PDB-6bdd: Crystal structure of Fe(II) unliganded H-NOX protein from K. algicida

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bdd

タイトル

Crystal structure of Fe(II) unliganded H-NOX protein from K. algicida

要素

2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Nitric oxide signaling / heme nitric oxide/oxygen sensing protein

機能・相同性

Heme NO-binding / H-NOX domain superfamily / Haem-NO-binding / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / heme binding / metal ion binding / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase

機能・相同性情報

生物種

Kordia algicida OT-1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.901 Å

データ登録者

Bruegger, J.J. / Hespen, C.W. / Marletta, M.A.

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Native Alanine Substitution in the Glycine Hinge Modulates Conformational Flexibility of Heme Nitric Oxide/Oxygen (H-NOX) Sensing Proteins.
著者: Hespen, C.W. / Bruegger, J.J. / Guo, Y. / Marletta, M.A.

履歴

登録	2017年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bdd.cif.gz	97.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bdd.ent.gz	72.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bdd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/6bdd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/6bdd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6bdeC 4u99S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4u99-1 6vop-d 1z4n-2 4c25-d 6d0b-2 6rxq-2 6rxr-2 4u9k-2 4u9g-1 4u9k-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase

ヘテロ分子

21.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.966, 57.613, 68.796
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase 分子量: 21284.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Kordia algicida OT-1 (バクテリア) 遺伝子: KAOT1_17313 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9DSJ8
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.04 % / 解説: Rods
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 0.3 M LiCl, 34% (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→44.17 Å / Num. obs: 15750 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 34.58 Å² / CC_1/2: 0.616 / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.78
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / R_merge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2.41 / Num. unique obs: 692 / % possible all: 91.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BOS		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4U99

4u99

解像度: 1.901→44.17 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.88

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2421	807	5.14 %
R_work	0.1927	-	-
obs	0.1951	15708	99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 114.36 Å² / B_iso mean: 42.7677 Å² / B_iso min: 19.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.901→44.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1496	0	43	129	1668
B_iso mean	-	-	31.9	47.61	-
残基数	-	-	-	-	185

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	1576
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.648	2141
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	236
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.001	267
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.021	925

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9012-2.0204	0.3453	108	0.2565	2342	2450	95
2.0204-2.1764	0.2447	146	0.2213	2438	2584	100
2.1764-2.3954	0.294	162	0.2136	2448	2610	100
2.3954-2.7419	0.2467	122	0.2039	2502	2624	100
2.7419-3.4543	0.2656	144	0.2123	2514	2658	100
3.4543-44.1819	0.2021	125	0.1669	2657	2782	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 2.795 Å / Origin y: -6.862 Å / Origin z: -2.044 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2298 Å²	-0.0221 Å²	-0.0192 Å²	-	0.2257 Å²	0.0143 Å²	-	-	0.2141 Å²
L	2.7195 °²	-0.0179 °²	-0.1416 °²	-	0.7643 °²	0.0621 °²	-	-	1.3116 °²
S	0.0343 Å °	0.2602 Å °	0.1845 Å °	-0.0083 Å °	-0.1278 Å °	0.0142 Å °	-0.0455 Å °	0.0369 Å °	-0.0023 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 1:185 OR RESID 201:201 OR RESID 301:429 ) )	A	1 - 185
2	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 1:185 OR RESID 201:201 OR RESID 301:429 ) )	A	201
3	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 1:185 OR RESID 201:201 OR RESID 301:429 ) )	A	301 - 429

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関連情報:EMDBヘッダ

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