PDB-5ez1: Crystal Structure of Cell Binding Factor 2 from Helicobacter pylo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ez1

タイトル

Crystal Structure of Cell Binding Factor 2 from Helicobacter pylori in complex with I2CA

要素

Putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase HP_0175

キーワード

ISOMERASE / Cell binding factor 2 / Peptidyl prolyl cis-trans isomerase

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Sun, Y.J. / Chu, C.H. / Tsai, Y.C.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Helicobacter pylori cell binding factor 2: Insights into domain motion.
著者: Naveen, V. / Chu, C.H. / Chen, B.W. / Tsai, Y.C. / Hsiao, C.D. / Sun, Y.J.

履歴

登録	2015年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ez1.cif.gz	207.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ez1.ent.gz	165.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ez1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/5ez1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/5ez1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3uzd-1 4j4w-1 4e2e-1 3m9e-d 5x6m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase HP_0175

B: Putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase HP_0175

ヘテロ分子

64.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.998, 61.998, 366.427
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-567- HOH
2	1	B-507- HOH
3	1	B-544- HOH

#1: タンパク質	Putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase HP_0175 / PPIase HP_0175 / Rotamase HP_0175 分子量: 31969.539 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 33-299 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌) 株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: HP_0175 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56112, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-ICB / 1H-indole-2-carboxylic acid / 1H-インド-ル-2-カルボン酸分子量: 161.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₇NO₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 44% Jaffamine M-600 pH 7.0, 50 mM Succinate acid pH 3.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 33151 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.7 % / Net I/σ(I): 30.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.4→26.673 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 29.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2995	1530	5.12 %
R_work	0.2442	-	-
obs	0.247	29902	89.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→26.673 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3760	0	24	151	3935

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3846
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.245	5149
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.503	1523
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	556
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	665

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4005-2.4779	0.344	62	0.2934	929	X-RAY DIFFRACTION	33
2.4779-2.5664	0.3453	102	0.2805	2018	X-RAY DIFFRACTION	72
2.5664-2.669	0.3198	141	0.2627	2602	X-RAY DIFFRACTION	93
2.669-2.7904	0.3316	157	0.2632	2735	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7904-2.9373	0.3255	154	0.2457	2745	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9373-3.1211	0.2995	158	0.258	2744	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1211-3.3617	0.3011	160	0.255	2804	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3617-3.6992	0.2809	167	0.2234	2843	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6992-4.2326	0.2768	145	0.2139	2870	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2326-5.3257	0.2892	158	0.2166	2940	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3257-26.6746	0.3041	126	0.2763	3142	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0066	0.0008	-0.0002	0.0064	0.0035	0.0019	0.0173	0.0141	-0.007	-0.0115	0.0011	-0.02	-0.0088	0.0109	-0.0001	0.7374	-0.0269	-0.0821	0.6561	0.1914	0.6304	20.2779	38.9649	53.2738
2	0.103	-0.0246	0.1289	0.2227	0.0307	0.1817	-0.0458	0.1095	0.1766	-0.0572	-0.066	-0.0699	-0.0854	0.0377	0.0393	0.4495	0.1538	0.083	0.2473	0.1026	0.3808	13.2072	31.8233	52.3399
3	0.0146	-0.0189	0.0232	0.0508	-0.0277	0.0806	0.0138	0.0369	0.0368	-0.0202	-0.0926	0.0194	0.0327	0.0713	-0.049	0.3901	0.1332	0.1212	0.2906	-0.0083	0.2552	28.4022	10.9669	46.5527
4	0.0866	0.0133	0.0422	0.0382	-0.0022	0.0358	-0.0585	-0.0674	0.0064	0.0406	0.0125	-0.0672	0.0352	0.0145	-0.0062	0.1249	0.0584	0.0218	0.3297	0.0124	0.2774	45.335	2.5488	20.3616
5	0.1998	-0.081	-0.0603	0.1124	0.0087	0.0606	-0.1122	-0.0977	-0.137	0.0956	0.0209	0.001	0.1886	0.0979	-0.206	0.1342	0.2688	0.2135	0.038	0.0341	0.2464	12.7485	-3.881	-0.2516
6	0.1756	-0.1384	-0.0444	0.1014	0.0392	0.012	-0.1038	-0.1906	-0.1051	0.1047	-0.0349	-0.1863	0.1824	0.3008	-0.2765	0.1314	0.4419	0.0812	0.3378	0.0422	0.2432	19.3506	-0.6206	6.4595
7	0.0119	-0.0032	0.024	0.0857	0.0105	0.0771	-0.0179	-0.0823	-0.0468	0.1908	0.0614	0.0488	0.0799	0.0072	0.2214	0.3535	0.2173	0.1846	0.316	0.0765	0.2298	38.9111	1.5173	36.1516
8	0.1393	-0.1186	-0.1643	0.1754	0.0758	0.4985	0.0207	0.1262	-0.1526	-0.0352	-0.0983	0.3206	0.297	-0.1658	-0.0328	0.6054	0.1315	0.0648	0.3319	0.0289	0.3796	20.2379	9.4519	50.2026
9	0.0898	-0.0609	0.0615	0.0537	-0.019	0.0612	0.1809	-0.2304	0.1113	0.189	-0.1119	-0.0912	-0.1147	-0.0875	0.0001	0.5244	0.045	0.0189	0.5805	-0.0441	0.6478	-0.6775	33.401	12.4719
10	0.0156	0.0033	-0.0113	0.0402	-0.0089	0.0483	-0.1313	0.1114	0.0206	0.0463	0.0891	0.0398	0.0498	-0.2039	-0.0021	0.5769	-0.0028	-0.0351	0.4484	0.1402	0.3823	-1.7967	31.4397	46.05

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 54 through 76 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 77 through 103 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 104 through 132 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 133 through 151 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 152 through 196 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 197 through 261 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 262 through 296 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 54 through 132 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 133 through 261 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 262 through 297 )

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