PDB-6bla: Structure of AMM01 Fab, an anti EBV gH/gL neutralizing antibody

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bla

タイトル

Structure of AMM01 Fab, an anti EBV gH/gL neutralizing antibody

要素

AMM01 Fab Heavy chain
AMM01 Fab Light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / antibody / Fab / EBV / gH/gL

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Pancera, M. / Weidle, C. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Immunity / 年: 2018
タイトル: An Antibody Targeting the Fusion Machinery Neutralizes Dual-Tropic Infection and Defines a Site of Vulnerability on Epstein-Barr Virus.
著者: Joost Snijder / Michael S Ortego / Connor Weidle / Andrew B Stuart / Matthew D Gray / M Juliana McElrath / Marie Pancera / David Veesler / Andrew T McGuire /

要旨: Epstein-Barr virus (EBV) is a causative agent of infectious mononucleosis and is associated with 200,000 new cases of cancer and 140,000 deaths annually. Subunit vaccines against this pathogen have ...

履歴

登録	2017年11月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年4月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月13日	Group: Other / Structure summary カテゴリ: audit_author / pdbx_SG_project ...audit_author / pdbx_SG_project / pdbx_database_status / struct_keywords Item: _pdbx_database_status.SG_entry / _struct_keywords.text

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bla.cif.gz	257.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bla.ent.gz	222 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bla.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6bla_validation.pdf.gz	693.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bla_full_validation.pdf.gz	694.1 KB	表示
XML形式データ	6bla_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	6bla_validation.cif.gz	32.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/6bla ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/6bla	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7344C 7345C 6c5vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1jnh-1 7jmx-d 5ihz-3 5yup-d 5jo5-1 4wuk-d 1m7d-d 4qhn-d 6e65-d 6h3h-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: AMM01 Fab Heavy chain

L: AMM01 Fab Light chain

ヘテロ分子

49 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.893, 69.937, 136.313
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体	AMM01 Fab Heavy chain 分子量: 24097.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	AMM01 Fab Light chain 分子量: 23095.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 7種, 367分子

#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物	ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₈O₁₀ / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 16.75% PEG 400, 13.4% PEG 3350, 0.1M MgCl2, 0.1M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 61916 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 5.7 % / Net I/σ(I): 9.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.55→48.811 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1937	3104	5.02 %
R_work	0.166	-	-
obs	0.1674	61849	88.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→48.811 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3303	0	99	345	3747

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3480
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.006	4721
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.874	2061
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	524
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	599

