PDB-6bnd: Crystal structure of the intrinsic colistin resistance enzyme ICR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bnd

タイトル

Crystal structure of the intrinsic colistin resistance enzyme ICR(Mc) from Moraxella catarrhalis, catalytic domain, Thr315Ala mutant mono-zinc and phosphoethanolamine complex

要素

Phosphoethanolamine transferase

キーワード

TRANSFERASE / antibiotic resistance / colistin / polymyxin / phosphoethanolamine transferase / sulfatase fold / alpha/beta protein / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Moraxella sp. HMSC061H09 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272201200026C	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272201200060C	米国

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Substrate Recognition by a Colistin Resistance Enzyme from Moraxella catarrhalis.
著者: Stogios, P.J. / Cox, G. / Zubyk, H.L. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Wright, G.D. / Savchenko, A.

履歴

登録	2017年11月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月14日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2018年5月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.4	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bnd.cif.gz	308.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bnd.ent.gz	241.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bnd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/6bnd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/6bnd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6bncC 6bneSC 6bnfC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1fin-1 3qhw-1 1okw-2 6bnc-d 2cjm-2 2uue-1 3qhr-2 3qhw-2 3bhv-1 1ol2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP-95742

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoethanolamine transferase

B: Phosphoethanolamine transferase

ヘテロ分子

81 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.520, 155.240, 66.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1198- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Phosphoethanolamine transferase 分子量: 37941.348 Da / 分子数: 2 / 変異: T315A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Moraxella sp. HMSC061H09 (バクテリア) 遺伝子: HMPREF2573_04170 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Gold / 参照: UniProt: A0A1E9VP98

-
非ポリマー , 5種, 1081分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-OPE / PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER / COLAMINE PHOSPHORIC ACID / ホスホエタノ-ルアミン分子量: 141.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₈NO₄P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500 分子量: 1529.829 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₉H₁₄₀O₃₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1073 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.4 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M MES pH 6, 22% (w/v) PEG 400, 2.5 mM zinc chloride, 5 mM phosphoethanolamine. Cryoprotectant paratone.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.27687 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.27687 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→31.8 Å / Num. obs: 91550 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.18 / R_pim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.64→1.68 Å / 冗長度: 12.6 % / R_merge(I) obs: 1.95 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 6896 / CC_1/2: 0.594 / R_pim(I) all: 0.827 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2733: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX	phenix.phaser	位相決定
PHENIX	phenix.autobuild	モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6BNE

6bne

解像度: 1.66→31.8 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.65

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1922	3712	2.11 %	RANDOM
R_work	0.1508	-	-	-
obs	0.1517	175556	99.83 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.66→31.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5186	0	55	1073	6314

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	5440
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.319	7420
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.86	1995
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.097	825
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	974

