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万見
- PDB-6bj5: Structure of the Clinically used Myxomaviral Serine Protease Inhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bj5
タイトルStructure of the Clinically used Myxomaviral Serine Protease Inhibitor 1 (SERP-1)
要素(Serine proteinase inhibitor ...) x 2
キーワードIMMUNOSUPPRESSANT / Serpin / glycosylation / protease inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of plasminogen activation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors
類似検索 - ドメイン・相同性
2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL / Serine proteinase inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Myxoma virus (ミクソーマウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Mahon, B.P. / Lomelino, C.L. / McKenna, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM109524 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the Clinically used Myxomaviral Serine Protease Inhibitor 1 (SERP-1)
著者: Mahon, B.P. / Lomelino, C.L. / Ambadapadi, S. / Yaron, J. / Keinan, S. / Kurnikov, I. / Zhang, L. / Reeves, W. / Pinard, M.A. / Macaulay, C. / McFadden, G. / Tibbetts, S. / McKenna, R. / Lucas, A.
履歴
登録2017年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Serine proteinase inhibitor 1
F: Serine proteinase inhibitor 1
A: Serine proteinase inhibitor 1
G: Serine proteinase inhibitor 1
C: Serine proteinase inhibitor 1
H: Serine proteinase inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,23410
ポリマ－124,8686
非ポリマー1,3664
水1,04558
1
B: Serine proteinase inhibitor 1
F: Serine proteinase inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0473
ポリマ－41,6232
非ポリマー4241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5030 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area15430 Å2
手法PISA
2
A: Serine proteinase inhibitor 1
G: Serine proteinase inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8443
ポリマ－41,6232
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area15470 Å2
手法PISA
3
C: Serine proteinase inhibitor 1
H: Serine proteinase inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3434
ポリマ－41,6232
非ポリマー7212
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5110 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area15800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.012, 122.066, 130.095
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.88, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Serine proteinase inhibitor ... , 2種, 6分子 BACFGH

#1: タンパク質 Serine proteinase inhibitor 1 / Serpin-1


分子量: 35602.535 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 1-315 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Myxoma virus (strain Lausanne) (ウイルス)
株: Lausanne / 遺伝子: SPI-1, SERP1, m008.1L / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P12393
#2: タンパク質 Serine proteinase inhibitor 1 / Serpin-1


分子量: 6020.045 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 316-369 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Myxoma virus (strain Lausanne) (ウイルス)
株: Lausanne / 遺伝子: SPI-1, SERP1, m008.1L / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P12393

-
糖 , 2種, 3分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 59分子

#5: 化合物 ChemComp-P15 / 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL / ヘキサエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 296.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C13H28O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.83 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M POTASSIUM CHLORIDE, 0.05 M MAGNESIUM CHLORIDE HEXAHYDRATE, 0.05 M TRIS-HCL PH 7.5, 10% W/V POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 4,000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K
PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 51618 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 35.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.602 / Num. unique obs: 2645 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LW2

3lw2


解像度: 2.5→19.83 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 1990 4.31 %
Rwork0.207 --
obs0.209 46146 86.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7875 0 90 58 8023
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018113
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35410993
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4824888
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081305
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081381
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5004-2.56280.3548720.26321636X-RAY DIFFRACTION45
2.5628-2.63190.326970.25312119X-RAY DIFFRACTION58
2.6319-2.70920.3487980.26392532X-RAY DIFFRACTION69
2.7092-2.79640.29221360.27312853X-RAY DIFFRACTION80
2.7964-2.8960.33611540.27473429X-RAY DIFFRACTION95
2.896-3.01160.33761750.26093563X-RAY DIFFRACTION99
3.0116-3.14820.33121580.25173610X-RAY DIFFRACTION99
3.1482-3.31340.29771550.2453569X-RAY DIFFRACTION99
3.3134-3.51990.30231630.22933574X-RAY DIFFRACTION99
3.5199-3.790.29951200.23542729X-RAY DIFFRACTION75
3.79-4.16820.2331610.17793605X-RAY DIFFRACTION99
4.1682-4.7640.21051630.14923614X-RAY DIFFRACTION99
4.764-5.97480.19011670.1583653X-RAY DIFFRACTION99
5.9748-19.82930.18081710.17493670X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -28.7253 Å / Origin y: 34.2466 Å / Origin z: 29.6432 Å
111213212223313233
T0.0569 Å20.0105 Å2-0.0032 Å2-0.0461 Å2-0.0056 Å2--0.0522 Å2
L0.0822 °2-0.0154 °20.0809 °2-0.0784 °2-0.0164 °2--0.1216 °2
S-0.0395 Å °0.0151 Å °-0.0038 Å °0.041 Å °0.0103 Å °-0.0187 Å °-0.055 Å °0.0142 Å °-0.0754 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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