-1 1phw-1 3stg-d 3sz8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-AcbaC.00102.a TargetTrack: SSGCID-AcbaC.00102.a.B3 TargetTrack: AcbaC.00102.a.B3

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase

B: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase

ヘテロ分子

64.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase

B: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase

ヘテロ分子

A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase

B: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
129 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.690, 83.930, 87.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-508- HOH
2	1	A-524- HOH
3	1	B-425- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 5 through 6 or (resid 7...
2	1	(chain B and (resid 5 through 13 or (resid 14...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	PRO	PRO	(chain A and (resid 5 through 6 or (resid 7...	A	A	5 - 6	9 - 10
1	2	GLN	GLN	GLN	GLN	(chain A and (resid 5 through 6 or (resid 7...	A	A	7	11
1	3	HIS	HIS	SO4	SO4	(chain A and (resid 5 through 6 or (resid 7...	A	A - D	3 - 301	7
1	4	HIS	HIS	SO4	SO4	(chain A and (resid 5 through 6 or (resid 7...	A	A - D	3 - 301	7
1	5	HIS	HIS	SO4	SO4	(chain A and (resid 5 through 6 or (resid 7...	A	A - D	3 - 301	7
1	6	HIS	HIS	SO4	SO4	(chain A and (resid 5 through 6 or (resid 7...	A	A - D	3 - 301	7
2	1	LYS	LYS	GLY	GLY	(chain B and (resid 5 through 13 or (resid 14...	B	B	5 - 13	9 - 17
2	2	ASP	ASP	ASP	ASP	(chain B and (resid 5 through 13 or (resid 14...	B	B	14	18
2	3	LYS	LYS	SO4	SO4	(chain B and (resid 5 through 13 or (resid 14...	B	B - F	5 - 301	9
2	4	LYS	LYS	SO4	SO4	(chain B and (resid 5 through 13 or (resid 14...	B	B - F	5 - 301	9
2	5	LYS	LYS	SO4	SO4	(chain B and (resid 5 through 13 or (resid 14...	B	B - F	5 - 301	9
2	6	LYS	LYS	SO4	SO4	(chain B and (resid 5 through 13 or (resid 14...	B	B - F	5 - 301	9

#1: タンパク質	2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthase / KDO-8-phosphate synthase / KDOPS / Phospho- ...3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthase / KDO-8-phosphate synthase / KDOPS / Phospho-2-dehydro-3-deoxyoctonate aldolase 分子量: 32163.150 Da / 分子数: 2 / 断片: AcbaC.18885.a.B2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (strain AB307-0294) (バクテリア) 株: AB307-0294 / 遺伝子: kdsA, ABBFA_001556 / プラスミド: AcbaC.00102.a.B3 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: B7H226, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.8 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Microlytic/Anatrace MCSG-1 screen condition F9:, 30% pentaerythriol ethoxylate 15/4, 50mM Ammonium sulfate, 50mM BisTris/HCl pH 6.5: AcbaC.00102.a.B3.PS38194 at 23.46mg/ml: cryo: 20% EG: tray ...詳細: Microlytic/Anatrace MCSG-1 screen condition F9:, 30% pentaerythriol ethoxylate 15/4, 50mM Ammonium sulfate, 50mM BisTris/HCl pH 6.5: AcbaC.00102.a.B3.PS38194 at 23.46mg/ml: cryo: 20% EG: tray 289078 F8: puck MKN8-4.

結晶

マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.8 %

結晶化

温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Microlytic/Anatrace MCSG-1 screen condition F9:, 30% pentaerythriol ethoxylate 15/4, 50mM Ammonium sulfate, 50mM BisTris/HCl pH 6.5: AcbaC.00102.a.B3.PS38194 at 23.46mg/ml: cryo: 20% EG: tray ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月22日

