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- PDB-6bg5: Structure of 1-(benzo[d][1,3]dioxol-5-ylmethyl)-1-(1-propylpiperi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bg5
タイトルStructure of 1-(benzo[d][1,3]dioxol-5-ylmethyl)-1-(1-propylpiperidin-4-yl)-3-(3-(trifluoromethyl)phenyl)urea bound to DCN1
要素Endolysin, DCN1-like protein 1 chimera
キーワードHYDROLASE / LIGASE/INHIBITOR / E3 Ligase / LIGASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein neddylation / ubiquitin-like protein binding / regulation of protein neddylation / protein neddylation / ubiquitin conjugating enzyme binding / cullin family protein binding / regulation of protein ubiquitination / ubiquitin ligase complex / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process ...positive regulation of protein neddylation / ubiquitin-like protein binding / regulation of protein neddylation / protein neddylation / ubiquitin conjugating enzyme binding / cullin family protein binding / regulation of protein ubiquitination / ubiquitin ligase complex / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / Neddylation / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Potentiating neddylation domain / Defective-in-cullin neddylation protein / DCN1-like, PONY binding domain / Cullin binding / DCUN1 domain profile. / UBA-like domain / UBA-like superfamily / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 ...Potentiating neddylation domain / Defective-in-cullin neddylation protein / DCN1-like, PONY binding domain / Cullin binding / DCUN1 domain profile. / UBA-like domain / UBA-like superfamily / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DQD / Endolysin / DCN1-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Guy, R.K. / Schulman, B.A. / Scott, D.C. / Hammill, J.T.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Piperidinyl Ureas Chemically Control Defective in Cullin Neddylation 1 (DCN1)-Mediated Cullin Neddylation.
著者: Hammill, J.T. / Scott, D.C. / Min, J. / Connelly, M.C. / Holbrook, G. / Zhu, F. / Matheny, A. / Yang, L. / Singh, B. / Schulman, B.A. / Guy, R.K.
履歴
登録2017年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endolysin, DCN1-like protein 1 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7712
ポリマ－44,3071
非ポリマー4631
水12,466692
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.944, 96.763, 59.279
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.610, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Endolysin, DCN1-like protein 1 chimera / DCUN1 domain-containing protein 1 / Defective in cullin neddylation protein 1-like protein 1 / ...DCUN1 domain-containing protein 1 / Defective in cullin neddylation protein 1-like protein 1 / Squamous cell carcinoma-related oncogene / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 44307.352 Da / 分子数: 1 / 断片: PONY / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: E, DCUN1D1, DCUN1L1, RP42, SCCRO / プラスミド: pRSF DUET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00720, UniProt: Q96GG9, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-DQD / N-[(2H-1,3-benzodioxol-5-yl)methyl]-N-(1-propylpiperidin-4-yl)-N'-[3-(trifluoromethyl)phenyl]urea


分子量: 463.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H28F3N3O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 692 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.98 % / Mosaicity: 0.293 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 6% PEG3350, 0.2M NH4Br

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→50 Å / Num. obs: 141508 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.045 / Χ2: 0.757 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.11-1.143.20.29189230.8880.1890.3480.54589.6
1.14-1.163.40.24191310.9170.1530.2860.58892
1.16-1.23.30.19892110.9420.1270.2360.6193
1.2-1.233.10.16992130.9470.1120.2030.64393.1
1.23-1.273.40.14793020.9670.0930.1740.65893.7
1.27-1.323.40.12593430.9740.0790.1480.65794.3
1.32-1.373.30.10793920.980.0680.1270.65294.7
1.37-1.433.10.0994040.9840.0590.1080.67594.6
1.43-1.513.50.07694710.9890.0480.090.70295.4
1.51-1.63.40.06495860.9920.040.0750.71696.3
1.6-1.723.30.05595480.9930.0350.0650.77496.3
1.72-1.93.50.04696100.9960.0280.0540.85496.6
1.9-2.173.50.03897650.9970.0240.0451.03697.8
2.17-2.743.30.02997200.9980.0190.0351.02297.4
2.74-503.50.03298890.9940.020.0381.198.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2LZM, 3TDU

2lzm

3tdu


解像度: 1.1→49.172 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 15.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1723 7054 4.99 %
Rwork0.1456 --
obs0.1469 141464 94.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 68.12 Å2 / Biso mean: 20.177 Å2 / Biso min: 7.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.1→49.172 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2959 0 33 692 3684
Biso mean--14.76 32.63 -
残基数----366
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113134
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3724251
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008552
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7951216
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.1088-1.12140.21982060.20433821402781
1.1214-1.13460.19281970.17654277447490
1.1346-1.14840.2042250.16254325455092
1.1484-1.1630.18922830.15314328461192
1.163-1.17830.15212380.14744364460293
1.1783-1.19440.1632170.13954391460893
1.1944-1.21150.16862380.14014426466493
1.2115-1.22960.18772220.14114376459893
1.2296-1.24880.17032190.14084473469294
1.2488-1.26930.15932340.13814394462894
1.2693-1.29120.15412310.13694481471294
1.2912-1.31460.16952330.13694461469494
1.3146-1.33990.18282180.13734519473795
1.3399-1.36730.17792630.13784394465795
1.3673-1.3970.16892390.13944505474495
1.397-1.42950.17012310.14324457468895
1.4295-1.46530.16732420.14134523476595
1.4653-1.50490.17992170.13724525474296
1.5049-1.54920.18052610.13564522478396
1.5492-1.59920.15612290.13384596482596
1.5992-1.65630.15782070.13644578478596
1.6563-1.72260.16512470.14474564481196
1.7226-1.8010.162460.14634507475396
1.801-1.8960.17672500.14674618486898
1.896-2.01480.16672390.14574654489398
2.0148-2.17040.15622570.13734636489398
2.1704-2.38880.15892400.14194659489998
2.3888-2.73440.17552240.15034625484997
2.7344-3.44490.18152460.14854733497999
3.4449-49.22030.18252550.15264678493397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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