PDB-6b84: Crystal structure of Myotoxin II from Bothrops moojeni

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b84

タイトル

Crystal structure of Myotoxin II from Bothrops moojeni

要素

Basic phospholipase A2 homolog 2

キーワード

TOXIN (毒素) /

Myotoxin II /

Bothrops moojeni /

Phospholipase A2-like (ホスホリパーゼA2)

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonic acid secretion / defense response to fungus / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation /

phospholipid binding /

toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bothrops moojeni (ヘビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.997 Å

データ登録者

Salvador, G.H.M. / dos Santos, J.I. / Fontes, M.R.M.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2018
タイトル: Structural evidence for a fatty acid-independent myotoxic mechanism for a phospholipase A2-like toxin.
著者: Salvador, G.H.M. / Dos Santos, J.I. / Borges, R.J. / Fontes, M.R.M.

履歴

登録	2017年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b84.cif.gz	115.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b84.ent.gz	88.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b84.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/6b84 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/6b84	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6b80C 6b81C 6b83C 4kf3S 4yv5 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3i76-2 1xx5-1 3cjm-d 3a54-2 1u02-d 3uok-1 1xx5-2 5v6d-3 5n48-2 3gib-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (9)

登録構造単位

B: Basic phospholipase A2 homolog 2

A: Basic phospholipase A2 homolog 2

ヘテロ分子

28.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.848, 63.848, 126.366
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-310- HOH
2	1	B-346- HOH
3	1	A-354- HOH

#1: タンパク質	Basic phospholipase A2 homolog 2 / svPLA2 homolog / M-VI / MjTX-II / Myotoxin II 分子量: 13912.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bothrops moojeni (ヘビ) / 器官: Venom gland / 参照: UniProt: Q9I834
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.97 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 30% PEG4000, 0.1 M Tris HCl, 0.2 M Lithium Sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

LNLS

/ ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.425 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月25日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.425 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 25137 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.123 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.132 / Χ²: 0.935 / Net I/σ(I): 6.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.8-1.86	7.2	0.781	2450	0.86	0.296	0.839	0.715	99.2
1.86-1.94	7.3	0.587	2437	0.894	0.222	0.631	0.824	99.2
1.94-2.03	7.3	0.407	2498	0.941	0.155	0.437	0.914	99.8
2.03-2.13	7.3	0.334	2456	0.96	0.126	0.358	0.991	99.2
2.13-2.27	7.4	0.254	2500	0.972	0.096	0.273	1.002	99.8
2.27-2.44	7.4	0.209	2483	0.978	0.08	0.225	0.957	99.8
2.44-2.69	7.6	0.161	2514	0.984	0.061	0.173	0.972	100
2.69-3.08	7.7	0.113	2532	0.989	0.043	0.121	0.976	100
3.08-3.88	7.9	0.085	2570	0.995	0.032	0.091	0.983	100
3.88-50	7.6	0.072	2697	0.995	0.028	0.077	0.989	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定
Coot	0.8.6	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4KF3

4kf3

解像度: 1.997→27.43 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.81

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	1049	5.03 %
R_work	0.1887	-	-
obs	0.1907	20850	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 100.26 Å² / B_iso mean: 32.77 Å² / B_iso min: 17.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.997→27.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1904	0	30	222	2156
B_iso mean	-	-	71.19	39.26	-
残基数	-	-	-	-	244

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1976
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.266	2640
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	268
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	336
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.713	738

