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- PDB-6bj8: TCR55 in complex with Pep20/HLA-B35 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bj8
タイトルTCR55 in complex with Pep20/HLA-B35
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-35 alpha chain
  • TCR 55 alpha chain
  • TCR 55 beta chain
  • VAL-PRO-LEU-THR-GLU-ASP-ALA-GLU-LEU
キーワードIMMUNE SYSTEM / agonist / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / detection of bacterium / secretory granule membrane / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding ...regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / detection of bacterium / secretory granule membrane / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / response to bacterium / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / defense response / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / protein-folding chaperone binding / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...: / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Human nkt tcr beta chain / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin / TRA@ protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Jude, K.M. / Sibener, L.V. / Yang, X. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 8件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI07290 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA216926-01 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI57229 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI103867 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI096879 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS071518 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)A1091580 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA199090-01 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Isolation of a Structural Mechanism for Uncoupling T Cell Receptor Signaling from Peptide-MHC Binding.
著者: Sibener, L.V. / Fernandes, R.A. / Kolawole, E.M. / Carbone, C.B. / Liu, F. / McAffee, D. / Birnbaum, M.E. / Yang, X. / Su, L.F. / Yu, W. / Dong, S. / Gee, M.H. / Jude, K.M. / Davis, M.M. / ...著者: Sibener, L.V. / Fernandes, R.A. / Kolawole, E.M. / Carbone, C.B. / Liu, F. / McAffee, D. / Birnbaum, M.E. / Yang, X. / Su, L.F. / Yu, W. / Dong, S. / Gee, M.H. / Jude, K.M. / Davis, M.M. / Groves, J.T. / Goddard III, W.A. / Heath, J.R. / Evavold, B.D. / Vale, R.D. / Garcia, K.C.
履歴
登録2017年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-35 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
D: TCR 55 alpha chain
H: TCR 55 beta chain
C: VAL-PRO-LEU-THR-GLU-ASP-ALA-GLU-LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,82236
ポリマ－94,9565
非ポリマー2,86631
水11,115617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18450 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area36280 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)194.492, 61.698, 92.145
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.87, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 ABDH

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-35 alpha chain / MHC class I antigen B*35


分子量: 31940.246 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P30685, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質 TCR 55 alpha chain


分子量: 22890.752 Da / 分子数: 1 / Mutation: T161C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRA@ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6IRV4
#4: タンパク質 TCR 55 beta chain


分子量: 27390.535 Da / 分子数: 1 / Mutation: A187C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K7N5M4

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#5: タンパク質・ペプチド VAL-PRO-LEU-THR-GLU-ASP-ALA-GLU-LEU


分子量: 986.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 648分子

#6: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 617 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.27 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.04 M potassium phosphate monobasic, 16% w/v PEG8000, 20% v/v glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月23日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 103605 / % possible obs: 97.14 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 19.44 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.0423 / Rrim(I) all: 0.0763 / Net I/σ(I): 10.84
反射 シェル解像度: 1.75→1.813 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.4594 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / Num. unique obs: 10087 / CC1/2: 0.696 / Rpim(I) all: 0.3183 / Rrim(I) all: 0.5622 / % possible all: 94.81

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSNov 1, 2016データ削減
XDSNov 1, 2016データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1A1N