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.66-1.681	0.3267	135	0.342	6323	X-RAY DIFFRACTION	100
1.681-1.7031	0.327	136	0.3208	6407	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7031-1.7265	0.3544	136	0.3043	6323	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7265-1.7511	0.3097	138	0.2777	6373	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7511-1.7773	0.273	136	0.2677	6388	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7773-1.805	0.251	137	0.2533	6302	X-RAY DIFFRACTION	100
1.805-1.8346	0.2637	139	0.2451	6415	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8346-1.8662	0.2543	137	0.2236	6346	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8662-1.9002	0.24	139	0.2027	6395	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9002-1.9367	0.2347	132	0.1882	6317	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9367-1.9762	0.2034	139	0.1726	6415	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9762-2.0192	0.1923	140	0.1678	6324	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0192-2.0662	0.2145	140	0.1597	6410	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0662-2.1178	0.2246	134	0.1621	6317	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1178-2.1751	0.2066	143	0.1598	6396	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1751-2.2391	0.1935	141	0.1398	6315	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2391-2.3113	0.1878	135	0.1363	6417	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3113-2.3939	0.1525	136	0.1301	6339	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3939-2.4897	0.1789	142	0.1319	6386	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4897-2.603	0.1742	138	0.1334	6325	X-RAY DIFFRACTION	100
2.603-2.7401	0.1721	136	0.1304	6408	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7401-2.9117	0.1828	138	0.1324	6376	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9117-3.1363	0.1784	138	0.1342	6364	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1363-3.4516	0.201	139	0.1235	6387	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4516-3.9503	0.1792	140	0.1134	6348	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9503-4.9739	0.1247	137	0.1117	6377	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9739-31.8114	0.1975	131	0.1624	6351	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1383	0.0316	0.3199	1.0321	-0.1999	1.2303	-0.0644	0.2278	0.2011	-0.1538	0.0346	-0.0843	0.0335	0.0003	0.0422	0.1601	-0.0223	0.0237	0.136	0.036	0.168	15.7084	24.0054	4.6584
2	1.5665	-0.1195	0.6175	1.3853	-0.8098	2.146	-0.0885	0.0725	0.0389	-0.0613	0.1012	0.0099	-0.0151	-0.1282	-0.0254	0.1377	-0.0196	0.0151	0.1327	-0.0025	0.1569	6.8168	14.1553	10.5444
3	5.3788	1.5618	1.1304	6.0216	-2.5205	5.3546	0.0814	-0.8156	0.3618	0.6207	0.0206	-0.146	-0.3668	0.0778	-0.1275	0.1951	0.01	-0.0275	0.241	-0.0735	0.1915	22.6627	22.846	29.2848
4	1.2457	0.1103	0.2822	1.2526	0.1396	1.6488	-0.0558	0.0852	0.1769	-0.1228	0.0346	-0.135	-0.117	0.0167	0.0099	0.1217	-0.0219	0.0259	0.1197	0.0212	0.1905	18.2739	25.5474	8.5655
5	7.4073	-4.4659	2.7919	3.15	-0.9757	2.336	0.0848	0.5352	0.0636	-0.6342	0.1772	0.5815	-0.2437	-0.4255	-0.1911	0.405	-0.0639	0.0157	0.3477	0.1141	0.3394	12.672	29.1127	-7.8752
6	2.6015	-0.278	0.7693	0.8873	-0.0772	1.3247	-0.0667	-0.1447	0.2872	0.1182	0.0432	-0.0533	-0.0362	0.053	0.0407	0.1596	0.0326	0.0093	0.1278	-0.0259	0.1544	-16.4792	23.3937	28.1408
7	1.2615	-0.1848	0.4311	0.7716	-0.0506	1.5079	-0.0411	-0.0356	-0.0544	0.0324	0.0645	-0.0083	0.0322	0.0279	-0.031	0.1536	0.0101	0.0157	0.1491	0.0042	0.1562	-10.2892	12.459	20.1822
8	3.8704	-1.3288	1.281	7.0437	4.9519	4.8341	0.0899	1.166	0.5248	-1.1298	-0.0277	-0.5662	-0.4361	0.4284	-0.0287	0.2581	-0.0088	-0.012	0.4988	0.1646	0.3926	-27.6615	22.7643	2.2339
9	1.2485	-0.0716	0.2332	1.0856	-0.1398	1.7529	-0.0342	-0.0786	0.178	0.0926	0.0569	0.0922	-0.129	-0.0355	-0.0229	0.1133	0.024	0.0259	0.122	-0.0104	0.1536	-20.7881	23.0032	24.8851
10	6.9055	4.7616	2.2267	7.7018	1.7485	9.0215	-0.0613	-0.8479	0.1807	0.6131	0.1914	-0.6919	0.1744	0.1267	-0.0627	0.2918	0.1122	-0.0196	0.3187	-0.1082	0.3007	-15.8671	27.0287	41.3167

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 244:325)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 326:426)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 427:457)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 458:566)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 567:578)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 244:334)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 335:439)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 440:458)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 459:566)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 567:578)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)