+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6b95 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Multiconformer model of K197C PTP1B tethered to compound 2 at 100 K | ||||||
要素 | Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / protein tyrosine phosphatase / PTP / protein tyrosine phosphatase 1B / PTP1B / enzyme / allostery / multitemperature / multiconformer / tethering / covalent ligand | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 PTK6 Down-Regulation / regulation of hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of receptor catabolic process / peptidyl-tyrosine dephosphorylation involved in inactivation of protein kinase activity / insulin receptor recycling / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / IRE1-mediated unfolded protein response / regulation of intracellular protein transport ...PTK6 Down-Regulation / regulation of hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of receptor catabolic process / peptidyl-tyrosine dephosphorylation involved in inactivation of protein kinase activity / insulin receptor recycling / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / IRE1-mediated unfolded protein response / regulation of intracellular protein transport / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / sorting endosome / mitochondrial crista / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of endocytosis / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / Regulation of IFNA/IFNB signaling / cellular response to unfolded protein / regulation of signal transduction / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of signal transduction / Regulation of IFNG signaling / Growth hormone receptor signaling / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / negative regulation of MAP kinase activity / endoplasmic reticulum unfolded protein response / positive regulation of JUN kinase activity / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / Insulin receptor recycling / protein dephosphorylation / ephrin receptor binding / Integrin signaling / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / protein phosphatase 2A binding / endosome lumen / insulin receptor binding / Negative regulation of MET activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor tyrosine kinase binding / insulin receptor signaling pathway / actin cytoskeleton organization / early endosome / mitochondrial matrix / cadherin binding / protein kinase binding / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Keedy, D.A. / Hill, Z.B. / Biel, J.T. / Kang, E. / Rettenmaier, T.J. / Brandao-Neto, J. / von Delft, F. / Wells, J.A. / Fraser, J.S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2018 タイトル: An expanded allosteric network in PTP1B by multitemperature crystallography, fragment screening, and covalent tethering. 著者: Keedy, D.A. / Hill, Z.B. / Biel, J.T. / Kang, E. / Rettenmaier, T.J. / Brandao-Neto, J. / Pearce, N.M. / von Delft, F. / Wells, J.A. / Fraser, J.S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6b95.cif.gz | 128.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6b95.ent.gz | 101.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6b95.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6b95_validation.pdf.gz | 722.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6b95_full_validation.pdf.gz | 726.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6b95_validation.xml.gz | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6b95_validation.cif.gz | 20.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/6b95 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/6b95 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5qdeC 5qdfC 5qdgC 5qdhC 5qdiC 5qdjC 5qdkC 5qdlC 5qdmC 5qdnC 5qdoC 5qdpC 5qdqC 5qdrC 5qdsC 5qdtC 5qduC 5qdvC 5qdwC 5qdxC 5qdyC 5qdzC 5qe0C 5qe1C 5qe2C 5qe3C 5qe4C 5qe5C 5qe6C 5qe7C 5qe8C 5qe9C 5qeaC 5qebC 5qecC 5qedC 5qeeC 5qefC 5qegC 5qehC 5qeiC 5qejC 5qekC 5qelC 5qemC 5qenC 5qeoC 5qepC 5qeqC 5qerC 5qesC 5qetC 5qeuC 5qevC 5qewC 5qexC 5qeyC 5qezC 5qf0C 5qf1C 5qf2C 5qf3C 5qf4C 5qf5C 5qf6C 5qf7C 5qf8C 5qf9C 5qfaC 5qfbC 5qfcC 5qfdC 5qfeC 5qffC 5qfgC 5qfhC 5qfiC 5qfjC 5qfkC 5qflC 5qfmC 5qfnC 5qfoC 5qfpC 5qfqC 5qfrC 5qfsC 5qftC 5qfuC 5qfvC 5qfwC 5qfxC 5qfyC 5qfzC 5qg0C 5qg1C 5qg2C 5qg3C 5qg4C 5qg5C 5qg6C 5qg7C 5qg8C 5qg9C 5qgaC 5qgbC 5qgcC 5qgdC 5qgeC 5qgfC 6b8eC 6b8tC 6b8xC 6b8zC 6b90C 6baiC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37319.527 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain / 変異: C32S, C92V, K197C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN1, PTP1B / プラスミド: pET24b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P18031, protein-tyrosine-phosphatase |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-TRS / |
#3: 化合物 | ChemComp-D0P / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.71 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: well solution: 0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月2日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.11583 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→43.98 Å / Num. obs: 34580 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.917 % / Biso Wilson estimate: 38.83 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 1.013 / Net I/σ(I): 11.61 / Num. measured all: 170040 / Scaling rejects: 79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→43.98 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.22 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 146.79 Å2 / Biso mean: 54.6943 Å2 / Biso min: 21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→43.98 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
|