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- PDB-6bhh: Crystal structure of SETDB1 with a modified H3 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bhh
タイトルCrystal structure of SETDB1 with a modified H3 peptide
要素
  • Histone H3.1
  • Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / epigenetics / histone modification / mutant / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-N6,N6-dimethyl-lysine9 N-methyltransferase / histone H3K9 trimethyltransferase activity / histone H3K9 monomethyltransferase activity / : / heterochromatin organization / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / Chromatin modifying enzymes / telomere organization ...[histone H3]-N6,N6-dimethyl-lysine9 N-methyltransferase / histone H3K9 trimethyltransferase activity / histone H3K9 monomethyltransferase activity / : / heterochromatin organization / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / epigenetic regulation of gene expression / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / promoter-specific chromatin binding / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / chromosome / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / methylation / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1 / Domain of unknown function DUF5604 / Domain of unknown function (DUF5604) / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / Histone methyltransferase, Tudor domain 1 / Histone methyltransferase, Tudor domain 2 / Histone methyltransferase Tudor domain / Histone methyltransferase Tudor domain 1 / : / : ...Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1 / Domain of unknown function DUF5604 / Domain of unknown function (DUF5604) / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / Histone methyltransferase, Tudor domain 1 / Histone methyltransferase, Tudor domain 2 / Histone methyltransferase Tudor domain / Histone methyltransferase Tudor domain 1 / : / : / Pre-SET motif / Pre-SET domain / Pre-SET domain profile. / N-terminal to some SET domains / Tudor domain / Tudor domain / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / SH3 type barrels. - #140 / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / SH3 type barrels. / Histone-fold / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.1 / Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Qin, S. / Tempel, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: H3K14ac is linked to methylation of H3K9 by the triple Tudor domain of SETDB1.
著者: Jurkowska, R.Z. / Qin, S. / Kungulovski, G. / Tempel, W. / Liu, Y. / Bashtrykov, P. / Stiefelmaier, J. / Jurkowski, T.P. / Kudithipudi, S. / Weirich, S. / Tamas, R. / Wu, H. / Dombrovski, L. ...著者: Jurkowska, R.Z. / Qin, S. / Kungulovski, G. / Tempel, W. / Liu, Y. / Bashtrykov, P. / Stiefelmaier, J. / Jurkowski, T.P. / Kudithipudi, S. / Weirich, S. / Tamas, R. / Wu, H. / Dombrovski, L. / Loppnau, P. / Reinhardt, R. / Min, J. / Jeltsch, A.
履歴
登録2017年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1
B: Histone H3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,58830
ポリマ－29,3962
非ポリマー19228
水3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area11320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.799, 71.804, 52.544
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.420, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1 / ERG-associated protein with SET domain / ESET / Histone H3-K9 methyltransferase 4 / H3-K9-HMTase 4 ...ERG-associated protein with SET domain / ESET / Histone H3-K9 methyltransferase 4 / H3-K9-HMTase 4 / Lysine N-methyltransferase 1E / SET domain bifurcated 1


分子量: 27555.604 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 190-410 / 変異: W358A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SETDB1, KIAA0067, KMT1E / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q15047, histone-lysine N-methyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3.1 / Histone H3/a / Histone H3/b / Histone H3/c / Histone H3/d / Histone H3/f / Histone H3/h / Histone ...Histone H3/a / Histone H3/b / Histone H3/c / Histone H3/d / Histone H3/f / Histone H3/h / Histone H3/i / Histone H3/j / Histone H3/k / Histone H3/l


分子量: 1840.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 26 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% PEG3350, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→36.61 Å / Num. obs: 24394 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 88658 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.82-1.863.61.179507614290.340.7291.3911.199.9
9.1-36.613.40.0416741970.9970.0260.0492795.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.27データスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: earlier version of model from PDB entry 6BHD

6bhd


解像度: 1.85→36.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 3.811 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.135
詳細: PHENIX.REFINE was used for automated addition of solvent atoms to the model. COOT was used for interactive model building. Model geometry was evaluated with MOLPROBITY. Note weak density for ...詳細: PHENIX.REFINE was used for automated addition of solvent atoms to the model. COOT was used for interactive model building. Model geometry was evaluated with MOLPROBITY. Note weak density for dimethyllysyl residues. Modeled sulfate ions may represent sulfonate moieties of partially disordered HEPES molecules.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2374 1197 5.2 %
Rwork0.1925 --
obs0.1947 22045 99.72 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 74.17 Å2 / Biso mean: 23.469 Å2 / Biso min: 11.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å20 Å2-1.44 Å2
2--0.7 Å2-0 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→36.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1719 0 36 221 1976
Biso mean--38.03 32.45 -
残基数----221
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0191806
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021704
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3891.9752451
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89333933
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7135227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.84123.05672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.70215310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2881511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211996
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02399
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0032.236887
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0022.238888
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1853.3291109
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 100 -
Rwork0.305 1632 -
all-1732 -
obs--99.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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