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- PDB-6b84: Crystal structure of Myotoxin II from Bothrops moojeni -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b84
タイトルCrystal structure of Myotoxin II from Bothrops moojeni
要素Basic phospholipase A2 homolog 2
キーワードTOXIN / Myotoxin II / Bothrops moojeni / Phospholipase A2-like
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / defense response to fungus / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium ...calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / defense response to fungus / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Basic phospholipase A2 homolog myotoxin II
類似検索 - 構成要素
生物種Bothrops moojeni (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.997 Å
データ登録者Salvador, G.H.M. / dos Santos, J.I. / Fontes, M.R.M.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2015/24167-7 ブラジル
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2018
タイトル: Structural evidence for a fatty acid-independent myotoxic mechanism for a phospholipase A2-like toxin.
著者: Salvador, G.H.M. / Dos Santos, J.I. / Borges, R.J. / Fontes, M.R.M.
履歴
登録2017年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Basic phospholipase A2 homolog 2
A: Basic phospholipase A2 homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4018
ポリマ－27,8242
非ポリマー5766
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area11770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.848, 63.848, 126.366
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-310-

HOH

21B-346-

HOH

31A-354-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Basic phospholipase A2 homolog 2 / svPLA2 homolog / M-VI / MjTX-II / Myotoxin II


分子量: 13912.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bothrops moojeni (ヘビ) / 器官: Venom gland / 参照: UniProt: Q9I834
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.97 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 30% PEG4000, 0.1 M Tris HCl, 0.2 M Lithium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.425 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.425 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 25137 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.132 / Χ2: 0.935 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.867.20.78124500.860.2960.8390.71599.2
1.86-1.947.30.58724370.8940.2220.6310.82499.2
1.94-2.037.30.40724980.9410.1550.4370.91499.8
2.03-2.137.30.33424560.960.1260.3580.99199.2
2.13-2.277.40.25425000.9720.0960.2731.00299.8
2.27-2.447.40.20924830.9780.080.2250.95799.8
2.44-2.697.60.16125140.9840.0610.1730.972100
2.69-3.087.70.11325320.9890.0430.1210.976100
3.08-3.887.90.08525700.9950.0320.0910.983100
3.88-507.60.07226970.9950.0280.0770.98999.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
Coot0.8.6モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KF3

4kf3


解像度: 1.997→27.43 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 1049 5.03 %
Rwork0.1887 --
obs0.1907 20850 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 100.26 Å2 / Biso mean: 32.77 Å2 / Biso min: 17.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.997→27.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1904 0 30 222 2156
Biso mean--71.19 39.26 -
残基数----244
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091976
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2662640
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005336
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.713738
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9971-2.10240.29491430.21392730287399
2.1024-2.2340.25051450.202827922937100
2.234-2.40640.26561520.199228012953100
2.4064-2.64840.26161520.208628132965100
2.6484-3.03120.24321500.197928142964100
3.0312-3.81740.19261480.168928613009100
3.8174-27.43280.21531590.182829903149100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0333-0.02870.04310.0157-0.04390.0510.22060.03210.02280.19710.0173-0.2522-0.0602-0.03980.00040.2705-0.0017-0.00990.2282-0.00630.216425.5408-16.22720.8113
20.07860.14950.03990.19190.09230.0888-0.05480.1291-0.3596-0.39830.222-0.0440.2036-0.22510.00040.3198-0.0063-0.0180.2276-0.0150.312413.6496-17.797419.7096
30.0789-0.02290.05360.0413-0.07840.10380.02810.1853-0.11270.0463-0.1174-0.0108-0.00850.0440.00010.258-0.00470.00390.1892-0.03560.225211.9299-7.227719.0966
40.20940.245-0.08870.60370.15720.13910.17410.03330.2238-0.0297-0.1667-0.2824-0.08770.42650.00040.2481-0.00230.03530.22060.02290.301330.6856-8.78818.2801
50.2442-0.4434-0.02110.81280.39570.60410.0242-0.16810.2735-0.0102-0.07510.2310.09110.03820.00010.24310.0023-0.00130.18090.00850.191216.5951-12.496122.9022
60.26680.0955-0.310.6364-0.06440.3271-0.30440.06210.866-0.36370.1207-0.4415-0.09130.0805-0.00350.29570.0518-0.08470.2985-0.0390.47534.3207-6.861513.7852
70.7216-0.02970.43280.27610.34581.02660.0287-0.04750.08170.02410.0227-0.1673-0.0520.11380.00010.2148-0.01740.00370.2102-0.03680.228.2464-26.94856.0869
81.082-0.4822-0.37550.25290.15920.19620.14160.00630.7452-0.016-0.1367-0.0305-0.5044-0.06970.02020.39440.0084-0.0180.28580.0120.3523-2.7612-17.63481.7977
91.5567-0.04050.40980.0573-0.02970.30850.1436-0.0839-0.1352-0.246-0.18710.34270.4532-0.16260.00240.268-0.0243-0.02910.257-0.02090.1868-8.8205-31.65433.0119
100.23290.0657-0.0810.43690.45850.48950.04970.1909-0.11550.06520.0429-0.08010.13110.1507-0.00010.24590.01160.00210.2412-0.02120.21945.5061-31.28823.9983
110.1192-0.15310.11360.1595-0.15410.122-0.09550.1226-0.08940.0819-0.1008-0.06820.25060.2952-0.03490.3428-0.06090.02830.3273-0.07310.311119.2784-22.42455.8523
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 1 through 13 )B1 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 14 through 31 )B14 - 31
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 32 through 52 )B32 - 52
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 53 through 79 )B53 - 79
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 80 through 112 )B80 - 112
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 113 through 122 )B113 - 122
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1 through 53 )A1 - 53
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 54 through 65 )A54 - 65
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 66 through 79 )A66 - 79
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 80 through 107 )A80 - 107
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 108 through 122 )A108 - 122

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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