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- PDB-6bal: 2.1 Angstrom Resolution Crystal Structure of Malate Dehydrogenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bal
タイトル2.1 Angstrom Resolution Crystal Structure of Malate Dehydrogenase from Haemophilus influenzae in Complex with L-Malate
要素Malate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Malate Dehydrogenase / L-Malate
機能・相同性
機能・相同性情報


malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / malate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Malate dehydrogenase, type 1, bacterial / Malate dehydrogenase, type 1 / Malate dehydrogenase, active site / Malate dehydrogenase active site signature. / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain ...Malate dehydrogenase, type 1, bacterial / Malate dehydrogenase, type 1 / Malate dehydrogenase, active site / Malate dehydrogenase active site signature. / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-hydroxybutanedioic acid / Malate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Grimshaw, S. / Satchell, K.J.F. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.1 Angstrom Resolution Crystal Structure of Malate Dehydrogenase from Haemophilus influenzae in Complex with L-Malate
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Grimshaw, S. / Satchell, K.J.F. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2017年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Malate dehydrogenase
B: Malate dehydrogenase
C: Malate dehydrogenase
D: Malate dehydrogenase
E: Malate dehydrogenase
F: Malate dehydrogenase
G: Malate dehydrogenase
H: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)283,28426
ポリマ-282,5488
非ポリマー73718
23,0591280
1
A: Malate dehydrogenase
B: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9137
ポリマ-70,6372
非ポリマー2765
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area23530 Å2
手法PISA
2
C: Malate dehydrogenase
D: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8147
ポリマ-70,6372
非ポリマー1775
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area23680 Å2
手法PISA
3
E: Malate dehydrogenase
F: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8147
ポリマ-70,6372
非ポリマー1775
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area24060 Å2
手法PISA
4
G: Malate dehydrogenase
H: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7435
ポリマ-70,6372
非ポリマー1063
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area23790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.108, 78.079, 114.029
Angle α, β, γ (deg.)71.09, 75.44, 68.06
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Malate dehydrogenase


分子量: 35318.438 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (インフルエンザ菌)
: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / 遺伝子: mdh, HI_1210 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P44427, malate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C4H6O5
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1280 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.3 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein: 20.0 mg/ml, 0.3M Sodium chloride, 0.01M HEPES pH 7.5; Screen: 0.2M Ammonium formate, 20% (w/v) PEG3350, 0.25mM DL-Malic acid; Cryo: paratone.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月20日 / 詳細: C(111)
放射モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 126522 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.108 / Rsym value: 0.093 / Χ2: 1.021 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.662 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 6257 / CC1/2: 0.665 / Rpim(I) all: 0.392 / Rrim(I) all: 0.77 / Rsym value: 0.662 / Χ2: 1.019 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HHP
解像度: 2.1→29.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 11.591 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.191 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21869 6277 5 %RANDOM
Rwork0.16958 ---
obs0.17202 120245 97.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.765 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.55 Å2-0.88 Å2-0.44 Å2
2--0.27 Å20.77 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→29.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18305 0 26 1280 19611
