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- PDB-6b87: Crystal structure of transmembrane protein TMHC2_E -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b87
タイトルCrystal structure of transmembrane protein TMHC2_E
要素TMHC2_E
キーワードMEMBRANE PROTEIN / De novo design / transmembrane protein / helical bundle / dimer
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.947 Å
データ登録者Lu, P. / DiMaio, F. / Min, D. / Wei, K.Y. / Bowie, J. / Baker, D.
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Accurate computational design of multipass transmembrane proteins.
著者: Lu, P. / Min, D. / DiMaio, F. / Wei, K.Y. / Vahey, M.D. / Boyken, S.E. / Chen, Z. / Fallas, J.A. / Ueda, G. / Sheffler, W. / Mulligan, V.K. / Xu, W. / Bowie, J.U. / Baker, D.
履歴
登録2017年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TMHC2_E
B: TMHC2_E
C: TMHC2_E
D: TMHC2_E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1764
ポリマ－53,1764
非ポリマー00
水00
1
A: TMHC2_E

A: TMHC2_E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5882
ポリマ－26,5882
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_858-x+3,y,-z+31
Buried area3970 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area11470 Å2
手法PISA
2
B: TMHC2_E

B: TMHC2_E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5882
ポリマ－26,5882
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_757-x+2,y,-z+21
Buried area3630 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area10040 Å2
手法PISA
3
C: TMHC2_E
D: TMHC2_E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5882
ポリマ－26,5882
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area10930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.485, 121.602, 51.952
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.85, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
TMHC2_E


分子量: 13293.877 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.05 M magnesium acetate tetrahydrate, 0.05 M sodium acetate, pH 5.4, 30% v/v PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月21日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 10899 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル最高解像度: 2.95 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.947→36.942 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 36.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2756 1106 10.17 %
Rwork0.2576 --
obs0.2595 10872 91.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.947→36.942 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3068 0 0 0 3068
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113079
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2574191
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6431119
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069593
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007494
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9466-3.08060.32591000.2932856X-RAY DIFFRACTION64
3.0806-3.24290.326970.28571053X-RAY DIFFRACTION80
3.2429-3.4460.33211580.2871248X-RAY DIFFRACTION94
3.446-3.71180.36861430.25851318X-RAY DIFFRACTION99
3.7118-4.08490.27771440.25421313X-RAY DIFFRACTION100
4.0849-4.6750.23041610.21461326X-RAY DIFFRACTION100
4.675-5.88610.3181530.281306X-RAY DIFFRACTION100
5.8861-36.94440.23811500.25971346X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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