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- PDB-6bge: HELICOBACTER PYLORI ATPASE, HP0525, IN COMPLEX WITH 1G2 COMPOUND -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bge
タイトルHELICOBACTER PYLORI ATPASE, HP0525, IN COMPLEX WITH 1G2 COMPOUND
要素VirB11-like protein
キーワードATP binding Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


secretion by the type IV secretion system / type IV secretion system complex
類似検索 - 分子機能
Type IV secretion system protein VirB11 / Beta-Lactamase - #90 / : / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / Beta-Lactamase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich ...Type IV secretion system protein VirB11 / Beta-Lactamase - #90 / : / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / Beta-Lactamase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-[(pyridin-2-yl)oxy]benzoic acid / P-type DNA transfer ATPase VirB11
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Arya, T. / Casu, B. / Baron, C.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CagAlpha in complex with hexamer inhibitor
著者: Arya, T. / Casu, B. / Baron, C.
履歴
登録2017年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年12月27日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VirB11-like protein
B: VirB11-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,43010
ポリマ－73,4082
非ポリマー1,0228
水32418
1
A: VirB11-like protein
ヘテロ分子

A: VirB11-like protein
ヘテロ分子

A: VirB11-like protein
ヘテロ分子

B: VirB11-like protein
ヘテロ分子

B: VirB11-like protein
ヘテロ分子

B: VirB11-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,28930
ポリマ－220,2236
非ポリマー3,06624
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area27910 Å2
ΔGint-285 kcal/mol
Surface area79700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.075, 112.075, 231.006
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 6 - 328 / Label seq-ID: 1 - 323

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 VirB11-like protein


分子量: 36703.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: HP0525, HPY1846_06315 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6VRM0

-
非ポリマー , 5種, 26分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-DN7 / 4-[(pyridin-2-yl)oxy]benzoic acid


分子量: 215.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H9NO3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M Bis Tris-HCl pH 6.5, 2.0 M ammonium sulfate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→115.44 Å / Num. obs: 18083 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 5.2 % / Rpim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Num. unique obs: 1737

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G6O

1g6o


解像度: 2.9→38.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 15.782 / SU ML: 0.312 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.47 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2803 910 5 %RANDOM
Rwork0.22312 ---
obs0.22609 17174 91.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 45.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→38.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5141 0 63 18 5222
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0145299
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174788
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.461.6637133
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8561.64911233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.635644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.1622.975279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.56715966
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5251529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2713
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025872
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02991
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0344.5562580
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0324.5562580
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8426.8313222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.8426.8323223
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1594.8282719
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1544.8282719
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1217.1163912
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.39553.15728
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.38853.1155727
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS数: 2560 / タイプ: tight thermal / Rms dev position: 3.57 Å / Weight position: 0.5
LS精密化 シェル解像度: 2.904→2.979 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 66 -
Rwork0.316 1194 -
obs--89.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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