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- PDB-6b72: A novel HIV-1 Nef dimer interface induced by a single octyl-gluco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b72
タイトルA novel HIV-1 Nef dimer interface induced by a single octyl-glucoside molecule
要素Protein Nef
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV-1 Nef / Dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / symbiont-mediated suppression of host autophagy / host cell Golgi membrane / SH3 domain binding / virion component / endocytosis involved in viral entry into host cell / GTP binding / host cell plasma membrane ...activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / symbiont-mediated suppression of host autophagy / host cell Golgi membrane / SH3 domain binding / virion component / endocytosis involved in viral entry into host cell / GTP binding / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Nef Regulatory Factor / Nef Regulatory Factor / HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wu, M. / Augelli-Szafran, C.E. / Ptak, R.G. / Smithgall, T.E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201400010I 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI102724 米国
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: A single beta-octyl glucoside molecule induces HIV-1 Nef dimer formation in the absence of partner protein binding.
著者: Wu, M. / Alvarado, J.J. / Augelli-Szafran, C.E. / Ptak, R.G. / Smithgall, T.E.
履歴
登録2017年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月28日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Nef
B: Protein Nef
C: Protein Nef
D: Protein Nef
E: Protein Nef
F: Protein Nef
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,4619
ポリマ－106,5846
非ポリマー8773
水00
1
A: Protein Nef
B: Protein Nef
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8203
ポリマ－35,5282
非ポリマー2921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2980 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area13810 Å2
手法PISA
2
C: Protein Nef
E: Protein Nef
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8203
ポリマ－35,5282
非ポリマー2921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area13350 Å2
手法PISA
3
D: Protein Nef
F: Protein Nef
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8203
ポリマ－35,5282
非ポリマー2921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.577, 109.577, 247.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質
Protein Nef / 3'ORF / Negative factor / F-protein


分子量: 17764.062 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 57-207 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: nef / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03407
#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 18%-20% PEG5000 MME, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 8.0, 5% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月20日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→94.9 Å / Num. obs: 29203 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.079 / Rsym value: 0.075 / Net I/av σ(I): 5.2 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.828 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 4209 / Rpim(I) all: 0.264 / Rrim(I) all: 0.869 / Rsym value: 0.828 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→94.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 40.713 / SU ML: 0.308 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.158 / ESU R Free: 0.389 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2511 1494 5.1 %RANDOM
Rwork0.2331 ---
obs0.234 27655 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 217.34 Å2 / Biso mean: 120.113 Å2 / Biso min: 88.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å2-0.3 Å20 Å2
2---0.59 Å20 Å2
3---1.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→94.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6183 0 60 0 6243
Biso mean--119.96 --
残基数----729
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0196477
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025808
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1561.9418794
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.894313476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6495717
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.35122.973333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.555151014
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2711542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2870
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216979
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021479
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 107 -
Rwork0.313 2017 -
all-2124 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4783-0.2164-1.37141.36750.46223.45690.0206-0.0938-0.3777-0.141-0.34150.18720.2933-0.3870.32080.31990.17510.1030.2753-0.00680.1556-36.3322-13.117-23.6563
22.8043-0.2651-2.14012.44831.57063.7263-0.1764-0.3205-0.1708-0.0683-0.23440.24180.44090.05140.41080.12370.08130.04740.4902-0.04950.0702-47.8375-5.64960.4572
34.4819-0.9466-1.52361.40340.23322.5344-0.0673-0.1668-0.37050.1673-0.1190.1649-0.0527-0.08310.18620.63580.29840.130.20040.08160.1684-44.6607-75.8617-33.3303
41.11470.57330.53054.6393-0.34882.86-0.19510.29920.0066-0.1409-0.0518-0.47180.03320.18130.24690.55350.28750.09720.3110.08760.1787-75.3294-30.1521-25.3239
54.3228-2.5873-1.97351.93580.63153.17510.0550.2288-0.17590.0257-0.13750.13890.24230.00180.08250.62940.28610.19550.14940.06580.1137-65.3464-62.755-20.292
61.13210.2369-0.78335.4313-1.90723.85740.07790.1099-0.07270.1472-0.1085-0.46950.02680.04030.03050.45630.27670.07110.20460.10120.1508-76.0801-5.9075-38.4614
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A53 - 203
2X-RAY DIFFRACTION2B55 - 203
3X-RAY DIFFRACTION3C55 - 203
4X-RAY DIFFRACTION4D55 - 203
5X-RAY DIFFRACTION5E55 - 203
6X-RAY DIFFRACTION6F54 - 203

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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