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5497-1.5739	0.3216	47	0.2756	893	X-RAY DIFFRACTION	30
1.5739-1.5997	0.2807	74	0.2624	1315	X-RAY DIFFRACTION	44
1.5997-1.6273	0.2715	75	0.2319	1656	X-RAY DIFFRACTION	55
1.6273-1.6569	0.2261	112	0.2196	1964	X-RAY DIFFRACTION	66
1.6569-1.6887	0.2203	116	0.221	2317	X-RAY DIFFRACTION	77
1.6887-1.7232	0.2391	142	0.239	2667	X-RAY DIFFRACTION	89
1.7232-1.7607	0.2243	155	0.2069	2838	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7607-1.8016	0.2139	174	0.1877	2863	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8016-1.8467	0.2146	143	0.1799	2934	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8467-1.8966	0.1838	159	0.1731	2908	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8966-1.9524	0.1872	154	0.1622	2949	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9524-2.0154	0.1919	172	0.1579	2919	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0154-2.0875	0.1715	153	0.1584	2956	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0875-2.1711	0.2048	148	0.1543	2987	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1711-2.2699	0.1692	143	0.1643	3021	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2699-2.3895	0.2254	178	0.1592	2977	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3895-2.5392	0.1893	153	0.1603	3014	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5392-2.7353	0.1961	159	0.1634	3043	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7353-3.0105	0.1845	147	0.1669	3052	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0105-3.446	0.19	151	0.1702	3100	X-RAY DIFFRACTION	100
3.446-4.3412	0.1872	172	0.1567	3107	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3412-48.8355	0.193	177	0.1649	3265	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0791	0.2856	-0.31	0.8245	-0.4285	3.1831	0.0309	0.0144	-0.0327	-0.0516	0.0013	0.0349	0.1623	-0.0704	-0.0385	0.2355	0.0134	0.0056	0.2323	0.0127	0.2806	18.0708	18.19	136.9419
2	1.8915	-0.4537	-1.1351	1.5091	0.4558	3.3374	0.0835	-0.0665	0.0504	0.0034	0.004	-0.1431	-0.1796	0.1985	-0.0422	0.2063	-0.0131	-0.0121	0.2422	0.0056	0.263	27.2472	23.0411	141.4932
3	0.723	-0.3534	-0.7545	0.6341	-0.6119	2.6096	0.0141	0.0144	0.0475	0.0101	-0.0659	-0.119	-0.0124	0.1379	0.067	0.2076	-0.0101	-0.0135	0.2274	-0.0025	0.2726	20.3665	19.9226	141.413
4	4.1449	-1.3665	-0.8111	3.2974	-0.9752	4.6538	-0.1074	-0.3088	0.4364	0.6579	0.0791	0.197	-0.4579	-0.2415	-0.2258	0.3855	-0.01	0.0157	0.2966	-0.0264	0.3361	-4.8161	29.285	177.9077
5	3.856	-2.0987	-1.3355	3.5439	1.2011	2.0646	0.0308	0.0144	0.0659	0.0058	-0.0288	0.1096	-0.0585	-0.1094	-0.0105	0.274	-0.0043	-0.0138	0.2595	0.0147	0.24	-4.1995	22.4182	166.1302
6	2.6891	0.6711	1.9955	1.6563	1.9659	3.1053	0.1339	-0.1765	-0.0727	-0.0857	-0.4999	0.3845	-0.0214	-0.5811	0.3939	0.3252	-0.0498	0.0409	0.2811	0.0106	0.2824	-6.6407	18.5407	175.1107
7	6.479	-2.2932	-0.7261	2.354	-0.1459	1.3414	-0.0643	-0.1595	-0.0318	0.2895	0.0481	0.0171	-0.1929	-0.0255	0.0414	0.3064	-0.0212	-0.0154	0.1749	-0.0151	0.2442	15.0159	45.6361	147.6128
8	2.2238	-0.2238	-0.1014	1.6256	-0.3687	1.121	-0.0309	-0.0098	0.0088	0.0278	0.0057	-0.0999	-0.1143	-0.0113	0.0265	0.2428	0.002	0.0007	0.2081	0.0078	0.2308	17.3337	42.2352	138.8581
9	4.1067	-2.43	-1.8316	3.2007	0.3137	2.2074	-0.1178	-0.0605	0.043	0.0049	-0.01	-0.4365	0.0543	0.2137	0.0987	0.1992	-0.0155	-0.0164	0.1902	-0.0077	0.2853	23.3165	35.848	144.5951
10	-0.0304	0.0213	0.1342	1.6667	-1.433	2.3802	-0.0247	-0.0545	0.009	0.2149	0.0312	-0.0257	-0.1312	-0.0953	-0.03	0.2945	0.0085	0.0181	0.2634	0.0001	0.2871	4.3731	33.1332	168.6413
11	2.2124	-1.7622	3.1262	4.0611	-2.6184	7.581	0.098	-0.0706	0.01	-0.0671	-0.0831	-0.1732	0.1932	0.0521	-0.054	0.2296	-0.0229	0.049	0.2385	-0.0074	0.2766	8.7882	30.835	167.8935
12	2.2115	-1.878	2.6803	6.16	-3.765	6.9548	0.0692	-0.086	0.1294	0.4048	0.0429	-0.1633	-0.1351	-0.1049	0.2377	0.2734	-0.0107	-0.0015	0.2297	-0.0341	0.2888	8.7598	38.2304	174.8095

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 2 through 39 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 40 through 66 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 67 through 125 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 126 through 140 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 141 through 209 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 210 through 222 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resid 2 through 17 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 18 through 91 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 92 through 110 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 111 through 154 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 155 through 191 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 192 through 216 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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