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- PDB-6bm7: Crystal structure of Trypanosoma brucei AdoMetDC/prozyme heterodi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bm7
タイトルCrystal structure of Trypanosoma brucei AdoMetDC/prozyme heterodimer in complex with pyrimidineamine inhibitor UTSAM568
要素
  • (S-adenosylmethionine decarboxylase ...) x 2
  • Inactive S-adenosylmethionine decarboxylase prozyme
キーワードLYASE/LYASE INHIBITOR / AdoMetDC / prozyme / decarboxylase / Trypanosoma / inhibitor / LYASE-LYASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


trypanothione biosynthetic process / positive regulation of spermidine biosynthetic process / spermine biosynthetic process / adenosylmethionine decarboxylase / adenosylmethionine decarboxylase activity / positive regulation of catalytic activity / spermidine biosynthetic process / S-adenosylmethionine metabolic process / catalytic complex / enzyme activator activity ...trypanothione biosynthetic process / positive regulation of spermidine biosynthetic process / spermine biosynthetic process / adenosylmethionine decarboxylase / adenosylmethionine decarboxylase activity / positive regulation of catalytic activity / spermidine biosynthetic process / S-adenosylmethionine metabolic process / catalytic complex / enzyme activator activity / protein heterodimerization activity / enzyme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
S-adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase, conserved site / : / Adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase signature. / S-adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase / S-adenosylmethionine decarboxylase, core / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DY7 / TRIETHYLENE GLYCOL / 1,4-DIAMINOBUTANE / Inactive S-adenosylmethionine decarboxylase prozyme / S-adenosylmethionine decarboxylase proenzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Volkov, O.A. / Chen, Z. / Phillips, M.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)2R37AI034432 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI090599 米国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Species-Selective Pyrimidineamine Inhibitors of Trypanosoma brucei S-Adenosylmethionine Decarboxylase.
著者: Volkov, O.A. / Brockway, A.J. / Wring, S.A. / Peel, M. / Chen, Z. / Phillips, M.A. / De Brabander, J.K.
履歴
登録2017年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.year / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 2.12024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-adenosylmethionine decarboxylase beta chain
B: S-adenosylmethionine decarboxylase alpha chain
C: S-adenosylmethionine decarboxylase beta chain
D: S-adenosylmethionine decarboxylase alpha chain
E: Inactive S-adenosylmethionine decarboxylase prozyme
F: Inactive S-adenosylmethionine decarboxylase prozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,23315
ポリマ－156,2806
非ポリマー1,9549
水1267
1
A: S-adenosylmethionine decarboxylase beta chain
B: S-adenosylmethionine decarboxylase alpha chain
F: Inactive S-adenosylmethionine decarboxylase prozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,0647
ポリマ－78,1403
非ポリマー9244
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12260 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area25530 Å2
手法PISA
2
C: S-adenosylmethionine decarboxylase beta chain
D: S-adenosylmethionine decarboxylase alpha chain
E: Inactive S-adenosylmethionine decarboxylase prozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,1708
ポリマ－78,1403
非ポリマー1,0305
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12480 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area26370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.090, 96.250, 98.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.426, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

-
S-adenosylmethionine decarboxylase ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 S-adenosylmethionine decarboxylase beta chain


分子量: 9754.132 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-85 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1) (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb927.6.4410, Tb927.6.4460 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q587A7, adenosylmethionine decarboxylase
#2: タンパク質 S-adenosylmethionine decarboxylase alpha chain


分子量: 32041.992 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 87-370 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1) (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb927.6.4410, Tb927.6.4460 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q587A7, adenosylmethionine decarboxylase

-
タンパク質 , 1種, 2分子 EF

#3: タンパク質 Inactive S-adenosylmethionine decarboxylase prozyme / AdoMetDC prozyme


分子量: 36343.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1) (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5HNV6

