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- PDB-6bgc: The crystal structure of the W145A variant of TpMglB-2 (Tp0684) w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bgc
タイトルThe crystal structure of the W145A variant of TpMglB-2 (Tp0684) with bound glucose
要素Glucose/galactose-binding lipoprotein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / glucose / syphilis
機能・相同性
機能・相同性情報


outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MglB-2, periplasmic binding protein domain / Periplasmic binding protein domain / : / Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / Glucose/galactose-binding lipoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.082 Å
データ登録者Brautigam, C.A. / Norgard, M.V. / Deka, R.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI056305 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: Crystal structures of MglB-2 (TP0684), a topologically variant d-glucose-binding protein from Treponema pallidum, reveal a ligand-induced conformational change.
著者: Brautigam, C.A. / Deka, R.K. / Liu, W.Z. / Norgard, M.V.
履歴
登録2017年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucose/galactose-binding lipoprotein
B: Glucose/galactose-binding lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,8898
ポリマ－83,3252
非ポリマー5656
水3,837213
1
A: Glucose/galactose-binding lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9454
ポリマ－41,6621
非ポリマー2823
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glucose/galactose-binding lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9454
ポリマ－41,6621
非ポリマー2823
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.257, 61.592, 70.350
Angle α, β, γ (deg.)80.22, 77.58, 72.72
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Glucose/galactose-binding lipoprotein


分子量: 41662.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Treponema pallidum (strain Nichols) (梅毒トレポネーマ)
株: Nichols / 遺伝子: mglB, tpp38, TP_0684 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08255
#2: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM MES pH 6.0 200 mM NaCl 20% (w/v) PEG 6,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→39.73 Å / Num. obs: 36146 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 2.5 % / Net I/σ(I): 9.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JX2

5jx2


解像度: 2.082→39.728 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 22.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2199 1795 4.97 %
Rwork0.1803 --
obs0.1823 36128 91.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.082→39.728 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5517 0 34 213 5764
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035655
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6987660
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4352039
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027860
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031009
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0816-2.13780.2381150.22522576X-RAY DIFFRACTION90
2.1378-2.20070.24441400.21412648X-RAY DIFFRACTION92
2.2007-2.27180.28771340.21472553X-RAY DIFFRACTION88
2.2718-2.35290.24691440.20962641X-RAY DIFFRACTION90
2.3529-2.44710.27771320.20732643X-RAY DIFFRACTION94
2.4471-2.55850.25851230.19452723X-RAY DIFFRACTION93
2.5585-2.69340.21221370.19742619X-RAY DIFFRACTION92
2.6934-2.86210.23281540.19762529X-RAY DIFFRACTION89
2.8621-3.0830.24271540.19652736X-RAY DIFFRACTION95
3.083-3.39310.23671560.18512683X-RAY DIFFRACTION94
3.3931-3.88370.21321350.16792630X-RAY DIFFRACTION91
3.8837-4.89160.16551370.13712709X-RAY DIFFRACTION94
4.8916-39.73530.18111340.15842643X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7242-0.5926-0.66211.4456-0.5641.7078-0.0219-0.08630.02940.329-0.0688-0.0987-0.01650.16490.07220.169-0.0286-0.06210.22540.00730.1621-12.349124.8838-85.1049
21.2786-0.2446-0.31921.63740.24271.8797-0.1347-0.2122-0.23070.2866-0.0448-0.18180.21020.38430.1670.27350.01990.00260.29340.02010.222-11.530913.2929-78.1916
31.2318-0.4143-0.07312.1927-0.66741.4487-0.24440.0472-0.33150.0447-0.00850.09040.65090.1520.24710.41810.03860.10550.2431-0.00350.2737-12.50015.6854-89.2067
41.34390.4989-0.68522.4997-0.51721.28930.10390.17880.1902-0.11320.05560.2966-0.1071-0.143-0.11870.1860.006-0.00980.24960.01630.1889-19.752934.8835-95.3677
50.327-0.32770.05231.5119-0.33450.99890.0750.15150.0148-0.4106-0.0520.16130.0727-0.1148-0.05240.26310.0237-0.0230.28450.0160.2437-18.011327.9995-100.595
61.038-0.0644-0.45192.5003-0.42721.36480.20270.08630.1063-0.4934-0.2928-0.65410.00710.28730.04010.2560.01180.07940.30010.08330.3224-2.519134.9068-101.1126
70.70660.08160.12921.55540.66311.0114-0.0548-0.0385-0.12180.2364-0.13260.340.3308-0.06340.17720.2488-0.02470.05460.1907-0.00730.225-23.131640.1839-54.4527
80.8435-0.2722-0.24092.0840.0271.11410.02430.06580.0086-0.0345-0.12550.1924-0.0438-0.11190.08670.13150.0066-0.00940.21-0.0120.1836-23.829966.3796-53.2009
90.3748-0.6311-0.09042.04641.02490.6928-0.0354-0.00760.01820.38630.0631-0.21610.25710.1137-0.00480.24590.0338-0.05070.2411-0.02070.2173-9.537946.1352-53.9026
100.7868-0.1851-0.26711.90090.75351.36420.01780.0577-0.0097-0.1644-0.10850.1420.1056-0.10640.07950.23010.00940.00360.2229-0.00420.1867-17.846537.5081-67.8883
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 89 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 90 through 146 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 147 through 197 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 198 through 270 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 271 through 317 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 318 through 377 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 6 through 64 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 65 through 181 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 182 through 292 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 293 through 377 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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