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- PDB-6bmy: Non-receptor Protein Tyrosine Phosphatase SHP2 in Complex with Al... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bmy
タイトルNon-receptor Protein Tyrosine Phosphatase SHP2 in Complex with Allosteric Inhibitors SHP099 and SHP844
要素Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SHP2 / PTPN11 / protein tyrosine phosphatase / phosphatase / allosteric inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cortisol secretion / intestinal epithelial cell migration / microvillus organization / negative regulation of growth hormone secretion / genitalia development / multicellular organismal reproductive process / atrioventricular canal development / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / STAT5 Activation / Netrin mediated repulsion signals ...negative regulation of cortisol secretion / intestinal epithelial cell migration / microvillus organization / negative regulation of growth hormone secretion / genitalia development / multicellular organismal reproductive process / atrioventricular canal development / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / STAT5 Activation / Netrin mediated repulsion signals / cerebellar cortex formation / positive regulation of hormone secretion / regulation of protein export from nucleus / positive regulation of ossification / hormone metabolic process / Interleukin-37 signaling / Signaling by Leptin / MET activates PTPN11 / negative regulation of chondrocyte differentiation / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / face morphogenesis / Costimulation by the CD28 family / ERBB signaling pathway / Signal regulatory protein family interactions / platelet formation / megakaryocyte development / triglyceride metabolic process / organ growth / negative regulation of type I interferon production / peptide hormone receptor binding / CTLA4 inhibitory signaling / Platelet sensitization by LDL / Interleukin-20 family signaling / PI-3K cascade:FGFR3 / Interleukin-6 signaling / PI-3K cascade:FGFR2 / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / Prolactin receptor signaling / MAPK3 (ERK1) activation / regulation of cell adhesion mediated by integrin / PECAM1 interactions / regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / MAPK1 (ERK2) activation / Bergmann glial cell differentiation / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / inner ear development / phosphoprotein phosphatase activity / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / RET signaling / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Regulation of IFNA/IFNB signaling / PI3K Cascade / PD-1 signaling / ephrin receptor signaling pathway / regulation of protein-containing complex assembly / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / GAB1 signalosome / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / negative regulation of insulin secretion / Regulation of IFNG signaling / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / GPVI-mediated activation cascade / homeostasis of number of cells within a tissue / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / cell adhesion molecule binding / T cell costimulation / cellular response to epidermal growth factor stimulus / FLT3 Signaling / protein dephosphorylation / positive regulation of interferon-beta production / hormone-mediated signaling pathway / phosphotyrosine residue binding / Downstream signal transduction / positive regulation of mitotic cell cycle / protein-tyrosine-phosphatase / axonogenesis / protein tyrosine kinase binding / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / protein tyrosine phosphatase activity / DNA damage checkpoint signaling / integrin-mediated signaling pathway / positive regulation of D-glucose import / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / insulin receptor binding / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / Spry regulation of FGF signaling / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by SCF-KIT
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-6, -11 / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic ...Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-6, -11 / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5OD / Chem-DYV / PHOSPHATE ION / Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Stams, T. / Fodor, M.
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Dual Allosteric Inhibition of SHP2 Phosphatase.
著者: Fodor, M. / Price, E. / Wang, P. / Lu, H. / Argintaru, A. / Chen, Z. / Glick, M. / Hao, H.X. / Kato, M. / Koenig, R. / LaRochelle, J.R. / Liu, G. / McNeill, E. / Majumdar, D. / Nishiguchi, G. ...著者: Fodor, M. / Price, E. / Wang, P. / Lu, H. / Argintaru, A. / Chen, Z. / Glick, M. / Hao, H.X. / Kato, M. / Koenig, R. / LaRochelle, J.R. / Liu, G. / McNeill, E. / Majumdar, D. / Nishiguchi, G.A. / Perez, L.B. / Paris, G. / Quinn, C.M. / Ramsey, T. / Sendzik, M. / Shultz, M.D. / Williams, S.L. / Stams, T. / Blacklow, S.C. / Acker, M.G. / LaMarche, M.J.
履歴
登録2017年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
B: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,08712
ポリマ－120,6702
非ポリマー2,41710
水8,575476
1
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3564
ポリマ－60,3351
非ポリマー1,0213
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7308
ポリマ－60,3351
非ポリマー1,3957
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.050, 213.710, 55.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11 / Protein-tyrosine phosphatase 1D / PTP-1D / Protein-tyrosine phosphatase 2C / PTP-2C / SH-PTP2 / Shp2 / SH-PTP3


分子量: 60335.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN11, PTP2C, SHPTP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06124, protein-tyrosine-phosphatase

-
非ポリマー , 5種, 486分子

#2: 化合物 ChemComp-5OD / 6-(4-azanyl-4-methyl-piperidin-1-yl)-3-[2,3-bis(chloranyl)phenyl]pyrazin-2-amine / SHP099


分子量: 352.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H19Cl2N5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DYV / 1-(3-chloro-4-{[1-(2-hydroxy-3-methoxyphenyl)-5-oxo[1,2,4]triazolo[4,3-a]quinazolin-4(5H)-yl]methyl}benzene-1-carbonyl)-L-proline


分子量: 573.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H24ClN5O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 17% PEG3350, 200MM AMMONIUM PHOSPHATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.085→213.709 Å / Num. obs: 59793 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 36.03 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.085→2.092 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.568 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 453 / CC1/2: 0.804 / % possible all: 67.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6BMR

6bmr


解像度: 2.09→106.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU R Cruickshank DPI: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.216 / SU Rfree Blow DPI: 0.18 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.182
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 2926 4.92 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.182 59508 94.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.2954 Å20 Å20.388 Å2
2--7.4781 Å20 Å2
3---5.8173 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.09→106.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7731 0 160 476 8367
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018082HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0610919HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2858SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes212HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1151HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8082HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.28
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.8
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion998SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9395SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.14 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2664 216 4.67 %
Rwork0.2071 4408 -
all0.2098 4624 -
obs--99.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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