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01918733
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0218407
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3591.98925469
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.863342672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.40352516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.69825.104670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.068153174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.6091596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.23087
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0220.02120979
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.020.023373
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2792.42710040
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2792.42710039
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1383.63212564
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1383.63212565
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4532.6178693
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4532.6168690
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.4033.83312904
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.75330.1920784
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.68729.87920558
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 420 -
Rwork0.253 8427 -
obs--93.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.03470.07460.21612.0419-1.13131.37320.0444-0.1556-0.01380.13120.00330.0156-0.1623-0.0052-0.04770.1118-0.0212-0.01430.1061-0.03210.0208-0.1351-12.055751.4842
20.5754-0.08720.66730.2786-0.124620.02190.0029-0.071-0.03160.01940.01280.15380.2114-0.04130.0967-0.025-0.01260.1011-0.01950.0427-1.7041-28.826348.1891
34.6605-1.17110.91061.6454-1.14063.39920.03050.3297-0.2135-0.1530.03920.03240.1329-0.0629-0.06970.1212-0.0468-0.02230.0805-0.03630.0386-15.1916-32.421929.796
41.9453-0.5047-0.97872.44921.21533.02720.03850.0223-0.2265-0.0420.0601-0.2261-0.01570.0163-0.09860.0533-0.02620.00420.035-0.0240.0717-0.9335-22.647435.423
51.00390.24750.09041.02540.84522.03670.021-0.0664-0.2029-0.07230.02720.06390.11420.0109-0.04830.098-0.0289-0.02350.05580.00070.0747-12.2455-36.091246.2245
61.50540.0041-0.44631.0684-0.7251.1143-0.00850.05020.08150.0258-0.0071-0.0096-0.0093-0.00790.01560.0737-0.0169-0.01670.0581-0.02350.02761.2198-7.613829.0299
70.9874-0.268-0.45640.83960.22550.421-0.00850.01310.12280.0006-0.0506-0.0933-0.07020.05630.05910.1286-0.0265-0.02670.10010.00810.12274.11396.631331.8523
82.7038-0.0328-1.60791.6683-1.02333.08070.0354-0.20080.2860.2930.0326-0.0016-0.2409-0.0716-0.06790.2023-0.0157-0.00520.0955-0.08370.0846-1.721614.376251.6056
90.7834-0.4093-0.05421.130.09520.93630.0609-0.05360.19810.118-0.0238-0.0333-0.0687-0.0519-0.03710.109-0.0252-0.01190.0598-0.03030.09121.411911.729737.8798
101.4680.3763-0.42981.2075-0.50960.7690.01630.01650.04220.01260.0150.0598-0.02510.0185-0.03130.0697-0.0146-0.01270.0399-0.02050.02251.615815.8148-23.6707
110.98130.0567-0.22260.55310.22410.5418-0.00540.06760.07250.00230.0110.0112-0.04150.0414-0.00560.0512-0.0069-0.02160.0202-0.00590.03333.943429.5578-19.5221
124.5245-0.6042-1.45941.0719-0.84693.1938-0.1001-0.40360.18120.27920.0696-0.1093-0.11020.13140.03050.1959-0.0021-0.01560.0746-0.06170.0662-1.361934.14931.1475
131.67650.10381.76620.9561-0.6392.5068-0.14330.09930.0884-0.02960.0944-0.0586-0.14960.11830.04880.19150.0006-0.00120.2013-0.10210.20225.148519.683-7.7998
141.4621-0.25980.31030.7880.03571.08020.0633-0.00790.24990.1039-0.03760.1038-0.0702-0.1286-0.02570.1101-0.01270.00460.0544-0.0090.11290.23738.4053-15.3823
150.51710.1275-0.121.614-0.14771.13890.0052-0.03040.00320.03640.0362-0.01520.05960.0635-0.04140.05310.0026-0.00820.0267-0.01470.00931.0224.2344-3.516
160.5099-0.1330.10310.38430.03110.5512-0.045-0.0537-0.03610.02810.0383-0.01880.12090.02510.00670.0945-0.00920.00060.0279-0.01530.0496-4.4321-8.8202-7.1761
173.8074-1.83822.1371.8535-2.42843.5028-0.03440.187-0.277-0.10370.02630.10510.1208-0.02040.00810.092-0.0479-0.01480.0465-0.01090.1012-15.7511-9.3024-25.9495
180.09060.4562-0.05992.4749-0.42221.942-0.01180.0253-0.0622-0.05860.0511-0.17820.00760.065-0.03930.1112-0.0279-0.00790.0967-0.05980.148-1.9281-1.1124-20.2461
