PDB-6bj9: Crystal structure of Acat2 thiolase from Ascaris suum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bj9

タイトル

Crystal structure of Acat2 thiolase from Ascaris suum

要素

Acetyl-CoA acetyltransferase A

キーワード

TRANSFERASE / thiolase

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

Ascaris suum (かいちゅう)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.53014078017 Å

データ登録者

Blaisse, M.R. / Fu, B. / Chang, M.C.Y.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural and Biochemical Studies of Substrate Selectivity in Ascaris suum Thiolases.
著者: Blaisse, M.R. / Fu, B. / Chang, M.C.Y.

履歴

登録	2017年11月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bj9.cif.gz	362.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bj9.ent.gz	239.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bj9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6bj9_validation.pdf.gz	419.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bj9_full_validation.pdf.gz	419.5 KB	表示
XML形式データ	6bj9_validation.xml.gz	34.4 KB	表示
CIF形式データ	6bj9_validation.cif.gz	54.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/6bj9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/6bj9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6bjaC 6bjbC 2ib8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6art-d 2ibu-d 6bjb-1 6arf-d 5lp7-1 1m4s-d 2ibw-d 1m1t-d 2ib7-d 5xz5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (10) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acetyl-CoA acetyltransferase A

B: Acetyl-CoA acetyltransferase A

ヘテロ分子

82.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetyl-CoA acetyltransferase A

ヘテロ分子

A: Acetyl-CoA acetyltransferase A

ヘテロ分子

B: Acetyl-CoA acetyltransferase A

ヘテロ分子

B: Acetyl-CoA acetyltransferase A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
165 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.574, 88.123, 142.265
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Acetyl-CoA acetyltransferase A 分子量: 41146.734 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 24-413 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ascaris suum (かいちゅう) / プラスミド: pET23a-AsAcat2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(de3) / 参照: UniProt: F1KYX0
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 868 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.7 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M tri-potassium citrate, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115864 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.115864 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.53→75 Å / Num. obs: 135412 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 12.2655748103 Å² / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 1.53→1.585 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.387 / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / Num. unique obs: 12914 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2IB8

2ib8

解像度: 1.53014078017→74.9151416106 Å / SU ML: 0.132472354218 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33195692668 / 位相誤差: 14.946377729

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.159950312588	6702	4.94963221175 %
R_work	0.138926005342	-	-
obs	0.139978006653	135404	99.591056193 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.2451915589 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.53014078017→74.9151416106 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5656	0	2	868	6526

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00941883888153	5750
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.29022238305	7786
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0490127524549	916
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00750892386005	1004
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.9160171464	2108

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5301-1.5475	0.251870292353	204	0.223468549082	3920	X-RAY DIFFRACTION	92.6533363289
1.5475-1.5657	0.26323639168	186	0.21315549882	4151	X-RAY DIFFRACTION	96.7001114827
1.5657-1.5848	0.221873293544	242	0.203524834174	4209	X-RAY DIFFRACTION	99.021134594
1.5848-1.6049	0.220862619202	200	0.189767310512	4278	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6049-1.626	0.208397303673	245	0.18312052522	4264	X-RAY DIFFRACTION	99.977827051
1.626-1.6483	0.187290951588	204	0.177582612384	4221	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6483-1.6718	0.21941419657	215	0.16225726929	4303	X-RAY DIFFRACTION	99.9778712104
1.6718-1.6968	0.196066830068	244	0.165602040405	4271	X-RAY DIFFRACTION	99.9778565102
1.6968-1.7233	0.178648962767	219	0.157006402301	4235	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7233-1.7516	0.170128428488	210	0.149797749974	4290	X-RAY DIFFRACTION	99.977782715
1.7516-1.7818	0.186543443373	250	0.151446962297	4246	X-RAY DIFFRACTION	99.9333185152
1.7818-1.8142	0.183447502494	182	0.148418661214	4286	X-RAY DIFFRACTION	99.932900917
1.8142-1.8491	0.169774113113	229	0.148778964585	4289	X-RAY DIFFRACTION	99.9557522124
1.8491-1.8868	0.170138951141	221	0.15013107694	4279	X-RAY DIFFRACTION	99.9111900533
1.8868-1.9279	0.176523277678	236	0.144138038832	4274	X-RAY DIFFRACTION	99.9778319663
1.9279-1.9727	0.165583090671	203	0.140842386752	4294	X-RAY DIFFRACTION	99.9777678968
1.9727-2.022	0.146137221298	233	0.143148707447	4285	X-RAY DIFFRACTION	99.9778712104
2.022-2.0767	0.170676195381	235	0.137312036857	4282	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0767-2.1378	0.151020821252	228	0.13586312187	4295	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1378-2.2068	0.155900984398	225	0.129803991251	4305	X-RAY DIFFRACTION	99.9558693733
2.2068-2.2857	0.14155972043	228	0.123385822584	4266	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2857-2.3772	0.144897197901	224	0.117216330909	4357	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3772-2.4854	0.145232077245	223	0.123617081917	4294	X-RAY DIFFRACTION	99.9778663125
2.4854-2.6165	0.148560257253	230	0.127712152541	4323	X-RAY DIFFRACTION	99.9560922064
2.6165-2.7804	0.13924037254	231	0.124190960654	4328	X-RAY DIFFRACTION	99.9780701754
2.7804-2.9951	0.16096576567	229	0.129945694551	4355	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9951-3.2965	0.14400226112	251	0.131969436982	4338	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2965-3.7735	0.147816925198	213	0.129556280404	4405	X-RAY DIFFRACTION	99.9350789872
3.7735-4.7541	0.127620342094	226	0.112629270489	4438	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7541-75.0051	0.16255435413	236	0.149800987991	4621	X-RAY DIFFRACTION	99.8150431566

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