[日本語] English
万見
- PDB-6bl3: Crystal Complex of Cyclooxygenase-2 with indomethacin-butyldiamin... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bl3
タイトルCrystal Complex of Cyclooxygenase-2 with indomethacin-butyldiamine-dansyl conjugate
要素Prostaglandin G/H synthase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / cyclooxygenase-2 / fluorescent inhibitor complex / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / hair cycle / cellular response to homocysteine / Nicotinamide salvage ...Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / hair cycle / cellular response to homocysteine / Nicotinamide salvage / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / positive regulation of fibroblast growth factor production / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / cyclooxygenase pathway / positive regulation of transforming growth factor beta production / cellular response to lead ion / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of synaptic plasticity / response to fatty acid / response to fructose / positive regulation of smooth muscle contraction / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / positive regulation of fever generation / response to vitamin D / prostaglandin secretion / cellular response to fluid shear stress / response to selenium ion / response to nematode / nuclear outer membrane / response to angiotensin / nuclear inner membrane / response to manganese ion / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of smooth muscle contraction / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / cellular response to ATP / maintenance of blood-brain barrier / bone mineralization / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of cell cycle / decidualization / response to tumor necrosis factor / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / brown fat cell differentiation / response to glucocorticoid / keratinocyte differentiation / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of brown fat cell differentiation / embryo implantation / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / learning / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / peroxidase activity / caveola / regulation of blood pressure / memory / positive regulation of protein import into nucleus / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / response to estradiol / regulation of cell population proliferation / cellular response to heat / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / cellular response to hypoxia / response to oxidative stress / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain ...: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain / Haem peroxidase superfamily / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-L7M / Prostaglandin G/H synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.217 Å
データ登録者Xu, S. / Uddin, M.J. / Banerjee, S. / Marnett, L.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Fluorescent indomethacin-dansyl conjugates utilize the membrane-binding domain of cyclooxygenase-2 to block the opening to the active site.
著者: Xu, S. / Uddin, M.J. / Banerjee, S. / Duggan, K. / Musee, J. / Kiefer, J.R. / Ghebreselasie, K. / Rouzer, C.A. / Marnett, L.J.
履歴
登録2017年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_detector.type
改定 1.22019年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin G/H synthase 2
B: Prostaglandin G/H synthase 2
C: Prostaglandin G/H synthase 2
D: Prostaglandin G/H synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,66330
ポリマ－269,3314
非ポリマー10,33226
水15,421856
1
A: Prostaglandin G/H synthase 2
B: Prostaglandin G/H synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,83215
ポリマ－134,6652
非ポリマー5,16613
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11350 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area41870 Å2
手法PISA
2
C: Prostaglandin G/H synthase 2
D: Prostaglandin G/H synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,83215
ポリマ－134,6652
非ポリマー5,16613
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11310 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area41890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)215.474, 121.776, 134.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.48, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Prostaglandin G/H synthase 2 / Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Glucocorticoid-regulated inflammatory cyclooxygenase / Gripghs / ...Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Glucocorticoid-regulated inflammatory cyclooxygenase / Gripghs / Macrophage activation-associated marker protein P71/73 / PES-2 / PHS II / Prostaglandin H2 synthase 2 / PGHS-2 / Prostaglandin-endoperoxide synthase 2 / TIS10 protein


分子量: 67332.711 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ptgs2, Cox-2, Cox2, Pghs-b, Tis10
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q05769, prostaglandin-endoperoxide synthase

-
糖 , 3種, 18分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 3種, 864分子

#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物
ChemComp-L7M / 2-[1-(4-chlorobenzene-1-carbonyl)-5-methoxy-2-methyl-1H-indol-3-yl]-N-[4-({[5-(dimethylamino)naphthalen-1-yl]sulfonyl}amino)butyl]acetamide


