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- PDB-6bme: Crystal structure of Chlamydomonas reinhardtii THB4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bme
タイトルCrystal structure of Chlamydomonas reinhardtii THB4
要素Truncated hemoglobin 4
キーワードHeme Binding Protein / globin / heme / truncated hemoglobin / 2-on-2 hemoglobin / lysine axial ligand / hexacoordinate
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / oxygen binding / cellular response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Truncated hemoglobin / Bacterial-like globin / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Truncated hemoglobin 4
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.899 Å
データ登録者Russo, M.M. / Schlessman, J.L. / Lecomte, J.T.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1330488 米国
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2018
タイトル: Lysine as a heme iron ligand: A property common to three truncated hemoglobins from Chlamydomonas reinhardtii.
著者: Johnson, E.A. / Russo, M.M. / Nye, D.B. / Schlessman, J.L. / Lecomte, J.T.J.
履歴
登録2017年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Truncated hemoglobin 4
B: Truncated hemoglobin 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5116
ポリマ－28,0862
非ポリマー1,4254
水3,387188
1
A: Truncated hemoglobin 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7563
ポリマ－14,0431
非ポリマー7132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Truncated hemoglobin 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7563
ポリマ－14,0431
非ポリマー7132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.400, 68.300, 49.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 Truncated hemoglobin 4


分子量: 14043.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: THB4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: R9RY64
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.95 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OTHER / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.899→20.68 Å / Num. obs: 38306 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 17.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.028 / Net I/σ(I): 32.37
反射 シェル解像度: 1.899→1.97 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.169 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 3832 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575: ???精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
CrysalisPro1.171.36.32データ削減
CrysalisPro1.171.36.32データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.899→20.677 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.12 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2269 3754 9.82 %
Rwork0.1876 --
obs0.1915 38227 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 61.66 Å2 / Biso mean: 20.4163 Å2 / Biso min: 6.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.899→20.677 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1949 0 96 188 2233
Biso mean--15.56 24.57 -
残基数----252
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082105
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7362866
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005358
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3031180
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8992-1.92330.28831530.23291154130797
1.9233-1.94850.32541330.219913001433100
1.9485-1.97520.28461250.218113061431100
1.9752-2.00340.25421400.226312621402100
2.0034-2.03330.23581310.19412971428100
2.0333-2.0650.27021410.194813021443100
2.065-2.09890.19691550.193612281383100
2.0989-2.1350.25381550.18512721427100
2.135-2.17380.29031260.197113151441100
2.1738-2.21560.26661350.194912761411100
2.2156-2.26070.26621490.186912631412100
2.2607-2.30980.20771340.187512741408100
2.3098-2.36350.27951200.20313221442100
2.3635-2.42250.24161580.19212401398100
2.4225-2.48790.24931390.193312981437100
2.4879-2.5610.23081400.197612951435100
2.561-2.64350.23351390.192912511390100
2.6435-2.73770.25521430.200412961439100
2.7377-2.84710.24761390.197812691408100
2.8471-2.97630.22261140.198413111425100
2.9763-3.13270.23251580.200112611419100
3.1327-3.32820.22931390.200712641403100
3.3282-3.5840.20471370.192112831420100
3.584-3.94240.16031510.154312581409100
3.9424-4.50770.16331280.153813141442100
4.5077-5.65990.17471370.167912861423100
5.6599-20.67770.2471350.171512761411100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.79310.8424-0.24651.82220.33871.7589-0.03970.1347-0.1269-0.03260.03320.04840.2672-0.1822-0.0050.1312-0.04690.0060.1038-0.01590.092630.314615.995614.6772
22.43831.1803-0.41242.0134-0.97332.50250.1077-0.23310.02470.1518-0.1539-0.0815-0.22020.18690.03110.1334-0.0598-0.01630.12180.00780.098424.645317.571839.4132
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 32 through 158)A32 - 158
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 33 through 157)B33 - 157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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