1a1n


解像度: 1.75→47.259 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1833 1856 1.79 %random
Rwork0.1585 ---
obs0.1589 103601 97.14 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→47.259 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6586 0 182 617 7385
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096994
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9789489
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1894187
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065986
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061226
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.79730.23961370.2297491X-RAY DIFFRACTION94
1.7973-1.85020.23671440.20067927X-RAY DIFFRACTION99
1.8502-1.90990.22351430.17847862X-RAY DIFFRACTION99
1.9099-1.97820.18721450.16627901X-RAY DIFFRACTION98
1.9782-2.05740.21061420.15757777X-RAY DIFFRACTION97
2.0574-2.1510.19361430.15127880X-RAY DIFFRACTION98
2.151-2.26440.19511440.15267910X-RAY DIFFRACTION98
2.2644-2.40630.18551420.15137783X-RAY DIFFRACTION97
2.4063-2.59210.17171430.15487779X-RAY DIFFRACTION97
2.5921-2.85290.17741430.15587867X-RAY DIFFRACTION98
2.8529-3.26570.17521420.14797779X-RAY DIFFRACTION96
3.2657-4.1140.15531450.14517933X-RAY DIFFRACTION98
4.114-47.27630.18371430.16567856X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6643-0.0459-1.25691.32450.10532.9989-0.0465-0.058-0.30730.0025-0.05450.06410.2481-0.03920.09190.1352-0.0031-0.02410.15120.00790.1666-30.76428.9276-2.6558
26.26120.3785-4.57240.7509-0.55175.04960.10540.3732-0.1658-0.0688-0.01430.04070.0665-0.3135-0.03350.14040.0046-0.03550.1375-0.01930.1581-32.345133.0246-13.4819
32.460.0181-1.10822.31151.45684.02010.1492-0.18980.0730.12650.0189-0.0937-0.07320.2531-0.16750.1246-0.0106-0.02680.1587-0.00280.152-20.187637.9817-7.4753
41.38990.5074-0.24821.1368-0.44381.4760.1564-0.06450.13770.0326-0.0029-0.0437-0.1860.1283-0.16330.1341-0.0155-0.00340.1534-0.03150.1537-22.936744.8475-8.4135
51.8438-0.43471.46541.357-0.86961.6095-0.0074-0.5815-0.41420.16780.1780.06460.0552-0.1256-0.15880.258-0.0954-0.05010.40140.04290.225-14.509125.552221.8898
63.6302-0.18951.53280.74440.20210.9710.0297-0.1530.0130.04850.0446-0.10090.0237-0.0542-0.07750.205-0.0653-0.04030.33180.05410.2116-6.931127.439520.8784
74.07120.452-2.75172.8342-1.36282.29060.32050.0015-0.1585-0.2513-0.1834-0.22670.08980.1469-0.14550.23180.0311-0.05290.23340.07080.3135-12.154918.45682.9275
80.03330.3937-0.1524.6861-1.79490.68760.2403-0.7786-0.62090.87060.0130.48030.3478-0.2749-0.22590.4785-0.1717-0.06210.49590.24240.4584-22.211712.114121.7136
91.24460.1379-0.75321.7016-1.27874.1770.1452-0.2142-0.42720.0447-0.02430.230.1388-0.1566-0.11980.2749-0.0279-0.06820.27070.09890.3202-19.463716.64547.9282
100.78191.3536-1.15387.7983-7.16147.51150.1326-0.0737-0.4221-0.3630.0984-0.01980.8316-0.0862-0.21540.35030.0095-0.08620.16910.02550.3336-18.631112.8795-2.1369
110.7916-2.39870.40788.0919-2.45822.0664-0.21650.1694-0.5771-0.3293-0.11280.75370.3628-0.13870.30630.43-0.1042-0.08980.26390.07070.6331-25.01116.77594.3107
122.30220.9215-1.4131.8606-1.49252.18340.2282-0.1093-0.32590.1128-0.2796-0.0765-0.06210.26860.0480.17480.0031-0.02660.207600.1998-18.655928.2008-2.246
131.31720.12750.39397.4055-5.18535.68390.1957-0.1762-0.43580.18130.08130.5060.209-0.4191-0.2440.2438-0.0542-0.0780.24060.06720.3328-23.03515.94446.6492
140.0151-0.1089-0.2225.6305-2.6567.1834-0.0038-0.0988-0.2058-0.1115-0.0818-0.09010.72760.3910.15760.7298-0.0962-0.22120.50540.34770.6951-17.54071.434617.7543
151.22530.0799-0.30312.1427-1.48415.64070.0726-0.1931-0.6836-0.2842-0.2955-0.24890.97470.32160.17240.47990.0722-0.05370.22830.03530.3892-12.93349.8074-2.0416
163.5264-1.182-0.35513.8485-0.48223.2810.3015-0.2684-0.2560.2683-0.1255-0.2432-0.04660.3242-0.1550.39530.0225-0.13910.3130.16640.5137-11.93358.680410.6815
171.0422-0.28650.27751.648-0.3181.0718-0.0271-0.05480.1072-0.05080.0230.0349-0.11190.02160.00440.15510.02260.02380.1211-0.0080.1283-45.698959.1525-17.1411
182.61980.06250.56533.20930.30092.51790.02020.0575-0.14160.2026-0.10090.50940.0603-0.40050.04170.1781-0.01950.06640.1883-0.02420.2656-63.470376.3734-39.034
