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- PDB-6bmi: Crystal Structure of GltPh R397C in complex with L-Serine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bmi
タイトルCrystal Structure of GltPh R397C in complex with L-Serine
要素Glutamate transporter homolog
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Amino acid Transporter / Transmembrane transporter / Aspartate transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid:sodium symporter activity / L-aspartate transmembrane transport / L-aspartate transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane / chloride transmembrane transporter activity / protein homotrimerization / chloride transmembrane transport / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Proton glutamate symport protein / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter, conserved site / Sodium:dicarboxylate symporter superfamily / Sodium:dicarboxylate symporter family / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 1. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
SERINE / Glutamate transporter homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Font, J. / Scopelliti, A.J. / Vandenberg, R.J. / Boudker, O. / Ryan, R.M.
資金援助 オーストラリア, 米国, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1048784 オーストラリア
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS064357 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural characterisation reveals insights into substrate recognition by the glutamine transporter ASCT2/SLC1A5.
著者: Scopelliti, A.J. / Font, J. / Vandenberg, R.J. / Boudker, O. / Ryan, R.M.
履歴
登録2017年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_audit_support
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate transporter homolog
B: Glutamate transporter homolog
C: Glutamate transporter homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,17710
ポリマ－132,7703
非ポリマー4077
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7160 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area47200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.750, 114.750, 322.336
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 700
2111B1 - 700
3111C1 - 700

-
要素

#1: タンパク質 Glutamate transporter homolog / Glt(Ph) / Sodium-aspartate symporter Glt(Ph) / Sodium-dependent aspartate transporter


分子量: 44256.660 Da / 分子数: 3 / 変異: R397C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: PH1295 / プラスミド: PBAD24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: O59010
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-SER / SERINE / セリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.34 % / 解説: Sword
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50 mM citric acid 50 mM Disodium phosphate 100 mM Lithium sulfate 15-32% PEG1000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→47.48 Å / Num. obs: 20718 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 3.9→4.27 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.778 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 15254 / CC1/2: 0.722 / Rpim(I) all: 0.778 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NWX

2nwx


解像度: 3.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU ML: 0.494 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.674
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2477 1025 5 %RANDOM
Rwork0.2268 ---
obs0.2279 19548 94.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 314.02 Å2 / Biso min: 99.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.98 Å22.49 Å2-0 Å2
2--4.98 Å2-0 Å2
3----7.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8871 0 22 0 8893
Biso mean--146.69 --
残基数----1200
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0229038
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.061.99512311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.40451195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.01324.368261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.624151508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1181521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216407
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2942 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1ATIGHT POSITIONAL0.020.05
2BTIGHT POSITIONAL0.020.05
3CTIGHT POSITIONAL0.020.05
1ATIGHT THERMAL0.030.5
2BTIGHT THERMAL0.020.5
3CTIGHT THERMAL0.020.5
LS精密化 シェル解像度: 3.9→3.998 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 72 -
Rwork0.326 1434 -
all-1506 -
obs--96.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7729-0.314-0.83791.5245-0.17662.85110.2184-0.1093-0.2415-0.2586-0.2117-0.2477-0.2128-0.4271-0.00670.5044-0.09940.02160.28620.06560.06848.7158.924-10.394
23.2275-0.71380.84653.0599-1.07181.2853-0.2353-0.547-0.97130.11760.0597-0.740.72670.52770.17561.16970.50950.15890.77640.22080.87740.958-18.3362.848
31.7199-0.16730.11576.12840.94541.3172-0.0675-0.1330.48730.67660.2353-0.7486-0.47731.1557-0.16780.8072-0.47220.2251.1331-0.06150.82548.53224.8591.099
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 416
2X-RAY DIFFRACTION1A501 - 502
3X-RAY DIFFRACTION2B9 - 416
4X-RAY DIFFRACTION2B501 - 502
5X-RAY DIFFRACTION3C9 - 416
6X-RAY DIFFRACTION3C501 - 503

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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