放射

モノクロメーター: C[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→47.801 Å / Num. obs: 29750 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.89 % / B_iso Wilson estimate: 40.16 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_rim(I) all: 0.077 / Χ²: 1.031 / Net I/σ(I): 13.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.2-2.26	4.957	0.505	2.96	2169	0.922	0.564	100
2.26-2.32	4.979	0.461	3.31	2098	0.917	0.515	100
2.32-2.39	4.981	0.378	4.02	2053	0.947	0.422	100
2.39-2.46	4.977	0.333	4.58	1994	0.959	0.371	99.9
2.46-2.54	4.965	0.231	6.21	1940	0.982	0.258	99.9
2.54-2.63	4.968	0.209	6.79	1887	0.982	0.233	100
2.63-2.73	4.952	0.171	8.14	1812	0.988	0.19	100
2.73-2.84	4.944	0.142	9.57	1755	0.99	0.159	100
2.84-2.97	4.934	0.106	12.4	1674	0.994	0.118	100
2.97-3.11	4.92	0.088	14.39	1629	0.995	0.098	99.9
3.11-3.28	4.901	0.074	17.33	1531	0.996	0.083	99.9
3.28-3.48	4.892	0.06	20.82	1449	0.997	0.067	99.7
3.48-3.72	4.85	0.052	24.23	1380	0.997	0.058	100
3.72-4.02	4.816	0.048	26.19	1290	0.997	0.054	99.9
4.02-4.4	4.797	0.044	28.22	1185	0.998	0.049	99.8
4.4-4.92	4.757	0.044	29.88	1076	0.997	0.049	100
4.92-5.68	4.722	0.042	29.6	963	0.998	0.047	99.9
5.68-6.96	4.682	0.043	28.86	827	0.997	0.048	99.8
6.96-9.84	4.492	0.042	30.26	660	0.995	0.047	99.5
9.84-47.801	3.992	0.036	30.17	378	0.997	0.042	96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	dev_2947	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
MoRDa		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4lu0

4lu0

解像度: 2.2→47.801 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.41

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2262	1967	6.62 %	0
R_work	0.1796	-	-	-
obs	0.1828	29722	99.82 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 135.39 Å² / B_iso mean: 63.3913 Å² / B_iso min: 14.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→47.801 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4117	0	20	160	4297
B_iso mean	-	-	80.25	46.42	-
残基数	-	-	-	-	547