191.27250.0570.11690.58070.22891.45790.0541-0.0426-0.1176-0.05190.01420.12120.0994-0.0847-0.06820.112-0.02820.01840.01160.00310.0769-12.735-14.5048-10.1279
201.99030.25670.63970.25260.01741.1704-0.06670.10540.1018-0.03020.0664-0.056-0.09360.06050.00030.0254-0.00790.00060.0238-0.01810.035734.389524.7845-20.1825
211.1005-0.3519-0.11810.71440.16980.2595-0.0470.1829-0.1464-0.0309-0.01510.03020.0508-0.10520.06210.0642-0.01350.00050.0868-0.05380.052431.094811.8592-27.4338
224.7835-1.66330.3061.2376-1.17433.4182-0.13520.0103-0.5940.10510.00530.32710.24650.07690.12990.15050.00650.06710.01040.02280.196437.4547-6.7653-17.7631
231.9213-0.4886-1.43291.0262-0.0472.2351-0.0247-0.1048-0.28460.0685-0.0669-0.06730.02410.20640.09170.0698-0.0078-0.0060.04480.00480.102335.87739.3881-16.6705
241.1843-1.47520.23332.1063-0.54881.65380.08450.1991-0.3706-0.1242-0.1210.25720.1401-0.01460.03650.1773-0.0086-0.01030.1702-0.12870.292932.78530.7891-32.4729
252.97780.2638-0.49381.7980.26112.6481-0.0221-0.1653-0.01330.14620.02890.02140.2304-0.0022-0.00690.03120.00250.00360.02450.00920.006836.003612.834-0.2316
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281.62730.56610.21511.3802-0.16271.15120.1512-0.41320.22530.1755-0.10740.0572-0.0870.0071-0.04380.1033-0.03150.02940.1382-0.0890.064245.094534.03627.122
292.8802-0.076-0.72781.43010.88171.79240.0545-0.28970.10620.16420.00870.13660.0630.0486-0.06320.0849-0.00210.01980.1289-0.02650.034434.8373-5.171456.2419
301.69121.0675-1.00541.5604-1.03211.42290.1528-0.27830.2290.3305-0.10260.1632-0.1221-0.0659-0.05010.151-0.0370.04760.2116-0.12430.081241.46548.252760.7906
315.44350.2661-0.23342.17970.16352.1905-0.03090.03490.59160.0402-0.04580.1097-0.1037-0.04460.07670.0911-0.00670.01850.0618-0.04620.112150.711421.397247.0141
321.7555-1.01862.41082.4335-1.50574.5176-0.0569-0.27790.19690.22370.02290.2638-0.1079-0.29290.03410.03770.00250.03350.0998-0.0970.151736.514510.0646.115
331.55891.32120.05371.9725-0.31051.01110.2278-0.29140.22590.2342-0.1791-0.0017-0.16290.0208-0.04860.2221-0.04340.06010.2198-0.13340.127648.486814.761462.6028
342.7708-0.17211.05631.00370.63791.7189-0.0102-0.03520.1199-0.0010.02970.0608-0.0618-0.0014-0.01950.0106-0.01350.00520.03110.00550.032234.18931.459632.1157
350.8838-0.46610.20211.05170.15680.20830.02940.1088-0.0809-0.04850.0489-0.00210.0139-0.013-0.07830.072-0.015-0.02380.1537-0.01250.064431.4221-11.904526.3817
364.4659-1.4653-0.03951.9475-1.17322.45660.0431-0.196-0.29410.07090.03460.15710.1015-0.0128-0.07770.1144-0.0096-0.03830.0593-0.02060.059737.0565-29.047138.7573
370.57120.36920.54551.72080.45290.9278-0.06370.1153-0.0437-0.05690.14930.40170.0627-0.0696-0.08560.1194-0.03180.00770.15320.03210.196530.2441-12.843741.4904
380.8877-0.5337-0.38541.7426-0.76121.29230.13230.116-0.1991-0.1761-0.0898-0.02160.10130.0526-0.04250.17670.0022-0.05010.1913-0.06650.180735.269-21.363323.5816
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 60
2X-RAY DIFFRACTION2A61 - 167
3X-RAY DIFFRACTION3A168 - 207
4X-RAY DIFFRACTION4A208 - 235
5X-RAY DIFFRACTION5A236 - 311
6X-RAY DIFFRACTION6B-1 - 89
7X-RAY DIFFRACTION7B90 - 167
8X-RAY DIFFRACTION8B168 - 204
9X-RAY DIFFRACTION9B205 - 311
10X-RAY DIFFRACTION10C-1 - 90
11X-RAY DIFFRACTION11C91 - 167
12X-RAY DIFFRACTION12C168 - 207
13X-RAY DIFFRACTION13C208 - 235
14X-RAY DIFFRACTION14C236 - 311
15X-RAY DIFFRACTION15D0 - 90
16X-RAY DIFFRACTION16D91 - 167
17X-RAY DIFFRACTION17D168 - 204
18X-RAY DIFFRACTION18D205 - 235
19X-RAY DIFFRACTION19D236 - 311
20X-RAY DIFFRACTION20E0 - 87
21X-RAY DIFFRACTION21E88 - 167
22X-RAY DIFFRACTION22E168 - 204
23X-RAY DIFFRACTION23E205 - 248
24X-RAY DIFFRACTION24E249 - 311
25X-RAY DIFFRACTION25F-2 - 60
26X-RAY DIFFRACTION26F61 - 172
27X-RAY DIFFRACTION27F173 - 205
28X-RAY DIFFRACTION28F206 - 311
29X-RAY DIFFRACTION29G-1 - 98
30X-RAY DIFFRACTION30G99 - 167
31X-RAY DIFFRACTION31G168 - 207
32X-RAY DIFFRACTION32G208 - 235
33X-RAY DIFFRACTION33G236 - 311
34X-RAY DIFFRACTION34H-1 - 89
35X-RAY DIFFRACTION35H90 - 167
36X-RAY DIFFRACTION36H168 - 206
37X-RAY DIFFRACTION37H207 - 235
38X-RAY DIFFRACTION38H236 - 311

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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