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- PDB-6bn1: Salvador Hippo SARAH domain complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bn1
タイトルSalvador Hippo SARAH domain complex
要素
  • Scaffold protein salvador
  • Serine/threonine-protein kinase hippo
キーワードSIGNALING PROTEIN / Hippo
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of the Hippo kinase cassette / Phosphorylation-dependent inhibition of YKI / Phosphorylation-independent inhibition of YKI / apicomedial cortex / Malpighian tubule development / Signaling by Hippo / R8 cell fate specification / imaginal disc development / R8 cell development / DS ligand bound to FT receptor ...Formation of the Hippo kinase cassette / Phosphorylation-dependent inhibition of YKI / Phosphorylation-independent inhibition of YKI / apicomedial cortex / Malpighian tubule development / Signaling by Hippo / R8 cell fate specification / imaginal disc development / R8 cell development / DS ligand bound to FT receptor / regulation of imaginal disc growth / compound eye morphogenesis / border follicle cell migration / morphogenesis of an epithelial sheet / retinal cell programmed cell death / positive regulation of mitophagy / negative regulation of organ growth / eye development / hippo signaling / regulation of apoptotic signaling pathway / regulation of protein processing / negative regulation of multicellular organism growth / negative regulation of glial cell proliferation / negative regulation of neuroblast proliferation / organ growth / regulation of dendrite morphogenesis / response to ionizing radiation / regulation of MAPK cascade / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / stem cell proliferation / stem cell differentiation / protein tetramerization / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein destabilization / apical part of cell / regulation of cell population proliferation / molecular adaptor activity / negative regulation of neuron apoptotic process / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / apical plasma membrane / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Scaffold protein salvador / Mst1 SARAH domain / C terminal SARAH domain of Mst1 / SARAH domain / SARAH domain profile. / p53, subunit A / p53-like tetramerisation domain / p53-like tetramerisation domain superfamily / WW domain ...: / Scaffold protein salvador / Mst1 SARAH domain / C terminal SARAH domain of Mst1 / SARAH domain / SARAH domain profile. / p53, subunit A / p53-like tetramerisation domain / p53-like tetramerisation domain superfamily / WW domain / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / Few Secondary Structures / Irregular / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Serine/threonine-protein kinase hippo / Scaffold protein salvador
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Cairns, L. / Kavran, J.M.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Salvador has an extended SARAH domain that mediates binding to Hippo kinase.
著者: Cairns, L. / Tran, T. / Fowl, B.H. / Patterson, A. / Kim, Y.J. / Bothner, B. / Kavran, J.M.
履歴
登録2017年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase hippo
B: Scaffold protein salvador
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8027
ポリマ－15,2712
非ポリマー5315
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area8640 Å2
2
A: Serine/threonine-protein kinase hippo
ヘテロ分子

A: Serine/threonine-protein kinase hippo
ヘテロ分子

B: Scaffold protein salvador
ヘテロ分子

B: Scaffold protein salvador
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,60414
ポリマ－30,5414
非ポリマー1,06310
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation3_564-y,x+1,z-1/41
crystal symmetry operation7_565y,x+1,-z+1/41
Buried area5660 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area21060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.934, 49.934, 186.169
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase hippo / Drosophila homolog of MST1 and MST2 / STE20-like kinase MST / dMST


分子量: 6936.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: hpo, CG11228 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8T0S6, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Scaffold protein salvador / Shar-pei


分子量: 8333.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: sav, SHRP, CG33193 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VCR6
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 100 mM Sodium Cacadylate 35% MPD 2% PEG 20K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→38.903 Å / Num. obs: 7868 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.4 % / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.9 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.6→38.903 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2459 384 4.9 %
Rwork0.202 --
obs0.2042 7836 99.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→38.903 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1047 0 33 34 1114
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071094
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9521464
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.536425
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038154
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005185
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6002-2.97640.33661280.28442388X-RAY DIFFRACTION99
2.9764-3.74940.27351220.22022442X-RAY DIFFRACTION99
3.7494-38.90750.221340.17852622X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.3063 Å / Origin y: 16.6109 Å / Origin z: 19.8501 Å
111213212223313233
T0.5494 Å20.0711 Å20.0084 Å2-0.5184 Å20.0364 Å2--0.4907 Å2
L1.9214 °20.4962 °2-1.2679 °2-1.0415 °2-2.0079 °2--7.6123 °2
S0.0057 Å °-0.0577 Å °0.0711 Å °0.1227 Å °-0.0775 Å °-0.0095 Å °0.131 Å °0.4889 Å °0.0149 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A or chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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