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- PDB-6bbt: Structure of the major pilin protein (T-13) from Streptococcus py... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bbt
タイトルStructure of the major pilin protein (T-13) from Streptococcus pyogenes serotype GAS131465
要素Major pilin backbone protein T-antigen, T13
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Trypsin-resistant surface protein Tee13 / Lancefield T-antigen / Serotyping / Pili / Fimbriae Proteins / Streptococcus pyogenes / isopeptide bond.
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Sortase B signal domain, QVPTGV class / Immunoglobulin-like - #3050 / Streptococcal pilin isopeptide linker / Spy0128-like isopeptide containing domain / Streptococcal pilin isopeptide linker superfamily / Collagen-binding surface protein Cna, B-type domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major pilin backbone protein T-antigen / FctA
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Young, P.G. / Baker, E.N. / Moreland, N.J.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Health Research Council (HRC) ニュージーランド
引用ジャーナル: Infect.Immun. / 年: 2019
タイトル: Group AStreptococcusT Antigens Have a Highly Conserved Structure Concealed under a Heterogeneous Surface That Has Implications for Vaccine Design.
著者: Young, P.G. / Raynes, J.M. / Loh, J.M. / Proft, T. / Baker, E.N. / Moreland, N.J.
履歴
登録2017年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major pilin backbone protein T-antigen, T13
B: Major pilin backbone protein T-antigen, T13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3857
ポリマ－62,0852
非ポリマー3005
水7,404411
1
A: Major pilin backbone protein T-antigen, T13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1352
ポリマ－31,0431
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Major pilin backbone protein T-antigen, T13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2505
ポリマ－31,0431
非ポリマー2084
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.772, 114.968, 128.711
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The Tee13 major pilin protein is polymerised end to end into long chains at the cell surface with the aid of a pilin specific sortase. The crystal packing does not resemble this arrangement.

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要素

#1: タンパク質 Major pilin backbone protein T-antigen, T13


分子量: 31042.721 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Isolate from a throat swab from a rheumatic fever patient
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: tee / プラスミド: pProExHta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K11 / 参照: UniProt: A0A096ZHE3, UniProt: A2T8Y3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.71 % / 解説: Small hexagonal plates
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: 20% w/v PEG 6000, 0.2 M MOPS pH 7.3

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月18日
放射モノクロメーター: Double Si with sagittaly bent second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→85.74 Å / Num. obs: 61489 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.9 % / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 14.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3877 / CC1/2: 0.461 / Rpim(I) all: 0.762 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.2 Å48 Å
Translation2.2 Å48 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3B2M

3b2m


解像度: 1.9→85.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 3.936 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23577 3052 5 %RANDOM
Rwork0.2036 ---
obs0.20519 58361 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.679 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.87 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.88 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→85.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4078 0 15 411 4504
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.024257
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4261.9665748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.12739299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.495543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.9826.19168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.61215763
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.285156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2681
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024757
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02865
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6512.842181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6492.8382180
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7324.2242721
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7324.2252722
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0012.9432076
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9992.9432076
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2914.3353028
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.61422.2254697
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.61322.2264697
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 229 -
Rwork0.312 4238 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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