分子量: 661.210 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H37ClN4O5S
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 856 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.7
詳細: mCOX-2 protein reconstituted with a 2-fold molar excess of heme in phosphtate buffer, pH 6.7, 100 mM NaCl, 1.2% (w/v) -OG, and 0.1% NaN3, and 10-fold molar excess of inhibitors from 25 mM ...詳細: mCOX-2 protein reconstituted with a 2-fold molar excess of heme in phosphtate buffer, pH 6.7, 100 mM NaCl, 1.2% (w/v) -OG, and 0.1% NaN3, and 10-fold molar excess of inhibitors from 25 mM DMSO stocks were added to protein samples. Mixing 3 uL of the protein-inhibitor complex with 3 uL crystallization solution containing 50 mM EPPS, pH 8.0, 120 mM MgCl2, 22-26% PEG MME-550 against reservoir solutions comprised of 50 mM EPPS pH 8.0, 120 mM MgCl2, 22-26% PEG MME-550, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.217→103.3 Å / Num. obs: 141148 / % possible obs: 97.83 % / Observed criterion σ(F): 1.34 / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.1535 / Rpim(I) all: 0.0977 / Rrim(I) all: 0.1826 / Net I/σ(I): 5.97
反射 シェル解像度: 2.217→2.296 Å / Rmerge(I) obs: 1.424 / Num. unique obs: 13090 / CC1/2: 0.458 / Rpim(I) all: 0.9065

