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- PDB-6b92: Crystal Structure of the N-terminal domain of human METTL16 in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b92
タイトルCrystal Structure of the N-terminal domain of human METTL16 in complex with SAH
要素U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase-like protein 16 / RNA methylation / N6-methyladenosine / S-adenosylmethionine / S-adenosylhomocysteine
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / snRNA (adenine-N6)-methylation / U6 snRNA m6A methyltransferase / U6 snRNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase activity / U6 snRNA 3'-end binding / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / rRNA base methylation / regulation of mRNA splicing, via spliceosome ...negative regulation of 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / snRNA (adenine-N6)-methylation / U6 snRNA m6A methyltransferase / U6 snRNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase activity / U6 snRNA 3'-end binding / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / rRNA base methylation / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / post-transcriptional regulation of gene expression / mRNA destabilization / mRNA catabolic process / RNA stem-loop binding / mRNA processing / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase METTL16/PsiM / RNA methyltransferase / METTL16/RlmF family / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / RNA N(6)-adenosine-methyltransferase METTL16
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ruszkowska, A. / Ruszkowski, M. / Dauter, Z. / Brown, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00GM111430 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structural insights into the RNA methyltransferase domain of METTL16.
著者: Ruszkowska, A. / Ruszkowski, M. / Dauter, Z. / Brown, J.A.
履歴
登録2017年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _citation.page_first ..._chem_comp.name / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_audit_support / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2506
ポリマ－33,6181
非ポリマー6335
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)190.351, 190.351, 190.351
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number214
Space group name H-MI4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-579-

HOH

21A-580-

HOH

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要素

#1: タンパク質 U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase / Methyltransferase 10 domain-containing protein / Methyltransferase-like protein 16 / N6-adenosine- ...Methyltransferase 10 domain-containing protein / Methyltransferase-like protein 16 / N6-adenosine-methyltransferase METTL16


分子量: 33617.797 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL16, METT10D
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q86W50, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.3 M K2HPO4, 45 mM NaH2PO4; drop contained 4 uL of protein solution (27 mg/mL) and 2 uL of reservoir solution; 0.2 uL of 200 mM SAM solution (buffered in 50 mM Hepes pH7.5) was added to the ...詳細: 1.3 M K2HPO4, 45 mM NaH2PO4; drop contained 4 uL of protein solution (27 mg/mL) and 2 uL of reservoir solution; 0.2 uL of 200 mM SAM solution (buffered in 50 mM Hepes pH7.5) was added to the drop with mature crystals. 25% ethylene glycol was used for cryo-protection

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月25日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 34224 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 17.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 28.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 1.36 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5267 / CC1/2: 0.72 / Rrim(I) all: 1.41 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2h00

2h00


解像度: 2.1→44.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 7.465 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.125
詳細: HYDROGENS WERE ADDED IN THE RIDING POSITIONS FOR REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 1027 3 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.182 33194 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 54.009 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→44.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2113 0 42 181 2336
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.022257
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022174
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6761.9513052
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0162.9975015
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4585270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.47623.654104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.23215407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3631517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2331
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212503
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02516
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2733.7561068
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2583.7551068
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4985.6051339
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4965.6081340
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.844.221189
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8424.2181187
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6066.1281713
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.76631.1092583
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.76431.1182584
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 68 -
Rwork0.363 2197 -
obs--91.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2211.0683-0.2749.01830.26160.4952-0.1736-0.0742-0.0248-0.05340.0983-0.50190.08080.0070.07530.16430.03510.01940.02790.02420.13776.887-2.94837.369
20.2617-0.5677-0.02551.3997-0.12840.368-0.01410.0781-0.02250.047-0.13180.04950.00940.00010.14590.17810.0265-0.03530.0470.02670.143-3.5942.88633.298
31.4484-2.22131.06673.5183-0.77317.6508-0.33490.2213-0.42310.5316-0.40160.7939-0.1613-0.43430.73650.0849-0.04480.12940.1231-0.10890.3414-17.1466.54536.65
40.69030.6511-0.56770.6661-0.44070.9604-0.05470.12250.0756-0.01460.09220.01150.0163-0.0266-0.03760.17580.042-0.02150.11190.10920.1587-4.05721.93124.697
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2A30 - 141
3X-RAY DIFFRACTION3A142 - 161
4X-RAY DIFFRACTION4A162 - 291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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