PDB-6bde: Crystal structure of Fe(II) unliganded H-NOX protein mutant A71G ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bde

タイトル

Crystal structure of Fe(II) unliganded H-NOX protein mutant A71G from K. algicida

要素

2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Nitric oxide signaling / heme nitric oxide/oxygen sensing protein

機能・相同性

Heme NO-binding / H-NOX domain superfamily / Haem-NO-binding / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / heme binding / metal ion binding / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase

機能・相同性情報

生物種

Kordia algicida OT-1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.641 Å

データ登録者

Bruegger, J.J. / Hespen, C.W. / Marletta, M.A.

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Native Alanine Substitution in the Glycine Hinge Modulates Conformational Flexibility of Heme Nitric Oxide/Oxygen (H-NOX) Sensing Proteins.
著者: Hespen, C.W. / Bruegger, J.J. / Guo, Y. / Marletta, M.A.

履歴

登録	2017年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bde.cif.gz	99.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bde.ent.gz	74 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bde.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/6bde ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/6bde	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6bddSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mx5-d 2mim-d 1j5n-d 6dxi-d 1mk2-d 6bdd-d 4n2o-3 4u9k-2 3eap-2 4u9g-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase

ヘテロ分子

21.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.794, 56.730, 68.753
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase 分子量: 21270.156 Da / 分子数: 1 / 変異: A71G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Kordia algicida OT-1 (バクテリア) 遺伝子: KAOT1_17313 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9DSJ8
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.01 % / 解説: Rod
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 0.3 M LiCl, 34% PEG 6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.977 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.64→50 Å / Num. obs: 23704 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.2 % / B_iso Wilson estimate: 31 Å² / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.085 / Χ²: 1.009 / Net I/σ(I): 14.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.64-1.68	8.3	0.53	1133	0.95	0.186	0.564	0.948	96.3
1.68-1.71	9.8	0.501	1158	0.955	0.167	0.53	1.01	99.8
1.71-1.74	11.3	0.479	1178	0.969	0.148	0.502	1.005	100
1.74-1.78	12	0.41	1149	0.974	0.124	0.428	1.051	100
1.78-1.82	12.1	0.34	1193	0.983	0.103	0.356	1.015	99.9
1.82-1.86	12.2	0.29	1147	0.988	0.087	0.303	1.011	100
1.86-1.9	12.3	0.234	1180	0.992	0.069	0.244	1.013	99.9
1.9-1.96	12.7	0.203	1190	0.991	0.059	0.212	1.014	100
1.96-2.01	12.9	0.175	1163	0.993	0.05	0.182	1.008	100
2.01-2.08	13.2	0.156	1178	0.993	0.044	0.162	1.042	99.8
2.08-2.15	12.9	0.141	1174	0.995	0.041	0.147	1.007	100
2.15-2.24	12.5	0.129	1183	0.995	0.038	0.134	0.955	100
2.24-2.34	12.9	0.118	1192	0.993	0.034	0.123	1.005	99.9
2.34-2.46	12.8	0.111	1175	0.996	0.032	0.116	0.96	100
2.46-2.62	13.3	0.101	1206	0.995	0.029	0.105	1.052	100
2.62-2.82	12.9	0.094	1194	0.997	0.027	0.098	1.038	100
2.82-3.11	12.4	0.089	1196	0.996	0.026	0.093	1.011	99.7
3.11-3.55	12.9	0.08	1213	0.996	0.023	0.083	1.031	99.4
3.55-4.48	12	0.074	1198	0.996	0.022	0.077	1.042	96.9
4.48-50	11.7	0.067	1304	0.997	0.021	0.07	0.942	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6BDD

6bdd

解像度: 1.641→39.791 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.54

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2362	1183	5.01 %
R_work	0.2103	-	-
obs	0.2117	23631	98.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 110.22 Å² / B_iso mean: 47.4573 Å² / B_iso min: 24.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.641→39.791 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1495	0	43	126	1664
B_iso mean	-	-	35.95	52.05	-
残基数	-	-	-	-	185

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1575
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.816	2139
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	235
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	267
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.256	933

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6412-1.7159	0.3573	146	0.2864	2539	2685	91
1.7159-1.8064	0.2861	135	0.2649	2789	2924	100
1.8064-1.9196	0.3101	142	0.2534	2821	2963	100
1.9196-2.0678	0.2746	151	0.2333	2797	2948	100
2.0678-2.2758	0.2319	154	0.2276	2832	2986	100
2.2758-2.6051	0.2463	127	0.2257	2865	2992	100
2.6051-3.2819	0.2793	163	0.2304	2861	3024	100
3.2819-39.8031	0.2	165	0.1821	2944	3109	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 2.6513 Å / Origin y: -6.7623 Å / Origin z: -1.8656 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2267 Å²	-0.0257 Å²	-0.048 Å²	-	0.2843 Å²	0.0248 Å²	-	-	0.2305 Å²
L	4.3661 °²	-0.0623 °²	0.1251 °²	-	1.7139 °²	0.2128 °²	-	-	2.4037 °²
S	-0.1545 Å °	0.3779 Å °	0.2852 Å °	-0.0619 Å °	-0.074 Å °	0.1034 Å °	-0.1507 Å °	0.016 Å °	0.1907 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 185
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	186
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 139

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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