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9971-2.1024	0.2949	143	0.2139	2730	2873	99
2.1024-2.234	0.2505	145	0.2028	2792	2937	100
2.234-2.4064	0.2656	152	0.1992	2801	2953	100
2.4064-2.6484	0.2616	152	0.2086	2813	2965	100
2.6484-3.0312	0.2432	150	0.1979	2814	2964	100
3.0312-3.8174	0.1926	148	0.1689	2861	3009	100
3.8174-27.4328	0.2153	159	0.1828	2990	3149	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0333	-0.0287	0.0431	0.0157	-0.0439	0.051	0.2206	0.0321	0.0228	0.1971	0.0173	-0.2522	-0.0602	-0.0398	0.0004	0.2705	-0.0017	-0.0099	0.2282	-0.0063	0.2164	25.5408	-16.227	20.8113
2	0.0786	0.1495	0.0399	0.1919	0.0923	0.0888	-0.0548	0.1291	-0.3596	-0.3983	0.222	-0.044	0.2036	-0.2251	0.0004	0.3198	-0.0063	-0.018	0.2276	-0.015	0.3124	13.6496	-17.7974	19.7096
3	0.0789	-0.0229	0.0536	0.0413	-0.0784	0.1038	0.0281	0.1853	-0.1127	0.0463	-0.1174	-0.0108	-0.0085	0.044	0.0001	0.258	-0.0047	0.0039	0.1892	-0.0356	0.2252	11.9299	-7.2277	19.0966
4	0.2094	0.245	-0.0887	0.6037	0.1572	0.1391	0.1741	0.0333	0.2238	-0.0297	-0.1667	-0.2824	-0.0877	0.4265	0.0004	0.2481	-0.0023	0.0353	0.2206	0.0229	0.3013	30.6856	-8.788	18.2801
5	0.2442	-0.4434	-0.0211	0.8128	0.3957	0.6041	0.0242	-0.1681	0.2735	-0.0102	-0.0751	0.231	0.0911	0.0382	0.0001	0.2431	0.0023	-0.0013	0.1809	0.0085	0.1912	16.5951	-12.4961	22.9022
6	0.2668	0.0955	-0.31	0.6364	-0.0644	0.3271	-0.3044	0.0621	0.866	-0.3637	0.1207	-0.4415	-0.0913	0.0805	-0.0035	0.2957	0.0518	-0.0847	0.2985	-0.039	0.4753	4.3207	-6.8615	13.7852
7	0.7216	-0.0297	0.4328	0.2761	0.3458	1.0266	0.0287	-0.0475	0.0817	0.0241	0.0227	-0.1673	-0.052	0.1138	0.0001	0.2148	-0.0174	0.0037	0.2102	-0.0368	0.22	8.2464	-26.9485	6.0869
8	1.082	-0.4822	-0.3755	0.2529	0.1592	0.1962	0.1416	0.0063	0.7452	-0.016	-0.1367	-0.0305	-0.5044	-0.0697	0.0202	0.3944	0.0084	-0.018	0.2858	0.012	0.3523	-2.7612	-17.6348	1.7977
9	1.5567	-0.0405	0.4098	0.0573	-0.0297	0.3085	0.1436	-0.0839	-0.1352	-0.246	-0.1871	0.3427	0.4532	-0.1626	0.0024	0.268	-0.0243	-0.0291	0.257	-0.0209	0.1868	-8.8205	-31.6543	3.0119
10	0.2329	0.0657	-0.081	0.4369	0.4585	0.4895	0.0497	0.1909	-0.1155	0.0652	0.0429	-0.0801	0.1311	0.1507	-0.0001	0.2459	0.0116	0.0021	0.2412	-0.0212	0.2194	5.5061	-31.2882	3.9983
11	0.1192	-0.1531	0.1136	0.1595	-0.1541	0.122	-0.0955	0.1226	-0.0894	0.0819	-0.1008	-0.0682	0.2506	0.2952	-0.0349	0.3428	-0.0609	0.0283	0.3273	-0.0731	0.3111	19.2784	-22.4245	5.8523

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 1 through 13 )	B	1 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 14 through 31 )	B	14 - 31
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 32 through 52 )	B	32 - 52
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 53 through 79 )	B	53 - 79
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 80 through 112 )	B	80 - 112
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 113 through 122 )	B	113 - 122
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1 through 53 )	A	1 - 53
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 54 through 65 )	A	54 - 65
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 66 through 79 )	A	66 - 79
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 80 through 107 )	A	80 - 107
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 108 through 122 )	A	108 - 122

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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