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万見
- PDB-4y5o: CCM2 HHD in complex with MEKK3 NPB1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y5o
タイトルCCM2 HHD in complex with MEKK3 NPB1
要素
  • Malcavernin
  • Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3
キーワードTRANSFERASE / Complex / kinase / scaffold
機能・相同性
機能・相同性情報


endothelial cell development / venous blood vessel morphogenesis / blood vessel endothelial cell differentiation / pericardium development / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / endothelium development / endothelial tube morphogenesis / cell-cell junction organization / JUN kinase kinase kinase activity / positive regulation of p38MAPK cascade ...endothelial cell development / venous blood vessel morphogenesis / blood vessel endothelial cell differentiation / pericardium development / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / endothelium development / endothelial tube morphogenesis / cell-cell junction organization / JUN kinase kinase kinase activity / positive regulation of p38MAPK cascade / blood vessel development / inner ear development / MAP kinase kinase kinase activity / regulation of angiogenesis / vasculogenesis / stress-activated MAPK cascade / integrin-mediated signaling pathway / multicellular organism growth / Interleukin-1 signaling / MAPK cascade / heart development / protein autophosphorylation / in utero embryonic development / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein-containing complex / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cerebral cavernous malformations 2 / Cerebral cavernous malformations 2, harmonin-homology domain / Cerebral cavernous malformation protein, harmonin-homology / Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat) - #20 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 2/3, PB1 domain / Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat) / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : ...Cerebral cavernous malformations 2 / Cerebral cavernous malformations 2, harmonin-homology domain / Cerebral cavernous malformation protein, harmonin-homology / Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat) - #20 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 2/3, PB1 domain / Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat) / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / PTB/PI domain / PH-like domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3 / Cerebral cavernous malformations 2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Fisher, O.S. / Boggon, T.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM007324 米国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structure and vascular function of MEKK3-cerebral cavernous malformations 2 complex.
著者: Fisher, O.S. / Deng, H. / Liu, D. / Zhang, Y. / Wei, R. / Deng, Y. / Zhang, F. / Louvi, A. / Turk, B.E. / Boggon, T.J. / Su, B.
履歴
登録2015年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Refinement description
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malcavernin
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8432
ポリマ－25,8432
非ポリマー00
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area10150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.310, 45.349, 61.533
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.950, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Malcavernin / Cerebral cavernous malformations 2 protein


分子量: 11162.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCM2, C7orf22, PP10187 / プラスミド: pET32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q9BSQ5
#2: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3 / MAPK/ERK kinase kinase 3 / MEKK 3


分子量: 14680.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K3, MAPKKK3, MEKK3 / プラスミド: pCDF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q99759, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M potassium phosphate and 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97914 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 10025 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 23.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Χ2: 1.042 / Net I/av σ(I): 13.256 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 57461
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.35-2.435.50.68810091.03698.7
2.43-2.535.60.4610140.94499.1
2.53-2.655.60.3989941.05999.7
2.65-2.795.80.3510021.13399
2.79-2.965.90.22810211.04799
2.96-3.1960.17610131.07698.9
3.19-3.5160.1449961.07397.3
3.51-4.025.30.1179500.97192.7
4.02-5.065.80.07310030.99595.9
5.06-5060.06210231.07195.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
PHASER位相決定
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FQN, 2O2V

4fqn

2o2v


解像度: 2.35→36.811 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2323 463 4.85 %
Rwork0.2075 9092 -
obs0.2087 9555 94.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 183.49 Å2 / Biso mean: 79.879 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→36.811 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1443 0 0 20 1463
Biso mean---60.69 -
残基数----181
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071473
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0181987
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059229
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003258
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.151556
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.690.32141600.24752870303091
2.69-3.38880.28621560.25963120327698
3.3888-36.81530.19771470.18123102324995
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.141-3.036-6.17042.05643.17069.0120.3819-0.51950.43580.53190.5983-0.436-0.3951.3075-1.20240.4793-0.0283-0.08690.8934-0.13120.85116.1405-13.8073-15.6813
23.7589-5.3498-3.34989.34642.96837.5228-0.3281-1.077-0.29960.0436-0.34160.24370.2483-0.25250.80170.48070.0247-0.00620.6819-0.17820.7251.5109-14.9225-19.6581
34.97092.7866-0.23572.93733.22978.670.3063-2.8221-0.33440.9385-0.762-0.25450.6439-0.06870.42850.83640.0215-0.1031.70050.02530.60172.0976-18.7974-8.2265
42.1744-0.85680.50999.22692.91072.20110.322-0.59821.67-0.2567-0.5508-0.2412-0.8636-0.20870.22880.5233-0.1466-0.09110.6666-0.07620.96438.1194-10.4126-23.699
55.7779-0.03740.43585.1657-0.63324.97860.16880.5929-0.2916-0.15170.4394-0.769-0.1480.8904-0.5860.37960.04570.24430.2577-0.13660.6975-7.5301-14.2964-27.4276
69.4362-0.94182.6964.1989-2.66652.7393-0.1117-0.3908-0.373-0.11750.559-0.12450.50780.1452-0.39980.49520.07610.05530.3549-0.11360.4157-15.4595-19.5868-31.6787
75.8891.70581.32838.5474-2.75473.5832-0.0911-0.90740.28380.5121-0.07030.0715-0.21880.07010.12220.35970.04950.00470.4052-0.17220.4807-13.8608-16.2608-23.1072
84.80583.67760.12939.1274-3.13762.6568-0.0808-0.06380.9248-0.9069-0.00270.1376-1.08030.73140.01960.4604-0.0205-0.00410.36980.01090.6068-9.8632-7.5398-32.4448
92.8312-1.66842.2854.4825-4.28034.147-0.2915-1.257-0.63630.56010.3626-0.7862-0.25780.0862-0.16360.51120.05740.00660.460.0290.6766-9.6663-19.5304-20.7945
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 293 through 309 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 310 through 327 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 328 through 370 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 0 through 15 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 16 through 51 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 52 through 65 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 66 through 96 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 97 through 115 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 116 through 124 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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