PDB-6bm5: Crystal Structure of the MetH Reactivation Domain bound to AdoMet

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bm5

タイトル

Crystal Structure of the MetH Reactivation Domain bound to AdoMet

要素

Methionine synthase

キーワード

TRANSFERASE / C-terminal domain / reactivation domain / MetH-AdoMet / MetH-SAM

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine synthase / methionine synthase activity / homocysteine metabolic process / methionine biosynthetic process / cobalamin binding / tetrahydrofolate metabolic process / tetrahydrofolate interconversion / methylation / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Fick, R.J. / Vander Lee, L.P. / Trievel, R.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Water-Mediated Carbon-Oxygen Hydrogen Bonding Facilitates S-Adenosylmethionine Recognition in the Reactivation Domain of Cobalamin-Dependent Methionine Synthase.
著者: Fick, R.J. / Clay, M.C. / Vander Lee, L. / Scheiner, S. / Al-Hashimi, H. / Trievel, R.C.

履歴

登録	2017年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2018年7月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bm5.cif.gz	159.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bm5.ent.gz	120.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bm5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/6bm5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/6bm5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6bdyC 6bm6C 1mskS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6bm6-d 1msk-d 3h4t-d 5dni-d 5txu-d 6xpg-1 3lqy-2 3e2k-1 1dod-d 7b44-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Methionine synthase

ヘテロ分子

38.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.098, 61.669, 139.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Methionine synthase / 5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase / Methionine synthase / vitamin-B12-dependent / MS 分子量: 37893.293 Da / 分子数: 1 / 断片: reactivation domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: metH, b4019, JW3979 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: P13009, methionine synthase
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.29 % / Mosaicity: 0.423 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 28% PEG 6000, 100mM Tris pH 7.4, 300mM magnesium acetate:15mg/mL protein, 3mM AdoMet, 10mM Tris 7.2, 10mM EDTA, 3:3uL

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 53119 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 13.88 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.067 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 12.8 / Num. measured all: 285503

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.5-1.53	3.7	0.233	2367	0.962	0.129	0.268	0.896	88.8
1.53-1.55	4	0.219	2474	0.97	0.117	0.249	0.855	94.5
1.55-1.58	4.5	0.191	2584	0.981	0.096	0.215	0.891	96.4
1.58-1.62	5.2	0.185	2606	0.985	0.087	0.205	0.887	98.6
1.62-1.65	5.3	0.169	2651	0.988	0.079	0.187	0.889	99.6
1.65-1.69	5.5	0.151	2638	0.99	0.069	0.166	0.897	99.8
1.69-1.73	5.6	0.132	2666	0.992	0.061	0.146	0.904	99.9
1.73-1.78	5.7	0.119	2643	0.992	0.055	0.132	1.007	100
1.78-1.83	5.7	0.107	2689	0.994	0.049	0.118	1.052	100
1.83-1.89	5.7	0.095	2655	0.995	0.043	0.105	1.08	99.8
1.89-1.96	5.7	0.09	2667	0.994	0.041	0.099	1.031	99.9
1.96-2.04	5.6	0.08	2686	0.996	0.037	0.089	0.965	99.9
2.04-2.13	5.7	0.073	2704	0.996	0.033	0.081	1.005	100
2.13-2.24	5.7	0.067	2663	0.997	0.03	0.073	1.021	99.9
2.24-2.38	5.8	0.065	2700	0.997	0.029	0.071	1.046	100
2.38-2.56	5.7	0.061	2707	0.997	0.028	0.067	1.042	99.9
2.56-2.82	5.7	0.058	2706	0.997	0.027	0.064	1.025	100
2.82-3.23	5.6	0.054	2757	0.997	0.025	0.059	0.954	99.9
3.23-4.07	5.6	0.047	2769	0.997	0.021	0.052	0.941	99.7
4.07-50	5.3	0.043	2787	0.997	0.02	0.048	1.069	94.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.36 Å	37.2 Å
Translation	5.36 Å	37.2 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	2.6.0	位相決定
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdbid 1MSK

1msk

解像度: 1.5→37.199 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1935	2651	5 %
R_work	0.1459	-	-
obs	0.1482	53031	97.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 65.96 Å² / B_iso mean: 23.3677 Å² / B_iso min: 10.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→37.199 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2557	0	27	484	3068
B_iso mean	-	-	19.1	34.34	-
残基数	-	-	-	-	325

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2694
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.899	3684
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	391
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	484
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.463	1534

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4943-1.5214	0.2365	95	0.1808	1812	1907	67
1.5214-1.5507	0.2269	134	0.1647	2533	2667	95
1.5507-1.5824	0.1896	136	0.1474	2601	2737	96
1.5824-1.6168	0.2102	140	0.143	2644	2784	99
1.6168-1.6544	0.2322	142	0.1407	2698	2840	100
1.6544-1.6957	0.2058	138	0.1344	2661	2799	100
1.6957-1.7416	0.2011	141	0.1336	2686	2827	100
1.7416-1.7928	0.1721	142	0.1317	2678	2820	100
1.7928-1.8507	0.2081	142	0.1359	2709	2851	100
1.8507-1.9169	0.1949	142	0.1488	2696	2838	100
1.9169-1.9936	0.1963	142	0.1454	2698	2840	100
1.9936-2.0843	0.1759	142	0.1439	2698	2840	100
2.0843-2.1942	0.179	144	0.1385	2714	2858	100
2.1942-2.3317	0.1783	143	0.1388	2717	2860	100
2.3317-2.5116	0.1802	143	0.1513	2740	2883	100
2.5116-2.7643	0.1987	144	0.1635	2731	2875	100
2.7643-3.1642	0.2241	147	0.1611	2790	2937	100
3.1642-3.9858	0.1809	146	0.1349	2766	2912	100
3.9858-37.2108	0.1903	148	0.1462	2808	2956	95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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