PDB-6bb7: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bb7

タイトル

Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with 3-methyl-1,2-dihydropyridin-2-one

要素

Purine nucleoside phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE/INHIBITOR / Purine Nucleoside Phosphorylase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

guanosine phosphorylase activity / nucleoside metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.44 Å

データ登録者

Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with 3-methylpyridin-1-ium-2-olate
著者: Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

履歴

登録	2017年10月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bb7.cif.gz	175 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bb7.ent.gz	141.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bb7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6bb7_validation.pdf.gz	441.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bb7_full_validation.pdf.gz	441.6 KB	表示
XML形式データ	6bb7_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	6bb7_validation.cif.gz	21.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/6bb7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/6bb7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cxqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6axa-1 6bhb-1 6b7i-1 6bi1-1 6b4q-1 5cxs-1 5tbu-1 5ko5-1 6b6k-1 6b56-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

31.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
95.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.110, 100.110, 100.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-566- HOH

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase / Inosine-guanosine phosphorylase 分子量: 31435.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) プラスミド: pOPINS3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0U3AGT1, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-D4V / 3-methylpyridin-2-ol / (R)-N-[2-[1-(AMINOIMINOMETHYL)-3-PIPERIDINYL]-1-OXOETHYL]-4-(PHENYLETHYNYL)-L-PHENYLALANINE METHYL ESTER / 3-メチル-2(1H)-ピリドン分子量: 109.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₇NO
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.75 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium Acetate , 0.1 M Bis-Tris, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.44→50.06 Å / Num. obs: 60595 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.2 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 1.44→1.48 Å / 冗長度: 9.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4441 / CC_1/2: 0.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
xia2		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CXQ

5cxq

解像度: 1.44→50.055 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.71 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1771	2983	4.93 %
R_work	0.1662	-	-
obs	0.1667	60554	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.44→50.055 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2137	0	24	233	2394

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2203
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.056	2985
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.94	810
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	348
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	385

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.44-1.4636	0.3318	146	0.2927	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4636-1.4889	0.2912	144	0.2671	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4889-1.5159	0.2836	142	0.2548	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5159-1.5451	0.2891	134	0.221	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5451-1.5766	0.2186	149	0.2065	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5766-1.6109	0.2027	123	0.1904	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6109-1.6484	0.2024	152	0.1874	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6484-1.6896	0.2084	123	0.1795	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6896-1.7353	0.1879	155	0.184	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7353-1.7864	0.1823	169	0.1724	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7864-1.844	0.1841	126	0.1591	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
1.844-1.91	0.1662	184	0.1548	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.9864	0.1747	132	0.1595	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9864-2.0768	0.178	140	0.1595	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0768-2.1863	0.186	143	0.1576	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1863-2.3233	0.1712	154	0.1548	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3233-2.5027	0.1731	120	0.1519	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5027-2.7545	0.1808	132	0.1622	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7545-3.1531	0.1747	136	0.1633	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1531-3.9723	0.1796	155	0.161	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9723-50.0852	0.1414	124	0.1621	2926	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8757	4.333	1.3872	8.6227	2.4112	3.0347	0.0106	0.1534	-1.0566	0.2092	0.1681	-0.5124	0.8467	0.3313	-0.2009	0.31	0.0359	0.0212	0.1789	-0.051	0.4251	27.6346	11.8168	53.0554
2	2.5318	0.1248	1.5671	1.2186	-0.3834	4.1504	0.1111	0.0575	-0.5207	-0.0614	0.0307	-0.0064	0.6249	-0.266	-0.1301	0.3585	-0.0755	0.0378	0.1899	-0.0451	0.3859	13.1219	9.4558	49.5339
3	6.3622	-4.0788	-7.0789	2.8222	4.8487	8.516	0.0136	0.2003	-0.4261	-0.0574	-0.1633	0.1114	0.0461	-0.2838	0.1308	0.1991	-0.016	0.0273	0.1279	0.0003	0.204	16.8717	20.7966	55.5378
4	4.43	-3.5011	-1.7092	4.953	1.9103	2.9409	0.073	0.2622	0.0921	-0.3215	-0.1035	0.2067	-0.0502	-0.3093	0.0329	0.1876	-0.0545	-0.0329	0.1867	0.0038	0.1403	1.7318	26.2747	44.2405
5	1.4431	0.3057	0.0529	0.9306	0.3648	0.6798	-0.0542	0.2089	0.0218	-0.1925	0.0029	0.1	0.0113	-0.156	0.0528	0.1975	-0.0315	-0.0035	0.1955	0.0002	0.1435	6.1871	30.5647	47.2124
6	4.6398	-0.8458	-3.6825	2.4629	2.3121	7.5984	-0.1725	0.2314	-0.3664	0.0152	-0.0246	-0.0281	0.3091	-0.2296	0.2419	0.2958	-0.0911	-0.0481	0.2632	-0.0365	0.2476	-0.733	16.0425	42.3034

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 84 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 85 through 108 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 109 through 130 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 131 through 258 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 259 through 285 )

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