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万見
- PDB-6bhf: Crystal structure of the petidylprolyl cis,trans-isomerase from H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bhf
タイトルCrystal structure of the petidylprolyl cis,trans-isomerase from Helicobacter pylori
要素Putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase HP_0175
キーワードISOMERASE / Parvulin PPIase TLR4-agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase
類似検索 - 分子機能
: / Trigger factor/SurA domain superfamily / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type, conserved site / PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / PPIC-type PPIASE domain / PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase HP_0175
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Yaseen, A. / Audette, G.F.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural flexibility in the Helicobacter pylori peptidyl-prolyl cis,trans-isomerase HP0175 is achieved through an extension of the chaperone helices.
著者: Yaseen, A. / Audette, G.F.
履歴
登録2017年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _entity.formula_weight
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_audit_support
Item: _entity.formula_weight / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase HP_0175


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1191
ポリマ－34,1191
非ポリマー00
水1,02757
1
A: Putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase HP_0175

A: Putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase HP_0175


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2382
ポリマ－68,2382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+1/31
Buried area4470 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area29710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.951, 90.951, 67.048
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase HP_0175 / PPIase HP_0175 / Rotamase HP_0175


分子量: 34119.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌)
株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: HP_0175 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P56112, peptidylprolyl isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The structure has a Thr at position 80 of chain A. This is both confirmed by the electron density ...The structure has a Thr at position 80 of chain A. This is both confirmed by the electron density and sequencing of the crystallized construct

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.58 % / 解説: hexagonal rods
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: HEPES (pH 7.0), 30% (v/v) Jeffamine ED-2001

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→45.5 Å / Num. obs: 19446 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 38.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.09→2.14 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 1.515 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1459 / CC1/2: 0.786 / Rpim(I) all: 0.73 / Rrim(I) all: 1.69 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ez1

5ez1


解像度: 2.09→45.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 21.04 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.195 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27526 959 4.9 %RANDOM
Rwork0.2143 ---
obs0.21746 18461 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 61.784 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.59 Å20.79 Å20 Å2
2--1.59 Å2-0 Å2
3----5.15 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.09→45.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1996 0 0 57 2053
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0192037
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021934
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1211.9682736
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.12234526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5775249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.27526.06199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.95515406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.45158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02368
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9984.701996
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9964.7995
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2617.0391242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.267.041243
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8825.2161041
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8825.2161041
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.0547.6011492
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.50656.4692368
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.50856.4572362
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.085→2.139 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.428 85 -
Rwork0.414 1305 -
obs--99.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.53290.1283-0.11930.2966-0.00120.03470.034-0.1261-0.10530.0038-0.07020.0595-0.03420.03370.03630.18260.0062-0.01910.14890.01510.0488-3.733569.37545.3981
20.22870.1813-0.02830.2236-0.07390.1180.0358-0.1354-0.1368-0.0852-0.0742-0.08410.04980.02420.03850.188-0.0549-0.02940.13660.07450.11921.457667.47232.5803
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A43 - 60
2X-RAY DIFFRACTION1A69 - 101
3X-RAY DIFFRACTION1A102 - 139
4X-RAY DIFFRACTION1A140 - 153
5X-RAY DIFFRACTION1A154 - 261
6X-RAY DIFFRACTION1A262 - 292
7X-RAY DIFFRACTION1A293 - 299
8X-RAY DIFFRACTION2W1 - 57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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