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2351	X-RAY DIFFRACTION	6.649	TORSIONAL
1	2	B	2351	X-RAY DIFFRACTION	6.649	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2-2.255	0.3284	157	0.2584	1915	2072	100
2.255-2.316	0.2806	156	0.2445	1927	2083	100
2.316-2.3841	0.2589	152	0.2248	1948	2100	100
2.3841-2.4611	0.2514	125	0.2124	1961	2086	100
2.4611-2.549	0.2206	143	0.1908	1965	2108	100
2.549-2.6511	0.2578	145	0.1873	1940	2085	100
2.6511-2.7717	0.2619	142	0.1874	1970	2112	100
2.7717-2.9179	0.2147	117	0.1928	1989	2106	100
2.9179-3.1006	0.2697	141	0.2124	1980	2121	100
3.1006-3.34	0.272	132	0.1979	1984	2116	100
3.34-3.676	0.2223	141	0.1749	1998	2139	100
3.676-4.2076	0.1917	139	0.1637	2010	2149	100
4.2076-5.3001	0.2022	128	0.1427	2042	2170	100
5.3001-47.8118	0.2045	149	0.1708	2126	2275	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3776	0.9839	0.4828	1.1337	0.4607	1.3554	-0.1366	-0.2772	-0.4188	0.0415	0.0913	0.3161	0.1309	-0.1855	0.0186	0.3017	0.0281	0.0761	0.3189	0.1194	0.5682	18.5492	-11.5692	6.8857
2	3.4874	1.8242	0.0185	3.9247	-0.3607	1.8502	-0.0256	-0.9148	0.2151	0.5068	0.033	0.5731	-0.0174	-0.228	0.0395	0.3428	0.1369	0.1273	0.5078	-0.0331	0.5155	19.3916	-0.8301	17.6741
3	3.4409	0.9159	0.6046	2.1037	0.1393	1.544	-0.1911	-0.7255	-0.3246	0.0882	0.151	0.0722	0.1538	-0.1168	0.0586	0.2932	0.0896	0.0421	0.3381	0.134	0.4662	29.4606	-7.7282	13.3065
4	2.9097	1.2464	0.2066	1.0414	0.2984	2.0002	-0.1434	-0.0316	-0.2892	-0.0965	0.1454	0.073	0.1331	-0.0569	0.0104	0.2835	0.0164	0.0363	0.1932	0.0379	0.4551	31.203	-10.4999	-1.3559
5	3.9874	-0.1942	-1.1727	2.879	1.3258	3.3226	-0.3373	0.1284	-0.0644	-0.3456	0.0926	0.1725	0.0029	-0.1105	0.2635	0.2766	-0.0403	-0.0163	0.2648	0.0717	0.5636	15.7095	-9.7585	-5.3754
6	0.9174	-0.0152	-0.1176	0.3417	-0.5424	0.8953	-0.1156	0.7141	-0.4281	-0.6063	0.4876	-0.075	0.2453	-0.4586	-0.0461	0.9225	-0.5157	-0.0729	1.2873	-0.2156	0.6866	18.7337	-13.3437	-34.3813
7	0.7767	-0.0388	0.0781	0.8279	0.1117	1.7563	-0.2311	0.5364	-0.6392	-0.5777	0.2707	-0.1413	0.436	0.1332	-0.1375	1.2463	-0.5348	0.1466	1.1602	-0.5832	1.0606	24.2307	-28.527	-36.2187
8	0.805	0.1097	-0.273	0.0375	-0.1526	0.7963	-0.0931	0.5932	-0.3956	-0.433	0.0061	0.1201	0.4226	-0.0904	-0.4016	1.2448	-0.6255	0.1003	1.56	-0.5889	0.6841	32.9261	-17.7824	-42.5542
9	0.4319	-0.0994	-0.3661	0.9534	-0.5618	1.4417	-0.104	0.5914	-0.0934	-0.4087	0.0694	0.1795	0.1242	-0.0435	-0.0642	1.1786	-0.5711	0.0284	1.655	-0.2809	0.5215	28.7077	-10.0571	-45.8359
10	0.7101	-0.1134	0.42	0.4483	0.1206	1.1347	-0.2238	1.1811	0.0377	-0.8113	0.1533	0.4307	0.088	-0.2199	0.1	0.9429	-0.4375	-0.1772	1.3126	-0.0263	0.3697	28.9093	-2.1977	-37.5111
11	0.0595	-0.1163	0.5492	0.2271	-1.0663	6.1156	-0.3365	1.0846	0.4447	-0.6695	0.1467	0.3827	-0.5632	-0.525	0.2067	0.8229	-0.2688	-0.2228	1.0614	0.2657	0.5006	24.0507	5.5418	-31.192
12	0.0319	0.1185	-0.0787	1.074	0.6503	1.7584	-0.2967	1.1129	0.2158	-0.7644	0.242	0.2684	0.2952	-0.3557	0.0048	0.6366	-0.249	-0.0628	0.7255	0.0107	0.4129	30.4162	-4.5524	-25.9747
13	2.6233	0.5295	0.5705	3.166	-0.3147	3.2515	-0.2624	0.9283	-0.3368	-0.6711	0.2749	-0.0906	0.0479	-0.0559	0.0063	0.5118	-0.2503	-0.0219	0.7125	-0.0833	0.4799	25.7041	-7.7213	-23.9282
14	3.7726	-0.8663	-0.9379	2.0284	0.3722	4.0966	-0.2919	0.6512	-0.8042	-0.66	0.3307	-0.1356	0.45	-0.0764	0.0032	0.5674	-0.2595	0.0946	0.5863	-0.1808	0.6046	25.7443	-16.9711	-22.1779
15	3.2594	-2.3319	-2.1423	2.3105	1.058	1.7568	-0.489	0.9515	-0.741	-0.8615	-0.0411	0.0662	0.4296	-0.0818	0.5501	1.1688	-0.2244	0.2395	1.1827	-0.3745	1.1648	37.3854	-24.2574	-29.8946
16	1.5559	-2.2667	-0.8764	5.4499	2.8262	4.2052	-0.4057	0.5587	-0.2879	-0.5242	0.4204	-0.4038	0.3098	-0.546	0.0861	0.6685	-0.362	0.0699	0.6213	-0.1487	0.7862	16.302	-17.9747	-19.8002

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 69 )	A	3 - 69
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 70 through 92 )	A	70 - 92
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 93 through 125 )	A	93 - 125
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 126 through 241 )	A	126 - 241
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 242 through 285 )	A	242 - 285
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 5 through 34 )	B	5 - 34
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 35 through 52 )	B	35 - 52
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 53 through 92 )	B	53 - 92
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 93 through 112 )	B	93 - 112
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 113 through 148 )	B	113 - 148
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 149 through 161 )	B	149 - 161
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 162 through 184 )	B	162 - 184
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 185 through 219 )	B	185 - 219
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 220 through 241 )	B	220 - 241
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 242 through 258 )	B	242 - 258
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 259 through 285 )	B	259 - 285

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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