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万見
- PDB-6bbz: Room temperature neutron/X-ray structure of sisomicin bound AAC-VIa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bbz
タイトルRoom temperature neutron/X-ray structure of sisomicin bound AAC-VIa
要素AAC 3-VI protein
キーワードTRANSFERASE/ANTIBIOTIC / acetyltransferase / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase-like / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to antibiotic / metal ion binding / Chem-SIS / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
機能・相同性情報
生物種Enterobacter cloacae (バクテリア)
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cuneo, M.J. / Kumar, P.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2018
タイトル: A low-barrier hydrogen bond mediates antibiotic resistance in a noncanonical catalytic triad.
著者: Kumar, P. / Serpersu, E.H. / Cuneo, M.J.
履歴
登録2017年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月6日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.22018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AAC 3-VI protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8163
ポリマ－32,3441
非ポリマー4722
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area11880 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)50.822, 86.169, 76.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

MG

21A-517-

HOH

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要素

#1: タンパク質 AAC 3-VI protein / AAC-VIa


分子量: 32344.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア)
遺伝子: aac 3-VI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47030
#2: 化合物 ChemComp-SIS / (1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside / Sisomicin / シソマイシン


分子量: 447.526 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H37N5O7 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.3 M magnesium chloride, 15-17% PEG8000

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12981
22981
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF11.5418
NUCLEAR REACTORORNL Spallation Neutron Source MANDI22.0-4.0
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IV++1IMAGE PLATE2017年7月1日
ORNL ANGER CAMERA2DIFFRACTOMETER2017年7月1日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LAUELneutron2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
221
341
反射

Biso Wilson estimate: 32.2 Å2 / Entry-ID: 6BBZ

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)CC1/2Rmerge(I) obsRpim(I) allRrim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.9-502587499.251.660.9970.0470.0470.067117.2
2.2-15.571586092.23.40.9790.1480.0870.173210.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.972.10.40125250.8390.3130.5111.59497.2
1.97-2.052.40.32125790.8860.2460.4061.66199.5
2.05-2.142.40.24326000.9260.1850.3071.84199.5
2.14-2.252.40.16525450.9630.1250.2081.94499.3
2.25-2.392.40.12726110.9780.0970.1612.21199.4
2.39-2.582.40.08925870.9890.0670.1122.13599.4
2.58-2.842.40.06525680.9920.0490.0812.34399.4
2.84-3.252.40.04526030.9960.0330.0562.29599.6
3.25-4.092.50.03126070.9980.0230.0382.09999.5
4.09-502.40.03126240.9970.0230.0382.33798.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11_2567: ???)精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化

構造決定の手法: 分子置換 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: PDB entry 6BC6

6bc6

/ 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)SU ML交差検証法σ(F)位相誤差
1.9-38.329X-RAY DIFFRACTION0.18140.15030.15191286258674.9799.230.19FREE R-VALUE1.3420.2
2.2-15.433NEUTRON DIFFRACTION0.21990.19760.1987763155124.9292.470.3629.99
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.329 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2023 0 32 126 2181
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134776
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.818351
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4761240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074317
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004919
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0134776
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d0.818351
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4761240
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074317
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.004919
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.97610.26691410.23672661X-RAY DIFFRACTION97
1.9761-2.0660.26161470.21122729X-RAY DIFFRACTION100
2.066-2.17490.21591390.18542725X-RAY DIFFRACTION99
2.1749-2.31120.19941440.172737X-RAY DIFFRACTION99
2.3112-2.48960.23331380.1672727X-RAY DIFFRACTION100
2.4896-2.74010.18871500.16582724X-RAY DIFFRACTION100
2.7401-3.13640.20021350.17682753X-RAY DIFFRACTION100
3.1364-3.95090.17121460.14012752X-RAY DIFFRACTION100
3.9509-38.33640.1431460.1132773X-RAY DIFFRACTION99
2.2001-2.36940.36561490.35962856NEUTRON DIFFRACTION90
2.3694-2.60680.32461440.3072887NEUTRON DIFFRACTION91
2.6068-2.98170.26491540.25573002NEUTRON DIFFRACTION94
2.9817-3.74770.22061590.20393049NEUTRON DIFFRACTION96
3.7477-15.43310.17061570.13792955NEUTRON DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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