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万見
- PDB-6bji: Human ABO(H) blood group glycosyltransferase GTA D302C mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bji
タイトルHuman ABO(H) blood group glycosyltransferase GTA D302C mutant
要素Histo-blood group ABO system transferase
キーワードTRANSFERASE / Blood group transferases / glycosyltransferases / enzymes
機能・相同性
機能・相同性情報


fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / : / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding ...fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / : / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding / vesicle / carbohydrate metabolic process / Golgi membrane / nucleotide binding / Golgi apparatus / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 6 / Glycosyltransferase family 6 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histo-blood group ABO system transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Gagnon, S.M.L. / Legg, M.S.G. / Evans, S.V.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-77655 カナダ
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2018
タイトル: Conserved residues Arg188 and Asp302 are critical for active site organization and catalysis in human ABO(H) blood group A and B glycosyltransferases.
著者: Gagnon, S.M.L. / Legg, M.S.G. / Polakowski, R. / Letts, J.A. / Persson, M. / Lin, S. / Zheng, R.B. / Rempel, B. / Schuman, B. / Haji-Ghassemi, O. / Borisova, S.N. / Palcic, M.M. / Evans, S.V.
履歴
登録2017年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histo-blood group ABO system transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4042
ポリマ－34,3121
非ポリマー921
水4,864270
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area13710 Å2
2
A: Histo-blood group ABO system transferase
ヘテロ分子

A: Histo-blood group ABO system transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8084
ポリマ－68,6232
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
Buried area5520 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area22390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.580, 149.570, 79.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Histo-blood group ABO system transferase / Fucosylglycoprotein 3-alpha-galactosyltransferase / Fucosylglycoprotein alpha-N- ...Fucosylglycoprotein 3-alpha-galactosyltransferase / Fucosylglycoprotein alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / Glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / Glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-galactosyltransferase / Histo-blood group A transferase / A transferase / Histo-blood group B transferase / B transferase / NAGAT


分子量: 34311.664 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 64-354 / 変異: D302C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P16442, glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase, fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: small tubes
詳細: Spontaneous crystals were recovered from concentrated stocks of GTA/D302C (95-100 mg/mL) stored in 50 mM MOPS, pH 7.00, 0.1 M sodium chloride, 1 mM DTT, 5 mM manganese chloride, and kept at 277 K.

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→19.79 Å / Num. obs: 46171 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.44 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rrim(I) all: 0.038 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 17.2 / Num. measured all: 206457 / Scaling rejects: 1549
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsΧ2Rejects% possible all
1.54-1.63.610.323.31671746081.2978100
1.6-1.663.720.2643.91724746211.2279100
1.66-1.733.880.2114.71804946221.16106100
1.73-1.834.140.1596.11933546361.11146100
1.83-1.944.520.1188.52130846561.0325599.7
1.94-2.094.670.087112184946320.9421599.6
2.09-2.34.830.072142245546140.8715599.2
2.3-2.634.940.04920.52295946280.8210298.4
2.63-3.315.030.0331.92318445910.798196.9
3.31-19.795.050.01954.62335445630.8133293.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
d*TREK9.4SSIデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
CrystalClearデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1LZ0

1lz0


解像度: 1.54→19.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 1.332 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2087 2329 5 %RANDOM
Rwork0.1811 ---
obs0.1824 43837 98.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.86 Å2 / Biso mean: 21.503 Å2 / Biso min: 11.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å20 Å20 Å2
2--0.6 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.54→19.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2238 0 6 270 2514
Biso mean--24.93 33.5 -
残基数----276
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192314
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022149
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4111.953142
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95834951
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4775274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.66322.477109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.86715380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5251519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2347
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212538
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02521
LS精密化 シェル解像度: 1.54→1.58 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 161 -
Rwork0.352 3248 -
all-3409 -
obs--99.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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