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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bja | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Acat5 thiolase from Ascaris suum in complex with coenzyme A | ||||||
要素 | Acetyl-CoA acetyltransferase A | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / thiolase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Ascaris suum (かいちゅう) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6000144811 Å | ||||||
データ登録者 | Blaisse, M.R. / Fu, B. / Chang, M.C.Y. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018 タイトル: Structural and Biochemical Studies of Substrate Selectivity in Ascaris suum Thiolases. 著者: Blaisse, M.R. / Fu, B. / Chang, M.C.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6bja.cif.gz | 192.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6bja.ent.gz | 123.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6bja.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6bja_validation.pdf.gz | 751.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6bja_full_validation.pdf.gz | 751.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6bja_validation.xml.gz | 19.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6bja_validation.cif.gz | 29.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/6bja ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/6bja | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41992.234 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 28-421 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ascaris suum (かいちゅう) / プラスミド: pET23a-AsAcat5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(de3) / 参照: UniProt: F1L3N8 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#3: 化合物 | ChemComp-COA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.89 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 2 M sodium malonate, pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115869 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.115869 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→79.4 Å / Num. obs: 59736 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 17.5342589252 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.67 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.657 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 3.08 / Num. unique obs: 5698 / % possible all: 96.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2IB8 解像度: 1.6000144811→79.3832142521 Å / SU ML: 0.125720945896 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33499160692 / 位相誤差: 18.2808442151
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.1902809801 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6000144811→79.3832142521 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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