PDB-6bje: Crystal Structure of Lysophospholipase A2 Conjugated with Phenylm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bje

タイトル

Crystal Structure of Lysophospholipase A2 Conjugated with Phenylmethylsulfonyl Fluoride

要素

Acyl-protein thioesterase 2

キーワード

PROTEIN BINDING / Lysophospholipases / PMSF / inhibitor / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

prostaglandin catabolic process / protein depalmitoylation / palmitoyl[protein] hydrolase / palmitoyl-(protein) hydrolase activity / L1CAM interactions / acylglycerol catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / Golgi stack / phosphatidylcholine lysophospholipase activity / carboxylic ester hydrolase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Xu, S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Lipid Res. / 年: 2019
タイトル: Lysophospholipases cooperate to mediate lipid homeostasis and lysophospholipid signaling.
著者: Wepy, J.A. / Galligan, J.J. / Kingsley, P.J. / Xu, S. / Goodman, M.C. / Tallman, K.A. / Rouzer, C.A. / Marnett, L.J.

履歴

登録	2017年11月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bje.cif.gz	177.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bje.ent.gz	143.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bje.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/6bje ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/6bje	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6r64-1 5zgi-d 6t21-2 6ojd-3 6rzr-2 1m2x-3 6de4-1 7ct2-4 6qgs-5 6tbr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acyl-protein thioesterase 2

B: Acyl-protein thioesterase 2

ヘテロ分子

48 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acyl-protein thioesterase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Acyl-protein thioesterase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Acyl-protein thioesterase 2

B: Acyl-protein thioesterase 2

ヘテロ分子

A: Acyl-protein thioesterase 2

B: Acyl-protein thioesterase 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
96.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.769, 54.769, 279.619
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Acyl-protein thioesterase 2 / APT-2 / Lysophospholipase II / LysoPLA II 分子量: 23843.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LYPLA2, APT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): rosetta 2 (DE3) 参照: UniProt: O95372, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-PMS / phenylmethanesulfonic acid / ベンゼンメタンスルホン酸分子量: 172.202 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈O₃S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M NaCitric pH 5.6, 15% PEG-3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.66→139.81 Å / Num. obs: 12993 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 12 % / CC_1/2: 0.988 / R_pim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 7.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all	R_merge(I) obs	R_rim(I) all
2.66-2.81	9.9	1618	0.565	0.507	88.7
8.42-139.81	10.3	535	0.998	0.039	100	0.125	0.131

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
Aimless	0.1.27	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.7→69.905 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2641	1259	9.99 %
R_work	0.2213	-	-
obs	0.2256	12607	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→69.905 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3295	0	20	32	3347

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3450
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.695	4696
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.795	2084
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	538
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	604

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7001-2.8082	0.4657	135	0.3728	1212	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8082-2.936	0.3628	136	0.3007	1225	X-RAY DIFFRACTION	100
2.936-3.0908	0.3027	137	0.249	1230	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0908-3.2844	0.3037	134	0.2431	1224	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2844-3.538	0.278	139	0.2213	1249	X-RAY DIFFRACTION	100
3.538-3.894	0.2398	139	0.203	1251	X-RAY DIFFRACTION	100
3.894-4.4574	0.2468	138	0.1836	1251	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4574-5.6155	0.2353	145	0.1904	1301	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6155-69.9282	0.2107	156	0.2134	1405	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0316	0.2755	-0.1568	2.2436	0.209	1.6875	0.0181	0.5766	0.0168	-0.259	-0.1639	0.2969	0.1041	0.1318	0.0383	0.2895	0.0585	0.0436	0.3767	0.0713	0.4624	-44.5756	45.5087	2.678
2	2.5429	-1.005	1.1111	0.9732	-0.1721	1.4443	-0.0474	-0.0039	0.0191	-0.0428	-0.0174	0.0204	-0.1492	0.0016	0.0638	0.2162	0.0219	0.0126	0.1923	0.0289	0.2341	-33.8862	43.0553	13.0067
3	3.2365	-0.5822	0.7172	2.1655	-0.877	2.8964	-0.0418	-0.3361	0.3461	0.1555	-0.0158	-0.0301	-0.207	-0.0597	0.0357	0.2416	-0.0051	0.0529	0.2021	-0.0339	0.1975	-36.203	45.7754	24.5543
4	1.271	0.2047	-0.8103	0.3555	0.4029	1.409	0.0302	-0.173	0.5249	-0.0515	-0.1048	-0.055	-0.0783	0.2016	-0.0632	0.5393	0.0427	-0.0002	0.6604	-0.0036	0.3514	-35.7782	42.8643	32.951
5	2.0745	0.38	-0.3863	1.3762	-0.3402	0.9377	-0.2894	-0.1141	-0.2251	0.5104	0.2115	0.4625	0.1783	-0.0801	0.0254	0.3899	0.0533	0.0478	0.2762	0.0229	0.3021	-47.3779	37.7681	23.0888
6	2.6197	1.3324	-0.3001	1.2231	0.1665	1.5751	0.0897	0.1799	-0.1506	0.0513	0.049	-0.3124	0.1289	0.2064	-0.0727	0.3693	-0.003	-0.056	0.2848	-0.0338	0.2618	-6.1637	19.7774	6.8314
7	0.9361	0.4158	-0.1974	1.319	-0.4439	1.1874	-0.1206	-0.2436	-0.4117	0.0764	0.1536	0.1455	0.0829	-0.1648	-0.0871	0.3545	0.0727	-0.0294	0.338	0.0526	0.3136	-22.3711	21.5107	11.616
8	0.031	0.1065	-0.0558	0.2613	0.0904	0.372	0.8787	0.5349	-0.4493	0.9529	0.6914	-0.711	1.7949	0.4361	-0.2956	0.757	-0.1087	-0.2517	0.5774	-0.0117	0.51	-26.9717	17.4808	25.3922
9	2.2672	-0.0536	-0.9425	2.4214	0.7663	0.6139	0.246	-0.1115	-0.4188	0.1827	-0.299	-0.0186	0.5595	0.0228	-0.0094	0.5479	0.0594	-0.0491	0.34	0.0456	0.2993	-12.3207	12.2205	19.4736
10	2.301	1.3265	0.4613	0.8412	-0.0807	1.784	0.554	-0.5181	-0.2792	1.0881	-0.4808	-0.0619	0.2447	0.0568	-0.1676	0.5507	-0.0557	-0.1352	0.3737	0.0679	0.4543	-8.5869	20.7644	29.3869
11	2.705	-0.4495	-0.2867	0.8217	-0.9217	2.1128	-0.0146	0.015	-0.2089	0.0299	-0.0748	-0.4681	-0.1594	0.7392	-0.0617	0.4376	0.0707	-0.0675	0.5179	0.0476	0.3953	3.0006	20.0133	17.6835

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 24 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 122 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 123 through 180 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 181 through 194 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 195 through 231 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 10 through 51 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 52 through 78 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 79 through 90 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 91 through 180 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 181 through 213 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 214 through 231 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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