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NT1

3nt1


解像度: 2.217→112.436 Å / SU ML: 0.3 / 位相誤差: 25.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2287 4220 3 %
Rwork0.2047 --
obs0.2054 140568 97.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.217→112.436 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17896 0 700 856 19452
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00319164
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78326089
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.14211315
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0492753
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053320
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2168-2.2420.40391150.33783722X-RAY DIFFRACTION80
2.242-2.26840.32961320.31634394X-RAY DIFFRACTION95
2.2684-2.29610.31481500.28924531X-RAY DIFFRACTION98
2.2961-2.32510.31051440.27854544X-RAY DIFFRACTION98
2.3251-2.35570.3231290.27274561X-RAY DIFFRACTION99
2.3557-2.3880.30961520.26234600X-RAY DIFFRACTION99
2.388-2.42210.30971410.25374574X-RAY DIFFRACTION99
2.4221-2.45830.26781430.24884584X-RAY DIFFRACTION99
2.4583-2.49670.27731350.23734608X-RAY DIFFRACTION99
2.4967-2.53760.24231420.23024540X-RAY DIFFRACTION99
2.5376-2.58140.25891460.22994558X-RAY DIFFRACTION98
2.5814-2.62830.25011440.22854593X-RAY DIFFRACTION99
2.6283-2.67890.24381430.23284561X-RAY DIFFRACTION99
2.6789-2.73360.27151420.23424581X-RAY DIFFRACTION99
2.7336-2.7930.28121420.23554632X-RAY DIFFRACTION99
2.793-2.8580.27791390.23114604X-RAY DIFFRACTION99
2.858-2.92950.28521420.23094605X-RAY DIFFRACTION99
2.9295-3.00870.2721430.22674584X-RAY DIFFRACTION99
3.0087-3.09720.25991450.22514557X-RAY DIFFRACTION98
3.0972-3.19720.28231370.21974548X-RAY DIFFRACTION98
3.1972-3.31150.26831380.22154593X-RAY DIFFRACTION99
3.3115-3.44410.23771470.20424582X-RAY DIFFRACTION99
3.4441-3.60090.21431380.18554572X-RAY DIFFRACTION99
3.6009-3.79070.20271430.17594608X-RAY DIFFRACTION99
3.7907-4.02820.18451450.17254561X-RAY DIFFRACTION98
4.0282-4.33920.18351410.16364559X-RAY DIFFRACTION98
4.3392-4.77590.14331500.15554579X-RAY DIFFRACTION98
4.7759-5.4670.16261360.16454576X-RAY DIFFRACTION98
5.467-6.88770.24431350.20054598X-RAY DIFFRACTION98
6.8877-112.58120.20421410.19624639X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.58740.070.65820.9889-0.36171.8385-0.18240.01440.32060.2548-0.09280.1385-0.6470.06810.29060.50020.0124-0.09950.3119-0.04760.5164-42.7338-5.080623.5472
21.19090.2414-0.85270.5352-0.51122.69750.0191-0.09910.5910.175-0.04820.0681-0.5596-0.0880.10630.37050.0146-0.05640.3878-0.0360.4035-49.5776-16.611421.3087
30.77420.13960.37050.8501-0.04990.66320.00140.026-0.05830.0125-0.0459-0.16070.02880.09480.04250.25680.00340.01930.26740.02440.2026-40.1665-38.68920.1033
41.09910.06530.29290.5882-0.14250.8222-0.0164-0.17430.04150.1549-0.0229-0.0714-0.05410.03690.05570.2751-0.0046-0.01050.2551-0.0010.207-41.1983-30.038228.9457
51.0271-0.44050.52341.0582-0.77781.22170.0044-0.37370.00920.08660.13880.3452-0.2244-0.4381-0.16220.4030.07550.06950.5624-0.01260.427-80.9755-22.305114.7893
60.38060.01670.03941.9465-0.80910.5340.044-0.24310.26250.3665-0.05480.2291-0.1336-0.30210.02990.37130.00860.00440.4566-0.030.4182-68.5294-19.735810.0495
70.314-0.16810.36320.3570.02910.63920.1368-0.0859-0.148-0.0510.07070.2730.3369-0.3039-0.17720.3267-0.0726-0.03990.39060.11060.388-75.1009-39.58081.3829
80.67550.22350.12590.729-0.06860.61470.01370.15120.0561-0.1853-0.01350.02960.09350.0631-0.0030.3378-0.01170.00660.29620.05470.2527-57.2998-23.4384-13.221
91.2163-0.15970.18751.25140.04721.4307-0.26670.4495-0.0856-0.56420.2288-0.1095-0.03470.2393-0.0090.3865-0.02550.03940.33280.02250.2749-51.7341-20.8768-18.4671
100.94920.2480.50580.8851-0.28590.9531-0.06680.00880.0967-0.14380.06510.1735-0.0381-0.1424-0.01790.27970.0127-0.0180.25580.0270.2812-68.9457-18.9319-7.5073
111.95840.2059-0.01330.9591-0.22280.69630.1419-0.1736-0.6681-0.1242-0.0613-0.30650.18880.1997-0.19590.47690.0508-0.10940.3399-0.08120.589142.0109-57.240961.8715
122.36450.3345-1.21170.5697-0.43111.4678-0.01110.2092-0.4703-0.0442-0.1303-0.26270.3010.001-0.14950.38290.0415-0.05390.361-0.04740.417138.267-45.685155.7528
130.89720.28960.23860.9063-0.14290.57710.0112-0.0449-0.00880.18-0.0371-0.1379-0.0730.0380.01520.2789-0.0076-0.03670.2648-0.01050.271739.1987-23.65165.2833
141.01430.15220.41720.7281-0.10130.84990.00720.0774-0.10090.1005-0.0319-0.2971-0.03650.1955-0.02290.266-0.0003-0.04190.2994-0.01110.357647.5756-32.273862.2471
151.59720.6137-0.24990.3566-0.00410.6435-0.18890.6223-0.1931-0.30030.0546-0.0124-0.01120.2690.04950.4341-0.0380.05550.6743-0.04410.344927.823-34.360325.373
160.507-0.39270.57151.3303-0.19690.91370.01430.1813-0.3712-0.23180.2195-0.44170.40010.29780.10190.55450.0668-0.01180.5462-0.17560.445317.4959-58.599535.4308
170.79960.36010.41670.42340.1860.3788-0.2220.35080.3764-0.16310.1114-0.00190.0070.06590.05640.3322-0.0609-0.00690.41160.09280.258416.1591-23.94137.2561
180.63630.06540.2520.5843-0.34790.78540.0058-0.0510.12430.0831-0.04130.089-0.0221-0.1024-0.06860.2873-0.01410.03690.2805-0.01290.26332.9317-38.9655.992
191.53-0.02610.10411.4589-0.22721.01610.0251-0.0954-0.02090.15270.11780.12650.045-0.3406-0.00570.2804-0.00840.04560.2475-0.00080.2565-0.9312-41.581962.5877
201.26810.20160.34070.8134-0.19080.5382-0.00170.2156-0.0894-0.09220.10180.0540.077-0.0154-0.02420.2744-0.00680.01040.279-0.040.23145.8834-43.365343.3151
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 33 through 105A)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 106 through 138 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 139 through 319 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 320 through 583 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 33 through 105A)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 106 through 138 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 139 through 181 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 182 through 269 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 270 through 319 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 320 through 583 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 33 through 105A)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 106 through 138 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 139 through 319 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 320 through 583 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 33 through 93 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 94 through 123 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 124 through 181 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 182 through 269 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 270 through 319 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 320 through 583 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る