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- PDB-6bg8: Shewanella frigidimarina ice-binding protein_1 DUF3494 Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bg8
タイトルShewanella frigidimarina ice-binding protein_1 DUF3494 Domain
要素Ig domain protein, group 2 domain protein
キーワードANTIFREEZE PROTEIN / Ice Adhesin / DUF3494 Domain / C-terminal Domain
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Ice-binding protein / Ice-binding-like / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Bacterial Ig-like domain 2 / Bacterial Ig-like domain, group 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Ice-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella frigidimarina (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59712947109 Å
データ登録者Vance, T.D.R. / Davies, P.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)353755 カナダ
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: An ice-binding and tandem beta-sandwich domain-containing protein in Shewanella frigidimarina is a potential new type of ice adhesin.
著者: Vance, T.D.R. / Graham, L.A. / Davies, P.L.
履歴
登録2017年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02019年2月20日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues
改定 2.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ig domain protein, group 2 domain protein
B: Ig domain protein, group 2 domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,53213
ポリマ－51,6152
非ポリマー91711
水13,980776
1
A: Ig domain protein, group 2 domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2547
ポリマ－25,8081
非ポリマー4466
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ig domain protein, group 2 domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2796
ポリマ－25,8081
非ポリマー4715
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Ig domain protein, group 2 domain protein
ヘテロ分子

B: Ig domain protein, group 2 domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,53213
ポリマ－51,6152
非ポリマー91711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area18660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.288, 80.278, 72.736
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.519, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ig domain protein, group 2 domain protein


分子量: 25807.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Density for C-terminal His tag was too unreliable to model.
由来: (組換発現) Shewanella frigidimarina (strain NCIMB 400) (バクテリア)
株: NCIMB 400 / 遺伝子: Sfri_1018 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q086E4

-
非ポリマー , 5種, 787分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 776 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.88 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 2.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M citric acid (pH 5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 101.2 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.597→42.67334 Å / Num. obs: 64562 / % possible obs: 99.14 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 8.72197289856 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.1775 / Net I/σ(I): 5.94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Phyre2 Model

解像度: 1.59712947109→42.6733383803 Å / SU ML: 0.181687045676 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34762305288 / 位相誤差: 25.3923917528
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216840600662 2010 3.11768081773 %
Rwork0.184375182423 --
obs0.185402565195 64471 99.1388722302 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 11.6712645205 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59712947109→42.6733383803 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3497 0 51 776 4324
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005318648851993673
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8345231307425039
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0562346199529593
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00502863734331664
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.611962954862840
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5971-1.63710.3290714552781290.3179651938134178X-RAY DIFFRACTION92.0889459055
1.6371-1.68130.2970702809741480.2799386028014424X-RAY DIFFRACTION99.7382198953
1.6813-1.73080.290057782291450.2469090161124478X-RAY DIFFRACTION99.6336206897
1.7308-1.78670.2482832784491430.2361115949724475X-RAY DIFFRACTION99.7408207343
1.7867-1.85050.2178250249841480.2146689397564461X-RAY DIFFRACTION99.7403159489
1.8505-1.92460.2639546290081430.2038041316024471X-RAY DIFFRACTION99.41822883
1.9246-2.01220.2075913102971430.1860794017254479X-RAY DIFFRACTION99.741044454
2.0122-2.11830.2305921344121420.1789673289964454X-RAY DIFFRACTION99.6314762627
2.1183-2.2510.2095054742431420.1753199449154469X-RAY DIFFRACTION99.7188581315
2.251-2.42480.2160684062131450.1677188213294511X-RAY DIFFRACTION99.807073955
2.4248-2.66880.2248832375711480.1735254164074474X-RAY DIFFRACTION99.8272138229
2.6688-3.05490.2119543232731430.1610820901024503X-RAY DIFFRACTION99.7637964355
3.0549-3.84840.1584421012131410.1475094101354517X-RAY DIFFRACTION99.8285469353
3.8484-42.68860.1809094666641500.1503231883324567X-RAY DIFFRACTION99.3261739314

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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