191.5325-0.0020.27580.7923-0.20390.8145-0.06290.1351-0.0898-0.12280.08570.06820.07720.0183-0.01910.17060.0010.00320.1245-0.01350.1503-47.691441.4516-33.3812
202.2634-0.4160.76992.7017-0.70711.5372-0.0966-0.1705-0.40970.1960.150.2880.2817-0.1038-0.05140.19860.00570.03310.16550.01340.1963-50.449437.1348-23.0837
211.0153-0.45280.54280.6642-0.07370.7562-0.00270.0799-0.1984-0.05440.02870.07290.07210.0435-0.02450.16380.00680.01790.12810.00530.1543-45.931440.674-28.5694
221.5474-0.37221.23142.0247-1.0542.99030.1783-0.1727-0.228-0.11140.1430.33270.2715-0.3621-0.28460.1702-0.0433-0.040.16090.03170.2411-64.384145.8987-41.5857
231.0259-0.51220.51866.03530.76222.2126-0.09650.07390.0728-0.30210.08330.1996-0.2383-0.04690.02680.14320.01070.02130.13410.02030.1883-59.837677.7644-49.6338
240.86920.5460.41361.8648-0.64220.67840.104-0.0942-0.1190.0354-0.08460.03330.0110.0382-0.01590.1852-0.01120.02210.12920.00820.1542-57.087662.5365-45.7493
252.45311.1468-0.49242.0497-0.48191.90620.1452-0.5073-0.23510.3224-0.22560.20510.09410.0350.08410.2076-0.01120.05030.16220.03630.2217-59.121261.5497-40.5329
260.3385-0.49690.42452.5604-0.15450.65430.07630.05210.13070.20590.10750.2475-0.094-0.1065-0.17180.1383-0.01380.02410.14250.00730.1443-55.283672.1903-46.7263
270.95652.3939-1.09079.492-4.82242.8513-0.02950.183-0.0751-0.06480.1126-0.00870.0132-0.001-0.04190.1764-0.00780.00930.17570.00540.1505-51.87268.3339-55.216
280.69381.63420.59994.55111.13511.3950.36150.2376-0.9321-0.31980.11120.14380.6061-0.2651-0.42420.3699-0.055-0.12420.2394-0.00630.3368-63.824343.0769-51.4997
291.78853.1084-1.20815.3927-2.38623.17420.03420.13730.3309-0.37230.19010.6459-0.0944-0.0799-0.20680.1846-0.0003-0.01270.17690.02910.162-56.450967.6416-57.0901
301.33070.2734-1.67340.094-0.19352.54340.01480.10290.0384-0.1178-0.0102-0.01790.16020.12040.0070.16340.03180.01710.21370.00480.1769-30.10139.8379-12.0024
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 56 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 57 through 84 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 85 through 118 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 119 through 174 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 175 through 197 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 198 through 276 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 2 through 11 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 12 through 19 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 20 through 30 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 31 through 41 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 42 through 51 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 52 through 61 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 62 through 71 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 72 through 77 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 78 through 90 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 91 through 97 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 2 through 112 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 113 through 202 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 3 through 37 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid 38 through 63 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resid 64 through 108 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'H' and (resid 109 through 123 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'H' and (resid 124 through 139 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'H' and (resid 140 through 161 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'H' and (resid 162 through 187 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'H' and (resid 188 through 201 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'H' and (resid 202 through 214 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'H' and (resid 215 through 232 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'H' and (resid 233 through 244 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'C' and (resid 1 through 9 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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