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- PDB-6bgn: Crystal Structure of 4-Oxalocrotonate Tautomerase After Incubatio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bgn
タイトルCrystal Structure of 4-Oxalocrotonate Tautomerase After Incubation with 5-Fluoro-2-hydroxy-2,4-pentadienoate
要素2-hydroxymuconate tautomerase
キーワードISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


xylene catabolic process / 2-hydroxymuconate tautomerase / toluene catabolic process / isomerase activity
類似検索 - 分子機能
4-oxalocrotonate tautomerase, Pseudomonas-type / 4-oxalocrotonate tautomerase / Tautomerase enzyme / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pentanoic acid / NITRATE ION / 2-hydroxymuconate tautomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Zhang, Y. / Li, W. / Stack, T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Inactivation of 4-Oxalocrotonate Tautomerase by 5-Halo-2-hydroxy-2,4-pentadienoates.
著者: Stack, T.M.M. / Li, W. / Johnson, W.H. / Zhang, Y.J. / Whitman, C.P.
履歴
登録2017年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 2-hydroxymuconate tautomerase
B: 2-hydroxymuconate tautomerase
C: 2-hydroxymuconate tautomerase
D: 2-hydroxymuconate tautomerase
E: 2-hydroxymuconate tautomerase
F: 2-hydroxymuconate tautomerase
G: 2-hydroxymuconate tautomerase
H: 2-hydroxymuconate tautomerase
I: 2-hydroxymuconate tautomerase
J: 2-hydroxymuconate tautomerase
K: 2-hydroxymuconate tautomerase
L: 2-hydroxymuconate tautomerase
M: 2-hydroxymuconate tautomerase
N: 2-hydroxymuconate tautomerase
O: 2-hydroxymuconate tautomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,46751
ポリマ－97,61215
非ポリマー3,85536
水11,476637
1
A: 2-hydroxymuconate tautomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6422
ポリマ－6,5071
非ポリマー1341
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 2-hydroxymuconate tautomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9185
ポリマ－6,5071
非ポリマー4104
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: 2-hydroxymuconate tautomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6422
ポリマ－6,5071
非ポリマー1341
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: 2-hydroxymuconate tautomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8264
ポリマ－6,5071
非ポリマー3183
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: 2-hydroxymuconate tautomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7343
ポリマ－6,5071
非ポリマー2262
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: 2-hydroxymuconate tautomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7343
ポリマ－6,5071
非ポリマー2262
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: 2-hydroxymuconate tautomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8885
ポリマ－6,5071
非ポリマー3804
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: 2-hydroxymuconate tautomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8885
ポリマ－6,5071
非ポリマー3804
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: 2-hydroxymuconate tautomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7343
ポリマ－6,5071
非ポリマー2262
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: 2-hydroxymuconate tautomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7964
ポリマ－6,5071
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: 2-hydroxymuconate tautomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7343
ポリマ－6,5071
非ポリマー2262
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: 2-hydroxymuconate tautomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7343
ポリマ－6,5071
非ポリマー2262
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
13
M: 2-hydroxymuconate tautomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7343
ポリマ－6,5071
非ポリマー2262
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
14
N: 2-hydroxymuconate tautomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7343
ポリマ－6,5071
非ポリマー2262
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
15
O: 2-hydroxymuconate tautomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7343
ポリマ－6,5071
非ポリマー2262
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.413, 88.011, 112.674
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.260, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11K-227-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
2-hydroxymuconate tautomerase / 4-oxalocrotonate tautomerase / 4-OT


分子量: 6507.450 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: xylH / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q01468, 2-hydroxymuconate tautomerase
#2: 化合物
ChemComp-6Y5 / 5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pentanoic acid


分子量: 134.106 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H7FO3
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 637 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES, pH 6.5, with 20% PEG 4600 (w/v), and 0.1 M sodium nitrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→50 Å / Num. obs: 131636 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 32.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.51→43.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 2.509 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.066
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1694 6595 5 %RANDOM
Rwork0.1156 ---
obs0.1183 124537 99.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 214.76 Å2 / Biso mean: 22.54 Å2 / Biso min: 6.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.85 Å20 Å20.78 Å2
2---0.64 Å20 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.51→43.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6735 0 255 641 7631
Biso mean--39.58 33.52 -
残基数----888
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0197345
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027439
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2692.0039839
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.709317224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6445958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.91223.742302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.547151407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6641572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21174
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.028025
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021451
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.2511.8243632
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.1781.8223631
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.7952.724538
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.441314784
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free41.135152
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded23.407515191
LS精密化 シェル解像度: 1.511→1.55 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 456 -
Rwork0.122 8849 -
all-9305 -
obs--95.79 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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