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- PDB-6bhc: Crystal structure of pseduokinase PEAK1 (Sugen Kinase 269) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bhc
タイトルCrystal structure of pseduokinase PEAK1 (Sugen Kinase 269)
要素Pseudopodium-enriched atypical kinase 1
キーワードTRANSFERASE / Pseudokinase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell motility / focal adhesion assembly / regulation of focal adhesion assembly / RHOV GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / substrate adhesion-dependent cell spreading / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cell migration / actin cytoskeleton / protein autophosphorylation ...regulation of cell motility / focal adhesion assembly / regulation of focal adhesion assembly / RHOV GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / substrate adhesion-dependent cell spreading / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cell migration / actin cytoskeleton / protein autophosphorylation / protein kinase activity / focal adhesion / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Inactive tyrosine-protein kinase PEAK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ha, B.H. / Boggon, T.J.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS085078 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM109487 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM114621 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM102262 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: The crystal structure of pseudokinase PEAK1 (Sugen kinase 269) reveals an unusual catalytic cleft and a novel mode of kinase fold dimerization.
著者: Ha, B.H. / Boggon, T.J.
履歴
登録2017年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.42019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pseudopodium-enriched atypical kinase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1481
ポリマ－50,1481
非ポリマー00
水1,838102
1
A: Pseudopodium-enriched atypical kinase 1

A: Pseudopodium-enriched atypical kinase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,2972
ポリマ－100,2972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555x,-y,-z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area35580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.923, 72.724, 103.192
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Pseudopodium-enriched atypical kinase 1 / Sugen kinase 269 / Tyrosine-protein kinase SgK269


分子量: 50148.320 Da / 分子数: 1 / 変異: S1542T and deletion from 1409 to 1451 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PEAK1, KIAA2002 / プラスミド: pET22b / 詳細 (発現宿主): Uncleavable C-terminal 6xHis tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: Q9H792, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.66 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 100 mM N-(2-Acetamido) iminodiacetic acid (ADA) pH 6.8, 11 % (v/v) PEG 3350
PH範囲: 6.5 - 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月31日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 20320 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.6 % / Rpim(I) all: 0.087 / Rrim(I) all: 0.228 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1919 / CC1/2: 0.823 / Rpim(I) all: 0.443 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000v712データ削減
HKL-2000v712データスケーリング
BALBESccp4 online位相決定
ARP/wARPARP/wARP onlineモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WQM

2wqm


解像度: 2.3→42.081 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 955 4.77 %
Rwork0.1938 --
obs0.1958 20019 98.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 45.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→42.081 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2979 0 0 102 3081
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023041
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4184115
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.121864
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037471
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003523
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3002-2.42140.28911360.21452611X-RAY DIFFRACTION97
2.4214-2.57310.26051340.21412728X-RAY DIFFRACTION99
2.5731-2.77170.27061040.20742725X-RAY DIFFRACTION99
2.7717-3.05060.26581430.21042714X-RAY DIFFRACTION99
3.0506-3.49190.20891270.1922682X-RAY DIFFRACTION97
3.4919-4.39860.18931580.16682749X-RAY DIFFRACTION100
4.3986-42.08790.25091530.19662855X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.52580.4917-1.84160.46730.10523.05380.1632-0.13310.21920.0286-0.10220.3085-0.2897-0.3953-0.08670.33310.087-0.00540.3188-0.0170.3981-22.69922.487726.9616
22.2644-0.3633-1.0222.46690.33211.50740.1108-0.0902-0.06430.3009-0.09120.1578-0.0133-0.17350.02450.1827-0.0213-0.01490.17430.00710.1424-13.1932-6.596531.0978
32.4719-0.25860.00462.70260.33893.1852-0.0244-0.5089-0.09350.6691-0.0632-0.19060.09360.08840.05360.3236-0.0149-0.03420.23720.09890.23620.9066-14.732337.925
40.83690.1876-0.84441.5225-0.35993.87460.0395-0.1313-0.1169-0.044-0.0846-0.22750.18970.27260.03770.19320.0032-0.00710.16270.00810.20116.0828-5.931316.7193
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1285 through 1455 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1456 through 1578 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1579 through 1645 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1646 through 1744 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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