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- PDB-6bgd: The crystal structure of the W145A variant of TpMglB-2 (Tp0684) w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bgd
タイトルThe crystal structure of the W145A variant of TpMglB-2 (Tp0684) with bound ligand
要素Glucose/galactose-binding lipoprotein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / glucose / syphilis
機能・相同性
機能・相同性情報


outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MglB-2, periplasmic binding protein domain / Periplasmic binding protein domain / : / Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glucose/galactose-binding lipoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Brautigam, C.A. / Norgard, M.V. / Deka, R.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI056305 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: Crystal structures of MglB-2 (TP0684), a topologically variant d-glucose-binding protein from Treponema pallidum, reveal a ligand-induced conformational change.
著者: Brautigam, C.A. / Deka, R.K. / Liu, W.Z. / Norgard, M.V.
履歴
登録2017年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年2月15日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / struct
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title
改定 1.62023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucose/galactose-binding lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,96612
ポリマ－40,3051
非ポリマー66111
水7,080393
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, Sedimentation velocity analytical ultracentrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.834, 110.199, 89.304
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-805-

HOH

21A-883-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glucose/galactose-binding lipoprotein


分子量: 40304.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Treponema pallidum (strain Nichols) (梅毒トレポネーマ)
株: Nichols / 遺伝子: mglB, tpp38, TP_0684 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08255
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Na citrate 20% (w/v) PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→37.9 Å / Num. obs: 60862 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 4.4 % / Net I/σ(I): 19.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JX2

5jx2


解像度: 1.47→37.9 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 12.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1439 3082 5.06 %
Rwork0.1139 --
obs0.1154 60850 96.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→37.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2800 0 41 393 3234
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092991
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2644049
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5561092
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078442
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006542
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4743-1.49730.20381390.1352407X-RAY DIFFRACTION90
1.4973-1.52190.21411330.11782558X-RAY DIFFRACTION94
1.5219-1.54810.16211390.11562590X-RAY DIFFRACTION96
1.5481-1.57630.14911360.10912615X-RAY DIFFRACTION96
1.5763-1.60660.15331240.10332595X-RAY DIFFRACTION96
1.6066-1.63940.14761220.10282648X-RAY DIFFRACTION97
1.6394-1.6750.16051570.09772572X-RAY DIFFRACTION95
1.675-1.7140.14151470.09532541X-RAY DIFFRACTION94
1.714-1.75690.14531390.09262610X-RAY DIFFRACTION97
1.7569-1.80440.15041450.09262660X-RAY DIFFRACTION98
1.8044-1.85750.14381230.09222655X-RAY DIFFRACTION97
1.8575-1.91740.14671560.08862627X-RAY DIFFRACTION97
1.9174-1.98590.13661400.09622609X-RAY DIFFRACTION96
1.9859-2.06540.13591160.09962597X-RAY DIFFRACTION95
2.0654-2.15940.15111130.10812694X-RAY DIFFRACTION98
2.1594-2.27330.13991630.10412637X-RAY DIFFRACTION98
2.2733-2.41570.14451470.10342661X-RAY DIFFRACTION97
2.4157-2.60210.13121580.11342567X-RAY DIFFRACTION94
2.6021-2.86390.14451680.12212696X-RAY DIFFRACTION99
2.8639-3.27810.12581500.12492718X-RAY DIFFRACTION99
3.2781-4.12930.15321300.12282704X-RAY DIFFRACTION96
4.1293-37.92950.13491370.14362807X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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