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非ポリマー , 6種, 16分子

#4: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-DY7 / 2-amino-4-[(3,5-dibromophenyl)amino]-6-methylpyrimidin-1-ium


分子量: 359.040 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H11Br2N4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PUT / 1,4-DIAMINOBUTANE / PUTRESCINE / プトレシン


分子量: 88.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12N2
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.63 % / 解説: plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1 uL 4 mg/mL protein in crystallization buffer (50 mM Bis-Tris propane, pH 7.2, 50 mM sodium chloride, 4 mM TCEP, 2 mM putrescine, 0.5 mM N4-(3,5-dibromophenyl)-6-methylpyrimidine-2,4-diamine ...詳細: 1 uL 4 mg/mL protein in crystallization buffer (50 mM Bis-Tris propane, pH 7.2, 50 mM sodium chloride, 4 mM TCEP, 2 mM putrescine, 0.5 mM N4-(3,5-dibromophenyl)-6-methylpyrimidine-2,4-diamine [UTSAM568], 1% DMSO) + 1 uL reservoir solution (17% PEG6000, 100 mM Bis-Tris propane, pH 7.0) + 0.5 uL unliganded protein microseeds obtained using Seed-Bead method in stabilization solution (100 mM Bis-Tris propane, pH 8.9, 50 mM HEPES, pH 7.2, 19% PEG6000, 50 mM sodium chloride, 4 mM TCEP, 2 mM putrescine)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.91905 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月10日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91905 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→50 Å / Num. obs: 30294 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 49.2238648407 Å2 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.194 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / Num. unique obs: 1466 / CC1/2: 0.712 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5TVM

5tvm


解像度: 2.98→48.2623233532 Å / SU ML: 0.341675147008 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33789805147 / 位相誤差: 26.3118648791
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254857270037 2520 4.97591027565 %
Rwork0.199589623624 --
obs0.202335356515 50644 84.6026628356 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 58.4151476361 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.98→48.2623233532 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10193 0 117 7 10317
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031458482905210561
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55860276821614309
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04462526152161549
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003649429093241830
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.41709118146214
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9756-3.03280.428230715028610.2763892266931225X-RAY DIFFRACTION39.1595615104
3.0328-3.09470.303772707357890.2685202732261751X-RAY DIFFRACTION54.3414057885
3.0947-3.1620.300163757996990.2664519101491818X-RAY DIFFRACTION58.7316176471
3.162-3.23550.3253588588951050.2787895367342011X-RAY DIFFRACTION62.7893175074
3.2355-3.31640.2752857113481110.2441493348312234X-RAY DIFFRACTION69.8956780924
3.3164-3.4060.2951636275061270.2186628429422399X-RAY DIFFRACTION77.1297709924
3.406-3.50620.2911592644881370.2067780211332630X-RAY DIFFRACTION84.0777879064
3.5062-3.61940.287510967451500.2011432822922872X-RAY DIFFRACTION89.5142180095
3.6194-3.74870.2363369930231530.1948582828652916X-RAY DIFFRACTION94.2567567568
3.7487-3.89870.239487612621610.2012759391253132X-RAY DIFFRACTION97.5703703704
3.8987-4.07610.2861846472481670.1972770987053181X-RAY DIFFRACTION99.6725215838
4.0761-4.29080.2442840631411680.1812474342283135X-RAY DIFFRACTION99.8790444512
4.2908-4.55950.2347563989761670.1644102376583148X-RAY DIFFRACTION99.7592536864
4.5595-4.91120.2376770170251620.163179719553117X-RAY DIFFRACTION99.0634441088
4.9112-5.40480.212003289521680.1770145522043163X-RAY DIFFRACTION99.88005997
5.4048-6.18560.2536044390821640.1906799523643164X-RAY DIFFRACTION99.7901049475
6.1856-7.78780.2456763692071660.2177584627873132X-RAY DIFFRACTION99.4571773221
7.7878-48.26860.2362324834951650.2060920463053096X-RAY DIFFRACTION97.6932294787

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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